人類が宇宙移民を開始してから79年が経った宇宙世紀0079年(U.C.0079)。宇宙移民者(スペースノイド)の国家「ジオン公国」は、地球圏の人類社会を統括する「地球連邦」に対して宣戦を布告した。開戦から約半年が過ぎ、戦況が膠着状態に陥ったとき、地球連邦の極秘作戦「V作戦」の情報を捉えたジオン公国はスペースコロニー、サイド7に対して偵察を行う。功を焦り暴走したジオン兵の攻撃により、サイド7の地球連邦軍人のみならず民間人にも被害が及び始める。目の前で人々の死を目の当たりにした15歳の民間人の少年アムロ・レイは地球連邦軍最新鋭モビルスーツ「ガンダム」に乗り込みこれに立ち向かう。