Blog2015-08-20seq2pathwayでアノテーション(前)統計解析ソフトRChIP-seqやRIP-seqでピークが得られた後は、遺伝子をアノテーションしたり、それらの遺伝子がどんなパスウェイに関連するか調べたりしたいですね。Bioconductorのパッケージseq2pathwayを使って、ゲノム領域に遺伝子をアノテーションしたり、遺伝子にパスウェイをアノテートしたりすることができます。seq2pathwayのインストールはおなじみbiocLiteで行います。source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("seq2pathway")seq2pathwayパッケージに含まれているテストデータを使ってテストしてみましょう。library(seq2pathway)data(Chipseq_Peak_demo)こんなデータです。head(Chipseq_Peak_demo)これらの領域に対して、遺伝子をアノテートします。NearestTwoDirection=F)※実行時にPython2.7が必要というメッセージが出た場合は、https://www.python.org/getit/からお使いの環境に合わせたPython2.7をインストールしてください。このような結果が得られます。領域に対し、遺伝子のアノテーションがつきました。head(Chipseq_anno[[1]])※クリックで拡大します次回はこのseq2pathwayを使ってパスウェイのアノテーションを行ってみたいと思います。(1)memberid:amelieffid:Fuku-Iid:miwa-tid:hr-kid:fujinamisid:miya-yid:kubo-mid:ta-yid:yama_toid:yokokozuarchivesはてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。