コマンドで、ゲノム配列をダウンロードしてくる。形式で保存されている。定量では、ゲノム配列を利用するのではなく、転写産物の配列を利用する。そのため、ゲノムのアセンブリ配列から転写産物の配列を抽出する必要がある。ここで、小麦のアノテーションファイルをダウンロードして、転写産物配列の抽出に利用する。種類提供されているが、ここでは新しいバージョンをダウンロードしておく。展開すると、アノテーションファイル(GFF/GTF)が展開されたフォルダに保存されている。マッピングを行う前に、上で作成した転写産物の配列(transcript.hc.fasta)に対してインデックスを作成しておく。ファイルが生成される。使用するインデックスとなる。使用して転写産物の定量を行なっていく。ように保存先フォルダを指定した。上で作成したインデックスを指定する。オプションをつけて、ブートストラップ法による発現量の不確実性(「分散・ばらつき」のようなもの)を推定する。ファイルは生成されない。ファイルに保存される。入力するファイルである。