1999年、地球へ異星人の宇宙船が落下した。地球人と異星人との最初の出会いは、やがて大規模な宇宙戦争へ発展する。バルキリーを開発して異星人「ゼントラーディ」と戦うも、圧倒的な科学力と物量を誇る彼らの前に、絶滅寸前まで追いやられる。一人の歌姫の歌が戦局を一変させる。して地球人と異星人は和解し、共存の道を歩み始めた。この最初の宇宙戦争の後、人類は種の保存のために大規模な移民船団を作り、新たな居住可能な惑星を目指して旅立って行った。それから50年の月日が流れた、西暦2059年。1千万人以上の人々が地球上と変わらぬ暮らしを営んでいた移民船団のひとつ「マクロス・フロンティア船団」は、比較的近くを航海する「マクロス・ギャラクシー船団」から人気歌手「シェリル・ノーム」が来訪したことで、沸き立っていた。フロンティアのハイスクールでパイロットを目指す少年「早乙女アルト」と歌手を夢見る少女「ランカ・リー」もシェリルのライブに参加していた。ランカはシェリルの歌声にすっかり虜になり、アルトは危険を省みないパフォーマンスを行うシェリルに驚かされる。ライブの最中にフロンティアは謎の宇宙生物の襲撃を受ける。人間の数十倍はある巨大な昆虫のような外観の宇宙生物「バジュラ」に統合軍の兵器はまるで通用せず、防衛網は脆くも破られる。アイランド1の天蓋を破って侵入してきたバジュラに、人々は大混乱に陥った。バジュラはライブ会場のシェリルとランカへも襲い掛かるが、アルトは何とか2人を助ける。シェリルは自分を特別扱いしないアルトに不思議な感覚を覚え、ランカもまたアルトへの気持ちに気づいてゆく。メサイアによって何とか倒されるが、船団は200人以上の死者が出る大惨事となる。フロンティア政府はシェリルの来訪とバジュラの襲来の奇妙なタイミングの一致を怪しみ、シェリルにスパイ疑惑を掛ける。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。