似たようなフォーマットにgVCFというものがあります。論文要約かの有名なDB、gnomADでは、MongoDBが使われているそうです。UIのレスポンスも早く、かっちょいいですね。変異アノテーションデータを格納するDBとしてRDBとNoSQLを比較検討してみた論文があったので要約してみました。2019の20日目の記事です。今回は並列化について見ていきます。前回の例を使って、並列化した場合としてない場合とでどの程度変わるのか実験してみましょう。※コマンド実行ログが少々長めです。すっ飛ばしてサクッと読んでください。Python明日やろうは馬鹿野郎。このチュートリアルは、ざっくりと決められたワークフローを組んでいくことでSnakemakeと仲良くなろうという趣旨のものです。Pythonお疲れ様です。ここのところバイオインフォに触れられず何か物足りないkimotonです。最近はMLOps周りの基盤作りに関わっています。githubリポジトリは下記。インストールと概要2019-06-10SRA-toolkitを使ってサンプルデータをダウンロードbioinformatics次世代シーケンサー(NGS)データを学術論文で公表する場合、シーケンサーから出力された配列データやアノテーションに関するデータを公共データベースに登録することが必要です。関する関心は高まっている。Learningを使用したアプローチにより変異のpathogenicityをどこまで判断することができるのか把握する。bioinformatics今回読むのはGoogleのDeepVariantに関する論文。Brainチームによる2年以上の研究の成果となる。DeepVariant2019-04-08リファレンス配列をリフトオーバーbioinformatics以前の記事でリファレンス配列についてだらだらと書かせて頂きました。手持ちのデータは最新のhg19でマッピングされているけれど論文の情報はhg38でのマッピングが行われている場合など、異なるアセンブリのデータを取得したい場合、本来は...リファレンス配列をリフトオーバー2019-03-30リファレンス配列のお話(GRCh38-hg38-b37-hg19)bioinformatics今回はリファレンス配列についてご紹介。リファレンス配列というのは、既知の配列のことを指します。与えられた配列の全permutationを取得する方法について、pythonとjuliaで書いてみる。1から書いてもいいのですが、実用性を考えてパッケージを使用した方法をご紹介。itertoolsパッケージのproduct関数を使用します。論文じゃなかったレビューだった。競プロ今日はとあるコンペのご紹介を使用と思う。RNASeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。バイオインフォマティクスの解析では、通常シーケンサから出力されたリードの配列データを入力データとします。toolkitは、ショートリードのfastqファイルの前処理に使用されるコマンドラインツールの集合です。低クオリティーのリードを除去したい場合や、クオリティーを基準に塩基をトリミングしたい際等に使用されます。様々なscRNA-seq解析のパッケージで採用されており、scRNA-seq解析に有用なデータを保持しながら解析を進めることができます。塩基配列を格納するためのフォーマットbioinformaticsお疲れ様です。