高校では鷹野史寿とチームメイト、大学時代の同期生には、後に巨人で共にプレーすることになる川中基嗣がいる。東都大学リーグ通算78試合出場、253打数71安打、打率.281、6本塁打、46打点。ベストナイン4度受賞。4年時には福岡で開催されたユニバーシアード日本代表にも選ばれ銅メダル獲得。1995年度ドラフト会議にて読売ジャイアンツから3位指名を受けて入団。巨人時代1996年、ルーキーながら安定した打率を叩き出し、主に6番・7番打者として外野手のレギュラーに定着。リーグ優勝にも貢献した。同期入団の仁志敏久も新人ながら内野手レギュラーの座を掴んでおり、新人選手二人がレギュラーに定着するという年になった。1997年、前年は左翼手と中堅手を兼任していたが、この年より松井秀喜の中堅手コンバートに伴い左翼に定着。1番打者としての起用も増え、初の規定打席到達且つ打率3割を記録した。1998年、当時監督だった長嶋茂雄の「バントと併殺が少ない攻撃型の2番打者」という構想から2番打者としての起用がメインになる。1番仁志・2番清水という長らくチームを支える上位打線を形成し、2年連続で打率3割を記録。この年は高橋由伸が入団し、中堅手の松井とともに不動の外野布陣の一員となる。1999年は打撃3部門全てで成績を下げ、打率.295で3割も逃した。2000年も2番打者としてレギュラー出場し、当時NPB史上10人目となる規定打席到達且つ併殺打0という記録を達成。チーム3年ぶりのリーグ優勝と6年ぶりの日本一に貢献した。2001年は規定打席不足に終わったが、打率.324と高打率を記録。長嶋監督がこの年限りで勇退した。2002年、新監督の原辰徳の構想で1番打者として起用を明言され、シーズン200本安打を目標に掲げた。年間通して1番打者に定着、2年ぶりに規定打席に到達し、惜しくも200本安打には届かなかったものの最多安打のタイトルを獲得するなどキャリアハイの成績を残し、リーグ優勝・日本一に大きく貢献した。2003年、3月28日の中日ドラゴンズとの開幕戦で前年巨人相手にノーヒットノーランを達成した川上憲伸から先頭打者本塁打を放ち幸先のいいスタートを切ったが(巨人では1956年与那嶺要以来)、ニューヨーク・ヤンキースに移籍した松井の穴を埋める中堅手の守備練習や開幕早々の肉離れなどの故障などが重なり打率.240、14本塁打の成績に終わり、規定打席にも到達しなかった。2004年、監督就任した堀内恒夫の方針により再び2番打者としての出場になる。開幕前には同じ外野手の斉藤宜之の成長もあり一塁手の練習を提案されたものの、開幕するとシーズンのほとんどで2番・左翼手としてスタメン出場を果たした。2年振りの打率3割をマーク、自己最多の16本塁打を記録。2005年、前年中堅手を守ったタフィ・ローズが左翼手として起用されることになり、また中堅手としてにゲーブ・キャプラーが入団。清水は再び一塁手の練習に本格的に取り組んだが、一塁手も清原和博で埋まっていた為、開幕スタメンを勝ち取れず、4月は控えに回される。中堅手のキャプラーは打撃・守備共に精彩を欠き、4月後半にはキャプラーと左翼を併用され、5月には定位置に復帰している。5月の西武ライオンズ戦では先発の西口文也が9回2アウトまでノーヒットノーランの投球を見せたが、最後の打者として回ってきた清水がノーヒットノーランだけでなく完封試合も阻止するソロホームランを放つという試合もあった。その後も好調を維持し、終わってみれば正左翼手として2年連続で打率3割を記録した。2006年、原辰徳が監督に復帰。外野のポジション争いが熾烈を極めていたが、原は「清水・由伸は格が違う」と発言、左翼のスタメンを確約される。秋季キャンプで広岡達朗の指導で課題のスローイングの修正に取り組み、万全の体制でシーズンを開幕したかに思われた。6月3日の西武戦では左打者キラーの星野智樹からサヨナラ本塁打を放ち、翌日4日は初回に相手先発の西口から先頭打者ホームランを放ち、同点の9回にはサヨナラ犠飛を放ち、2試合連続でのサヨナラ打となった。その後は打撃が低迷し続け、打率2割近辺を上下するほどの打撃不振から抜け出せなくなってしまう。7月26日にはプロ入り11年目にして初めての二軍での調整試合を経験。再昇格後はセンターやライトでの出場も多くなる。打率.216、6本塁打という過去最低の打撃成績となり、大幅減俸を受け入れる。生え抜き野手最年長であった仁志の移籍により、当時の生え抜き野手最年長となった。この年規定打席に到達した外野手は1人もおらず、高橋由と清水は出場機会を確保したものの、矢野や鈴木の台頭によりこの年後半以降は不動のレギュラーを剥奪される。2007年、豊田清と一足早く自主トレに入り、鈴木や移籍してきた谷とともに「1番候補の一人」として春季キャンプを迎えた。怪我により開幕一軍からは外れ、前半戦は不調に苦しみ、一軍と二軍を往復。後半戦に入り徐々に調子を上げていき、スタメンでの出場機会も増えていった。9月以降は目覚しい活躍をみせ、少ない打席数ながらシーズン打率.339を挙げた。低めだった出塁率もこの年は4割を超えた。ヒットを放ちチャンスメイク。第2戦・第3戦は高橋由伸の腰痛による離脱で1番に入り、全3戦にスタメン出場した。2008年のオープン戦は再び感覚の狂いに苦しみ、また隠善智也の台頭などもあり2年続けての開幕二軍スタートとなった。二軍で結果を出したことや、一軍での故障者が続出したこともあり5月1日に一軍登録され、その日の対広島戦(東京ドーム)の6回裏に代打で登場。シーズン初打席でレフト前ヒットを放った。その後も主に代打要員として起用されるが、打率は1割台に低迷するなど不振から抜け出せず、後半戦は一軍出場がなかった。本塁打が0に終わったシーズンは入団後初めてであった。11月15日、自ら志願し、金銭トレードで埼玉西武ライオンズへ移籍。