エヴァンゲリオンのテストタイプ初号機を、初の使徒殲滅へ投入するための準備を進めるNERV本部。エヴァンゲリオン初号機、リフトオフ」エヴァパイロットとなったシンジは、未だ経験したことのない未知の戦いへ、その一歩を踏み出してゆく。歩くこともままならない初号機は、一方的に使徒の攻撃に晒されてしまう。「エヴァの防御システムは?」リツコが状況を確認する。「シグナル、作動しません」マヤが声を上げる。「フィールド、無展開!」オペレーターの日向マコトが続ける。腕を折られ、頭部に攻撃を受ける初号機。「だめか!」リツコが叫んだ瞬間、使徒の攻撃が初号機の頭部を貫き、そのままの勢いで吹き飛ばされる。オペレーターの青葉シゲルが速やかに報告する。「活動維持に問題発生」モニターに映し出された神経回路が次々と断線する。「パイロット、反応ありません!」とマコトが報告する。「駄目です!完全に制御不能です」マヤが事態を憂慮する。「何ですって!?」ミサトはシンジの身を案ずる。その時、完全に沈黙したはずの初号機の目に光が戻った。「まさか......」ありえない事態を目にして、思わずリツコが声を漏らす。再起動した初号機が雄叫びを上げる。体制を低く構えた初号機は、勢いを付けて高く飛び上がると、膝から使徒に体当たりを仕掛けた。「勝ったな」その光景を見た副司令官の冬月コウゾウは確信する。使徒から離れた初号機は、地上を駆け抜け、一気に間合いを詰める。至近距離まで近づかれた使徒は、目の前にA.T.フィールドを展開してエヴァの侵入を防ごうとする。「初号機もA.T.フィールドを展開。位相空間を中和していきます!」マヤの言葉通り、初号機は不可侵領域に食い込んでいった。「いいえ、侵蝕しているのよ」リツコは目の前で起こっている現象を冷静に受け止めようとする。A.T.フィールドを破られた使徒は、光線を放つものの、初号機に効果はなかった。初号機は、使徒の腕を取っていとも簡単にへし折ると、後ろへ蹴り飛ばして馬乗りになり、その体を破壊していく。追い込まれた使徒は、突然体を変形させると、初号機に巻きついて自爆を決行する。その瞬間、巨大な爆発と共に高く上がった火柱が夜空を照らした。凄まじい爆風の後、粉塵の影から帰還を果たす初号機の姿が確認される。モニターに映し出された光景に息を飲むリツコ。自分の住むマンションにシンジを連れて行くミサト。「シンジ君の荷物はもう届いてると思うわ」コンビにの袋を手に持ったミサトは、廊下の先にある自分の部屋へとシンジを案内する。慣れないシンジは、ミサトの顔色を伺う。緊張するシンジを見かねたミサトは玄関に入るように促す。遠慮がちに言うシンジに、ミサトは明るい笑顔で答えて見せる。「おかえりなさい」セカンドインパクト後の南極。冬月は隔離施設のドアにある窓を覗いて横にいるスタッフに聞いた。「例の調査団、ただ一人の生き残りです。2年近く口を開いていません」とスタッフが答える。無言で膝を抱えている少女を見て冬月はそう思った。「それだけの地獄を見たのです。体の傷は治っても、心の傷はそう簡単には癒えませんよ」そう言うと、スタッフは彼女の名前を冬月に伝えた。「名は葛城......」ある大学の構内にて。学食に並んでいたリツコは、その日、明るい女性と知り合うことになった。屈託の無い笑顔を見せる彼女のことを、リツコは母への手紙にこう綴っている。「母さん、先日葛城と言う子と知り合いました。彼女は例の調査隊ただ一人の生き残りと聞きました。一時失語症になったそうですが、今はブランクを取り戻すかのようにベラベラと良く喋ります」ミサトは、幼い頃に思い知った現実から抜け出せないままでいた。子供の頃はずっとそう思っていた。「もう嫌い......疲れた」ミサトは周囲には見せない心の闇を抱えたまま、シンジを自分の元で引き取った。その時は、自分が何を望んでいたのかまだ気付かないままに。アスカと加持は、甲板の上で寝そべって月を見上げていた。「あぁ、ミサトって言うのは、加持さんの前にこっちにいた人。生き方わざとらしくて」とアスカは加持に言った。その時はまだ、加持とミサトの関係について彼女は知る由もなかった。ミサトの家で、シンジは慣れない風呂に浸かりながら考え事をしていた。「穏やかで何にもない日々だった。「でもそれでも良かったんだ。「人間が嫌いなのかい?」カヲルの声が聞こえる。「別に、どうでも良かったんだと思う」とシンジは答える。「ただ、父さんは嫌いだった」シンジは虚ろな目でエヴァに乗っていた。第3使徒との戦いの後、精神的ショックを心配する周囲をよそに、淡々とシミュレーションをこなしていた。「しかし、よく乗る気になってくれましたね、シンジ君」マヤがリツコの方を伺う。「人の言う事にはおとなしく従う。それがあの子の処世術じゃないの?」と客観的分析をしてみせるリツコ。ミサトは今回の件でシンジの心境に変化があったことに気付いていた。シンジは淡々と「目標をセンターに入れてスイッチ」と言って、指示されたままの“作業”を繰り返す。第4使徒シャムシエルとの戦いで、シミュレーション通りに行動するシンジ。激しい攻撃に合い外部電源を切断してしまう。活動限界のカウントダウンが始まる。「逃げちゃダメだ、逃げちゃダメだ、逃げちゃダメだ」シンジは、今までの自分を振り払うようにして反撃に転じる。勢い良く山の斜面を滑り降りて行く初号機。シンジは叫びながら使徒のコアにプログレッシブ・ナイフを突き立てる。何とか気迫で押し切ったシンジは、活動限界ぎりぎりのところで使徒を沈黙させる。み渡った青空より第4の使徒襲来。