驚異の快進撃を遂げている聖ユニオン学園。次の試合までに仲間の絆を深めようと美由紀は一緒に外へ遊びに行くことを提案する。優佳たちは再度プリンセスカップで優勝することを誓う。その真相を突き止めるため、優佳に練習試合を要求する。告白の木、輝との対立の一件から、寧々と光は花子くんの秘密を知ろうと五番目の七不思議、『16時の書庫』へと入り込む。書庫の中には学園にまつわる全ての人の過去と未来が記された本が並んでいた。寧々は花子くんの本を探すうちに、自身のことが書かれた本を見つけてしまい......。究極の魔王アストラル・トリニティが現れる。それはアラタが変身したその異形の姿――。目の前に現れた聖は高位魔道士だと判明する。聖の目的はアラタを殺し、魔道学園を消滅することだった。イシュ・カリオテがビブリア学園へ攻撃に向かう。学園にルーグが襲ってきた。アラタやミラたちは遠い地で足止めされている。学園を守るため、ユイは皆を夢の世界に避難させ、ただ一人、レヴィだけが戦いを挑んだ。相手は魔王因子を得た魔王候補だ。レヴィは、斬られ、打たれ、倒される。美浜学園の理事長である榊道昭は、その権力を行使しJBを自らのもとに呼び出す。榊家の跡目を継ぐべき娘──由美子を更正させるためだけに作った学園が、その役目を果たしていないことに業を煮やし、彼女の「会社」の力を借りることを決意したのだ。道昭の依頼を受け、雄二を由美子の護衛に付けるJB。それは、由美子の身を護るための「任務」ではなかった。任務の裏にある道昭の意図、そして由美子が心の内に秘めたの真の想いと、彼女の背負った十字架の正体を知った時、雄二は誰もが予想しなかった行動を起こす。極星寮に住む唯一の2年生・一色慧。彼は遠月十傑の1人だった。十傑入りを目指し、創真はさっそく料理勝負を挑むが、そこで初めて遠月学園伝統の料理対決「食戟」のルールを知る。その頃、えりなは自分専用の調理棟の建設のためちゃんこ鍋研究会の主将と「食戟」を繰り広げていた......。学園内の料理研究会に興味を持った創真は、恵を連れて「丼物研究会」へ見学に行く。出迎えたのは意気消沈した主将・小西ただ1人。丼研はもうじき、えりなの手で潰される運命にあると言う。地獄と言われる「宿泊研修」。この合宿では連日何十人もの生徒が強制送還・退学となり、生徒数が半分以下まで減るという噂もある。研修場所は、「遠月リゾート」が経営する豪華ホテル。遠月学園、そして極星寮のOBだった!「お前がどれだけ成長したか見せてほしい」城一郎は創真に料理勝負を持ちかける――。審査員はふみ緒・一色・恵の3人。花子さんの助手となった寧々は、その日から毎日のようにトイレ掃除を強要させられる。花盛りの寧々にとって、放課後をトイレ掃除に費やすのはあまりにも残酷。寧々は次第に花子さんへの不審感を募らせるようになる。そんなある日、学園内で物がなくなる事件が多発。私立桜才学園2年になった津田タカトシ。1年前と同じく桜の木の下で、生徒会長天草シノに制服を着崩していたことを再び咎められた。その後、生徒会書記の七条アリア、会計の萩村スズ、さらに桜才学園生徒が次々に登校してくるが、タカトシの妹、津田コトミが遅刻してきてしまう。4月1日、エイプリルフールの昼下がり、生徒会室ではいつもの日常が繰り広げられていた。共学化されて随分経った今、校内では男女の交際が見受けられ、生徒会でもその風紀の乱れが懸念事項であった。部活動に入っていない時(トッキー)は、三葉ムツミより柔道部への勧誘を受ける。いつもと変わらない日常の生徒会室、しかし、屋上には畑ランコが何やら悩んでいるらしく、生徒会役員共はそれを目撃してしまう。実は、新聞部員達が休んでしまっており、畑一人では休刊してしまうらしい。そこで、生徒会として力を貸すことに。ある日、タカトシとスズが生徒会室に入ろうとすると、シノの席で本を読んでいる人間を発見する。それは生徒会OGである古谷であった。先代の桜才学園生徒会長ということもあり、シノやアリアとのやり取りも絶好調(?)であった。アリスと黒木場、葉山が組んで模擬店を出すことになったりと、ほかの仲間たちも月饗祭への準備を着々と進めていた。新メニュー『なんちゃって担仔麺』の追加により売上を伸ばしてるものの、2日連続売上1位の中華研にはまだまだ及ばない。お題となる食材は、鹿児島産の地鶏『さつま地鶏』。審査員を叡山が買収している八百長勝負。極星寮解体の危機は乗り越えたものの、薊政権の改革は引き続き進められていた。3名が十傑から除名されてしまう。負けた団体は解体され、中枢美食機関(セントラル)の支配は強まっていた。勝負の審査は、隠れて二人の様子をみていたえりな、恵、緋沙子が行うことに。1年生の進級試験は、毎年北海道で行われるのが慣例。北海道の食材がテーマとなる。展開していく進級試験。葉山は、十傑のメンバーに加わったという。汐見ゼミが潰れた経緯と、葉山が中枢美食機関(セントラル)と戦わず薊側についたことが気にかかる創真。事情を知る堂島から、薊の暗躍と葉山が十傑になった理由を聞かされる。創真が捨て身で熊肉の美味しさを追求した「メンチカツ」が出され、早くも勝敗が決まったように思われた。創真の目はまだ諦めていなかった。絶望的な状況のなか、薊に退学取り下げを直談判するえりなだったが、取り合ってもらえず......。その意図を汲み取ろうと模索するタクミは、実地研修(スタジエール)での出来事を思い返していた......。中枢美食機関(セントラル)に対抗するため、考えられる中で最強のメンバー8人をそろえた創真だが......。生徒会の活動やイベントなどを知らせるため、新聞を作ろうとするシノ。新聞部の協力を得て制作は進められたが、案の定ランコやアリアがボケるせいで作業は脱線しっぱなし。ここで、タカトシが意外な才能を発揮し、全桜才学園女子を涙の海に沈めてしまう。シノが楽しみにしていた体育祭が、明日に迫った。準備やリハーサルを済ませて、生徒会一同は思い思いの夜を過ごす。結局、シノはワクワクしすぎて一睡もできずに体育祭に突入。タカトシは借り物競走で引っ張りだことなる。体育祭も後半戦に入り、白熱した順位争いが続く。最終競技となるサークル対抗リレーでは、シノたちも生徒会チームとしてエントリーする。『学園の種馬』とコールされたタカトシから、シノ、アリアと手渡されたバトンは、最終走者のスズに託される。