その予算の管理がすべて内閣官房の健康・医療戦略室によって握られており、その自律性が完全になくなっていると同機構の理事長が発言したという(日本の医学研究の本丸・AMED、末松理事長が審議会で衝撃発言、「我々の自律性は完全に消失している」)。AMEDは「医療分野の研究開発の司令塔機能」として設立された組織。通してやるように」とされ、本来AMEDが自立的に利用できるはずに調整費についても、厚労関係のものに使用するよう強いられているという。ここで出ている健康・医療戦略室に関しては不倫疑惑が週刊誌を賑わせているほか、iPS細胞がらみの研究資金に関する騒動にも絡んでいたという(過去記事)。・平時は行政評価で最低ランク。