幕末で「最強」の伝説を残した男、緋村剣心。"人斬り抜刀斎"と恐れられたが、新時代を迎えて仲間たちと穏やかな日々を送っていた。そんな時、新政府から、剣心の後継者として"影の人斬り役"を務めた志々雄真実を討つよう頼まれる。新政府に裏切られ焼き殺されたはずが、奇跡的に甦った志々雄は、日本征服を狙っていた。剣心は必死で止める薫に「今までありがとう」と別れを告げ、京都へ向かう。<不殺の誓い>を破ることなく、日本を守ることができるのかーー。