出たシャフトの秘密兵器。その圧倒的パワーが、今、特車2課に迫る。S・S・S(シャフトセキュリティシステム)のキュマイラも乱入してきて、事態は大混乱。力の限りをつくした野明、そしてまたしても空へ去ったバド...勝ったのはどっち!?野明とイングラムの奮闘で、東京湾に沈んだ強力レイバー・グリフォン。その同じ場所に墜落した米国輸送機。この事故が忌まわしい事件の幕開けだった。海底に潜む異常な“何か”に対し、いま特車2課が出動!!東京湾に、人を食う怪物が潜んでいる。世間に漏れた怪物“13号”の存在。今、目前に迫る怪物の上陸に対し、特車2課に出動命令がくだされた。