凝血促進剤や抗プラスミン剤、アプロチニン製剤の投与を受けている患者には禁忌である。その他、血栓形成傾向を有する患者への投与は相対的禁忌である。アンチトロンビンと結合して代謝され、その半減期はきわめて短い。上部消化管出血などに経口投与されるトロンビン製剤は、胃酸の存在による失活を避けるために、牛乳や制酸剤などと併用されることが多い。逆にそれらの併用によってトロンビン製剤の活性が低下してしまうことがある。アルサルミン併用時やマーロックスの先行投与時には、その低下が顕著となるので注意が必要である。