ここにいましょう、よと......」かがみ込んで作業をしていたベレー帽の女の子は、腰に手を当てて立ち上がると、そのまま伸びをして身体の疲れをほぐした。「せやけど、艦橋での戦闘配置......緊張するわぁー」シンジは、彼女の声を気にすることなく、ブリッジの上で指示を出しているミサトの姿を見ていた。各対空システムを連動。初号機保護を最優先」ミサトの発したその言葉に、シンジの表情は驚きの色に変わる。「初号機......!?」エントリープラグを積載して海上に浮かんでいた輸送船が、突如発生した大きな波に飲み込まれそうになる。波の発生源は赤い海から伸びる巨大な光の柱だった。水しぶきを上げながら幾本もの柱が海面を進んで行く。そこで引き起こされた波が、まるで生き物のようにうねりながら、ミサトたちの乗る艦隊を襲って行く。「来ました!目標の光の柱を確認。えっと......数がなんだか増えてます!」ミドリが真剣な声で状況を報告する。「目標コアブロックは捕捉不能。位相コクーン内に潜伏中と思われます」シゲルが冷静を保ちながら報告を続けるものの、艦内の緊張感は一気に高まった。このままだと飽和攻撃を浴びるわ」リツコは事の展開を懸念する。即時散会を提案します。乗員の定数および練度不足。おまけに本艦は艤装途中の未完成。とどめに、攻撃目標たるコアブロックも捕捉できない。現状での勝算はゼロです。ここはいつも通り撤退を。葛城艦長!」しかし、ミサトはそれを聞き入れなかった。「......だからこそ、現状を変えて後顧の憂いを断つ。!主機、点火準備!」ミサトは、声を強めて独断でオペレーターに通達する。「えぇー!!」その場にいた誰もが、その宣言に驚きを隠さない。「いきなり本艦での実戦は無茶よ。葛城艦長」リツコは科学者としての合理的見解の元、ミサトの発言を撤回するように求める。「同意します!試運転もなしに、危険すぎます!」ヒデキもそれに賛同して率直な意見をぶつける。「重力制御は未経験です。新人オペレーターの一人、長良スミレも本心を伝える。「勝てない戦はなしがいいな。私まだ死にたくないんです」ミドリは感覚的に意見する。