銭形がルパン捜査を解任され、元雇兵のキース・ヘイトンが後任となった。ルパンは今度の標的を密売企業ショットシェルの貯蔵金に決定。遂行にはロシアの核物理学者カレン女史が必要だった。ショットシェルの手先に連行されかけていた彼女を不二子たちが救出し、予めロシアの原潜イワノフを奪取していたルパンたちと共に進水。この操縦にカレンの腕を要したのだ。そこでカレンは、次元が10年前に父を殺した相手だと看破する。そんな中ルパンの予想通りに、ショットシェルのボスであるジョン・クローズからイワノフへ入電。面談したジョンは、ルパンの腕を見込んで核兵器の強奪を依頼する。ジョンの目的は世界規模の戦争を起こさせ、利潤を得ることにあった。ハイトラの病気を治す為にソマリを襲うウゾイ。心の優しいウゾイにソマリを傷つけることはできなかった。その夜、ハイトラはゴーレムに重大な秘密を打ち明ける。起きていたウゾイは真実を知ってしまいハイトラを拒絶する。ピースクラフトの忘れ形見であるゼクスは、故郷サンクキングダム奪回のために完成したばかりのMSトールギスで出撃するが......。宇宙用MSトーラスのシベリア基地輸送計画を知り、出撃するガンダムたち。それはOZによる陽動作戦だった。宇宙要塞バルジの照準をコロニーに向けさせ、降伏を迫るレディ・アン。ヒイロはついにウイングの自爆を決意する。カトルに連れられ、マグアナック隊の基地に身を寄せるデュオ。ヒイロの行動がきっかけとなり、少年たちは今後のことを語り合い始めた。父の仇を追うリリーナはモスクワへ。一命をとりとめ、トロワのサーカスキャンプで目覚めるヒイロ。五飛は内戦の続くブント共和国でゲリラ活動をするサリィ・ポオと出会っていた。弱者である人々が正義のために命を落とす姿が、五飛の心に戦士の自覚を呼びさます。OZのアレックスとミュラーはノインの教え子だった。連合旧勢力の粛正と称して惨殺をくり広げる彼らにゼクスの怒りが爆発する。その頃、ヒイロの潔さに感化されたトロワは自身の死をかけたショーを企画、サーカスに臨んでいた。ヒイロはノベンタの孫娘シルビアのもとを訪れる。自分が殺してしまった平和主義者たちの親族を訪ね、罪の審判を仰ぐ決意なのだ。少年の苦悩をよそに、OZの母体ロームフェラ財団は野望実現への準備を着々と整えつつあった。完全修復されたウイングを断り、ヘビーアームズでトールギスとの決戦に赴くヒイロ。リリーナは戦いを止めさせようと、手紙を携えて合流する。そこで彼女はノインから、ゼクスが自分の実の兄であることを知らされるのだった。コロニーを連合の軍事支配から次々と解放していくOZ。そこには、天使のような微笑みを浮かべて平和を説くレディ・アンの姿があった。OZの真の姿を暴くため、少年たちは再び宇宙を目指す。財団は無人MS(モビルスーツ)・モビルドールの導入に本腰を入れ始めた。戦士としての個人的感情からガンダムと戦ってきたと悟ったゼクスはOZとの、そして友であるトレーズとの決別をはかる。宇宙へと上がったデュオはトーラス部隊に敗れ、反乱分子としてコロニーに連行されてしまう。そんな彼を作戦の障害と考えたヒイロは、単身OZ基地に向かい、デュオを殺そうとするが......。レディ・アンに捕らえられた5人の博士が、月面基地で2機の新型MSを開発した。それを知ったヒイロは月へ。トロワもまたMSの操縦者テストに合格、OZ内部への潜入に成功する。故郷の資源衛星で父と再会したカトル。厳格な平和主義者の父はMSで戦う息子を許そうとしない。彼が心血を注ぎ発展させてきた衛星は、OZの影響のもとで軍備化の道を歩みつつあった。ゼクスは親善大使ミリアルドの名でコロニーを訪れる。そこには、トレーズが支配者として宇宙に上がる日を夢見るレディ・アンの姿があった。トレーズはそれを拒否。彼女の心は激しく揺れる。MS量産プラント破壊のため月面基地に向かうデュオ。そこに少女兵士のヒルデが立ちはだかった。ともにコロニーの平和を願う2人が敵味方として戦う皮肉に、デュオの心は痛む。資源衝星や民間コロニーを次々と消滅させていく謎のMSが現われた。出撃したヒイロとトロワは、そこに新型ガンダム・ウイングゼロと、狂った宇宙すべてを破壊しようとするカトルの姿を見る。暴走したカトルを正気に戻すため、自ら犠牲となって消息を断つトロワ。財団はモビルドールの量産を決定。人の心を持たぬ兵器の代理戦争に異議を唱えたトレーズは自ら失脚の道を選ぶ。トレーズを支持する一部の兵士たちが財団に反旗を翻した。OZを二分する内乱は地球と宇宙に広がっていく。その頃、ウイングゼロを回収した月面基地では戦闘データの調査が開始されたが......。少女の見た流星がすべての出会いと戦いの始まりだった。サンクキングダム当主となったリリーナ。運命の再会に向かう2人の脳裏にさまざまな出来事が去来する。幽閉のため財団本部へと護送されるトレーズ。拘束とは裏腹に開放感をかみしめる彼は、己の運命をも変えてしまった少年たちとの戦いの日々を、同志に対するものと似た感慨とともに回想する。ヒイロとカトルが帰還した地球では、サンクキングダムのリリーナが完全平和主義を唱え、軍事支配への抵抗を続けていた。そんな彼女の学園へ、財団の血縁者である少女ドロシーが転校してくる。トレーズ派の傭兵として戦いに身を委ねるヒイロ。その姿に疑問を感じたカトルは、単身訪れた戦火の街で平和を願う人々と出会う。サンクキングダムを守ることが自分たちの使命だと気づく。トレーズ派の負傷兵をサンクキングダムへ追い込み、完全平和の脆さを露呈させようと図る財団。インとヒイロはMSでの迎撃を余儀なくされる。完璧な勝利を生み出す過程で、操縦者に苛酷な選択を強いるゼロシステム。その可能性に強い関心を抱くOZのトラント特尉は、デュオを拉致。彼にウイングゼロの実戦テストを強要するが......。財団は、軍事制覇の障害となるトレーズ派とサンクキングダムの打倒に乗り出した。ルクセンブルクを守るため出撃するゼクス。リリーナは財団本部に招かれるが、それはデルマイユの罠だった。ルクセンブルクの古城で、トレーズから新型MSガンダムエピオンを託されるヒイロ。危険なシステムが再び彼を暴走させる。その頃宇宙では、ゼクスがOZ軍からゼロを奪取していた。自分の未熟さを感じ、故郷で修業に励む五飛。老師とコロニーを失った五飛は正義の怒りに燃える。そんな彼のもとに、戦いの同志を求めるゼクスが現れた。財団のサンクキングダム攻略が開始された。リリーナと平和の理想を守るため、ヒイロたちは戦う。王国の存在自体が戦争を生み出すことを痛感したリリーナは、ついに運命の決断をする。王国の解体により、財団本部へと移送されるリリーナ。デルマイユはそんな彼女の平和的求心力を利用しようと謀る。同じ頃、王国の廃虚では、宿命に導かれるように2体のガンダムが激突していた。