宇宙世紀0088年、グリプス戦役によりティターンズは壊滅するが、エゥーゴも多くの戦力を失った...この機に乗じ、三つ巴の決戦から一時手を引き、戦力を温存していたハマーン・カーン率いるジオン軍残党(アクシズ)はネオ・ジオンと名乗り、地球圏の制覇に乗り出す。エゥーゴの旗艦アーガマは、修理と補給のためサイド1のスペースコロニー・シャングリラに寄港する。そこに目をつけたジャンク屋稼業の主人公ジュドー・アーシタとその仲間たちは、稼ぎのためエゥーゴきってのエース機であるΖガンダムを盗もうと忍び込む。盗みには成功するものの、同じくして入港していたネオ・ジオンと交戦。辛くも撃退に成功する。