少女の心が生み出したポケモンを巡って、お馴染みポケモンマスターを目指す少年たちが繰り広げる冒険を描いた長編ジュブナイル・アニメーションの第3作。ルギア爆誕』の首藤剛志と『ピチュウとピカチュウ』の園田英樹が共同で脚本を執筆。両親を亡くし、ひとり淋しく大きな館に暮らしている少女・ミーは、ある夜、考古学者だった父親のシュリー博士が残した奇妙な文字カードを並べていて、人の気持ちに反応し様々な事象を巻き起こす謎のポケモン、アンノーンを古代遺跡から蘇らせる。ミーの寂しい心に反応して、彼女の住むグリーンフィールドという街を結晶で覆うアンノーン。それは、ミーの父親代わりに幻のポケモン、エンテイを呼び出すのであった。エンテイは父親としてミーの母親が欲しいという願いを叶える為、サトシのママをさらってしまう...。