ゲノム配列(dna.toplevel)をダウンロードする。Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gzマッピングには必要としないが、マッピングされたリードを遺伝子領域ごとに集計するときにアノテーションファイルも必要である。GTF)も合わせてダウンロードしておく。取り除いたデータ)などの配列データも提供されている。ダウンロードしてくる。配布されているが、これを利用しないので、ダウンロードする必要がない。ゲノム配列に対応したアノテーションデータ(GFF/GTF)も配布されている。データ(*.fastq.gz)と転写産物の配列データ(Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cdna.all.fa)を揃えたら、次に転写産物の配列データのインデックスを作成する。この処理は数分で終わる。フォルダに保存される。リードを、インデックスを介して、転写産物の配列上に擬似的にマッピングする。上で作成したインデックスを指定する。出力結果の保存先を指定する。(小文字エル)はリードの方向性(strand)を自動的に予測するオプションである。指定したフォルダに保存される。ファイルに保存されている。与えればいい(実行例)。