目覚めた時、切那には記憶がなかった。そこは時の流れに取り残された島・浦島。会う者誰もが謎めいている中、夜の海辺で出会った少女の歌声に切那はハッとする。不意にその名を口にしていた。「私には時間がない」と焦る紗羅。『切那が時を越えた秘密』を知り、切那を自分の運命の人と推測する彼女に対し、凛音は暗黒の真実を突きつけた。血塗られた歴史に終止符を打つべく、紅蓮の炎が闇の天空を焼き尽くす。氷に閉ざされた『アイランド』と呼ばれる地下シェルター内の街で、切那はリンネという少女と出会い、不思議な発明を手伝っていた。地球を救うための発明らしいが真偽は不明。街は確実に終末へと向かっていた。二人の少女をめぐる真実が明らかになり、切那は一つの決断をする。大いなる謎が解けたその果てには、新たな未来が待っていた。