目的タンパク質の検出性改善(3)アフィニティーベースの高存在量タンパク質除去(1)ネガティブクロマトグラフィーとも呼ばれるアフィニティーベースのタンパク質除去は、特定数のタンパク質を除去した画分を得る手法で、標的をさらに絞った形のタンパク質分画とみなせます。この手法では、ある種のアフィニティー結合物質(リガンド)を固相支持体(例:クロマトグラフィー担体)上に固定化し、複雑なタンパク質溶液中に存在する不要なタンパク質と特異的に結合させます。通常、素通り画分のみを次の分析に供します。高存在量タンパク質をサンプルから除去することで、存在量が少ないタンパク質の分析を行いやすくなります。この除去により、他の残留タンパク質のサンプルアプライ量も増大することになります。この手法は一般に非変性条件でのみ使用できます。これは、特異的な相互作用が、リガンドおよび除去対象のタンパク質が保持する三次構造に依存することによります。ある供給源に含まれるタンパク質のうち、分析の目的に関連せず、何らかの形で分析に干渉するタンパク質は、いずれも不要なタンパク質であると考えられます。その一例として、二次元ゲルマップの目的領域をマスキングするタンパク質アイソフォームが挙げられます。他の例としては、植物にきわめて多量に含まれ(全タンパク質の約40%)、緑の葉の中に見られるリブロース二リン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ(RuBisCO)が挙げられます。圧倒的に多く使用されているアプリケーションは、動物またはヒトの血漿・血清からの高存在量タンパク質の除去です。このアプリケーションが用いられている理由は、バイオマーカー探索において血漿・血清が重要であること、非変性条件で使用できること、血漿・血清に含まれる高存在量タンパク質は比較的少数であることです(図3.4)。