当連合は地方自治体や地域の連合体であり、美しい村づくり、ロゴマークの活用、サポーター会員制度、イベントの開催、広報活動を行っている。呼びかけにより任意団体として設立。1982年に64の村で始まった「フランスの最も美しい村」連合に範をとり活動をしており、フランスと同様に加盟した後、加盟自治体が「日本で最も美しい村」として妥当かどうかを定期的(5年毎)に審査、基準を満たさない場合には最終的に資格を剥奪することもありうる。現在、「日本で最も美しい村連合」、「フランスの最も美しい村」、ベルギーのワロン地域の「ワロン地域の最も美しい村(フランス語版)」やイタリアの「イタリアの最も美しい村」、カナダ・ケベック州の「ケベックの最も美しい村(フランス語版)」による「世界で最も美しい村連合」も設立されている。北海道美瑛町での総会にて発足。