このページから、ゲノム配列のデータをダウンロードする。Zea_mays.AGPv4.dna.toplevel.fa.gzマッピングには必要としないが、マッピングされたリードを遺伝子領域ごとに集計するときにアノテーションファイルも必要である。GTF)も合わせてダウンロードしておく。使ってリードをゲノム配列にマッピングしていく。マッピングするときに、ゲノム配列から作成したインデックスを使用する。このインデックスを作成する。インデックスの名前は任意につけることができる。ファイルが生成される。使用するインデックスとなる。次に、作成したインデックスを利用してリードをゲノム配列にマッピングしていく。ファイルをマッピングするのに数日かかる場合もある。ファイルに保存される。変換することができる。ファイルに変換するには次のようにする。