制限酵素mikeo_410制限酵素ミトコンドリア・イブの話しでは、mtDNAの解析は12の「制限酵素」で切断した断片の有無が比較されたらしい。パズル的な関心で調べてみる。これはWikipediaによれば、II型制限酵素の話しであるらしい。塩基配列が続いていることを示す。構造をしており、リン酸によって結合する。リン酸は、糖(5炭糖:ペントース)の5位の炭素のOH基の位置に付いている。このリン酸が別のヌクレオチドの糖の3位の炭素のOH基の位置に結合して鎖状になる。ように表記することがある。始点(5'末端)は、糖にOH基があるリン酸が付いている。終点(3’末端)の糖の3'には、リン酸ではなく、OH基が付いている。環状鎖の第1座位はどのように決められているか。3’末端などが使われているが、分子構造上は閉環で、末端がないもだと思う。座位16,569のヌクレオチドは、座位1のヌクレオチドとつながっている。制限酵素は、2本鎖を切断する。mtDNAは、H鎖とL鎖からなる。相補鎖H鎖とL鎖は相補鎖を成している。L鎖の塩基配列は、H鎖の塩基配列に対して、AとT、GとCの相補塩基対の関係にある。・5’端、3’端のについては、H鎖とL鎖は逆向きに結合している。・制限酵素は相補鎖を切るので認識位置は5'側からの1通りを示せば良いようだ。答えるのが常識らしい。対になるので、パリンドローム(回文)と言うらしい。この関係は、「多くは」が付いているので、制限酵素の認識配列全てではないらしい。制限酵素は回文になっている場所を認識して切断すると言うことで、相補鎖全体が回文になっているわけでははい。最初の塩基と最後の塩基には関連がないので当然だ。どんな場所が回文になるのか。これは、偶数の組でしか起きないのはわかる。塩基対の記号は異なるので、奇数では回文にならない。認識するが回文にはならない。これ以上は考えられないので書き出してみる。短いものは長いものの部分であり得、重複してカウントされている。最大は16文字だった。0-16567で使う。//3107の欠番除去。0-16567で使う。(記録.ContainsKey(key)){記録[key]++;//記登録。