いつまで学校休む気?初号機はもう完全に直ってるのよ。第4の使徒との戦闘の後、学校を休み続けているシンジを説得しようとするミサト。返事のない部屋の扉を開けると、そこにシンジの姿はなく、机の上に身分証と手紙が置かれていた。――『四日前より、うっとおしい雨続く。サンプルの解体作業、悪天候により捗らず。電車に乗ってミサトの元を離れるシンジ。徐々に乗客が減っていく車内でひたすら音楽を繰り返し聞き流すうちに、第3新東京市の玄関口「桃源台」に行き着く。――『今日は久しぶりに太陽を見るも、結果として晴れ時々曇りとなり、この日も特に記すべき事項なし』シンジは、バスを乗り継いでひたすら人里から距離を置こうとする。すると、偶然山でキャンプを張っていたクラスメイトの相田ケンスケに出会い、食事を共にすることになる。あのうるさい蝉が鳴かないから。小さい頃は静かで良かったけど、毎年増えてる」と語るケンスケ。夜の森は鈴虫の鳴き声で満たされていた。「生態系が戻ってるって、ミサトさんが言ってた」シンジは力の抜けた声でそう呟く。ミサトさんね」ケンスケは自分の心境をシンジに理解して欲しいような口調で話す。「まったく羨ましいよ。あんな綺麗なお姉さんと一緒に住んでて、エヴァンゲリオンを操縦できて」NERVに連れ戻されたシンジに、ミサトは確かめるように問いかける。「エヴァのスタンバイできてるわ。暗い隔離室の椅子に座ったまま、シンジは顔を上げようとしなかった。半ば諦めたような口調でシンジは聞く。「レイが乗るでしょうね。乗らないの?」シンジの態度に対して慎重に言葉を返すミサト。「そんなことできるわけないじゃないですか。自分の意思を投げ出そうとするシンジ。「乗りたくないの?」ミサトはシンジの本心を確かめる。第一僕には向いてませんよそういうの。自分の殻に閉じこもって出てこようとしないシンジに対して、ミサトは大声を上げる。息を吐き捨てるようにして、ミサトは感情を乗せた言葉をシンジにぶつける。「あんたみたいな気持ちで乗られるの......迷惑よ」その後、ミサトは自分の気持ちをシンジに押し付けているのかもしれないと気付くことになる。クラスメイトの鈴原トウジは、自分の胸の内を正直にシンジに伝える。「碇が居らんのやったら、いずれわしらもこの町から出て行かんならんようになるやろう。せやけど、わしらなにも言われへん。エヴァの中で苦しんでる碇の姿見てるからなあ。碇のこと、とやかく言う奴がおったら、このわしがパチキかましたる!」その言葉を聞いて、シンジは自分の感情に気付き始める。「殴られなきゃならないのは僕だ!僕は卑怯で、臆病で、ずるくて、弱虫で......」シンジは何かをやり残した気持ちのまま、NERVの黒服に阻まれて駅のホームへと連れて行かれる。ミサトは、二度と戻らないかもしれない少年に、最期の希望を抱いて駅のホームへと車を走らせる。「(シンジ君、駄目よ逃げちゃ。何よりも自分から)」シンジに向かって、ミサトはまるで自分に言い聞かせるように思う。エヴァ初号機パイロットとして第3新東京市に住むことになったシンジを心配するミサト。