PocketSeqPrepgithub.comSeqPrepはPandaSeqとは違うアルゴリズムのoverlapをマージするツール。https://github.com/jstjohn/SeqPrepTechSupport@illumina.comからイルミナにアダプター配列のリストをもらえたりするらしい。(QC/adapters/trimming/filtering/splitting...)かければアダプター配列をauto-detectしてくれる。この探し方が正しいのかはわからない。してアダプター配列を得る。SeqPrepではアダプター配列をインプットとして渡す必要がある。-------------------------TGTTACGACTTTTCCTTCCTCTAAACGCTACAGTTTGGTCGTCTTCCCGCCAGGCAGTCAGAGTGATCCGACTACCAAACAGTCCGAGGACCTCACTAAAACGTTCAATCGGTAGTAGCGACGGGCGGTGTGTACAAMERGD:...overlapしてた部分がわかりやすくテキストに出力されている。AZOTE_0000:2:1:3050:1151/2GCCCGTCGCTACTACCGATTGAACGTTTTAGTGAGGTCCTCGGACTGTTTGGTAGTCGGATCACTCTGACTGCCTGGCGGGAAGACGACCAAACTGTAGCGTTTAGAGGAAGGAAAAGTCGTAACA+IIIIDGG?GGDGGGIIGGEIBDIGGBGGGGC>E<BD@DBBCCDEB@GEGGE<8EB<BD:C@FD+FCEEEIEHBDEG3EGGA08D2*@:-ACC>CBIB<F>>6<=>A8A??=<)3==*988=,?8-8overlapしなかった部分が削られてoverlap部分だけになっている。-l0指定したアダプター配列は結果ファイルからトリムされている。出力先のファイルを指定してやらないと実行されない。AZOTE_0000:2:1:3050:1151/1TGTTACGACTTTTACTTCCTCTAAACGCTACAGTTTGGTCGTCTTCCCGCCAGGCAGTCAGAGTGATCCGACTACCAAACAGTCCGAGGACCTCACTAAAACGTTCAATCGGTAGTAGCGACGGGC+]@]]C\]]]P]]R<]]]]]]]]Z[\]]]]]]]]]]]]T]]PY]\S]]E]T]]]]]]]\]]]]M]]WXQB@:@X@Q]]]\]]]]]]]]]]BB@:C<EIIIIDIIKFDKCIIKKEEEBEIAIIFKKGKこんな感じにmerge済みのfastqとなっている。前の記事で紹介したtoolの1つ。(5)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!kimoppy126さんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。