頭端式2面1線の地上ホームを有する藤崎線の駅である。平屋の木造駅舎だったが老朽化のために1997年2月14日に現在の駅ビルに建て替えられた。藤崎線の終着駅であり、全ての列車がここで折り返し運転する。1番線が乗車ホーム、2番線が降車ホームとなっており、さらに2面2線に増設準備がされている。駅ビルは11階建てで1階がパチンコ店、3階から9階が駐車場、10階、11階は商業施設が入居している。駅名の由来にもなった藤崎八旛宮は東へ約400mの距離にある。熊本電気鉄道は菊池軌道の社名で1909年8月15日に設立され、1913年10月1日に池田(現・上熊本)から千反畑(現・藤崎宮前)の区間が開業した。この時に終着駅として開業したが、1913年8月2日に千反畑から広町に改称された。同年8月27日には広町から高江までが開通し、池田から隅府までが全通した。1923年8月には電化が完了し、1924年4月1日に菊池電気軌道に社名を変更された。この年には広町から藤崎宮前に変更している。戦後になって熊本電気軌道に社名を変更された。1950年10月1日に上熊本から北熊本が開業、1954年6月1日に上熊本から藤崎宮前までが廃止された。1986年2月16日には菊池線の御代志から菊池までの区間が廃止された。