島式2面4線の地上ホームを有する南海本線の駅である。1番線は下り待避線、2番線は下り本線、3番線は上り本線、4番線は上り待避線となっている。西口は南海電鉄の駅舎となっており、反対側の水間鉄道の連絡通路も兼ねている。1987年10月1日に南海鉄道によって現在の南海本線が堺から佐野まで敷設された時に同時に開業した。水間鉄道は1933年4月25日に貝塚南から貨物線が開業、翌年1月20日に旅客線の貝塚駅が開業した。貝塚南駅は水間線の貝塚と貝塚市役所前の間にかつてあった駅で、現存していない。なるが、1947年6月1日に南海電気鉄道が旧南海鉄道の路線を近畿日本鉄道から分離譲渡される。南海電鉄と水間鉄道と改札を共有していたが、1990年に橋上駅舎化され、改札も分離された。