島式1面2線の地上ホームを有する不二越線、上滝線の駅である。運行上は一体で1番線が電鉄富山方面の不二越線、2番線は岩峅寺方面の上滝線が使用する。市内軌道線も接続しており、本線の終点となっていて、1系統、2系統の終点となっており、南富山で折り返しをしている。軌道線の車庫である南富山車両区や社員研修センターが併設されている。富山軽便鉄道が1914年12月6日に富山から笹津までを敷設した時に堀川新駅の駅名で開業した。翌年の1915年3月13日には現在の市内軌道線になる富山電気軌道が接続してくる。富山軽便鉄道は1915年10月24日に富山鉄道に改称、1921年3月30日には駅名を南富山に改称された。1921年4月25日には現在の上滝線となる富山県営鉄道が接続してくる。南富山から笹津までは1933年4月20日に一時廃止されるが、1950年9月1日に大久保町まで部分再開、1952年8月15日には地鉄笹津まで全通した。笹津は国鉄(現・JR西日本)高山本線とも接続していた。笹津線は1975年4月1日に廃止された。