第3シーズンからの番組名変更にともない、主題歌も新アレンジで再録音された。放送開始当初から視聴率的には低迷し、過去のシリーズに登場したキャラクターや俳優を出演させるなど様々なテコ入れが試されたが、視聴率は地を這う一方で、2005年2月3日(現地時間2日)に第4シーズン・フィナーレを最後に打ち切りされることが正式に発表された。同年5月中旬、「最後のフロンティア[1]」が最終エピソードとして放送され、全4シーズン・98話を以って終了した。最終話には『新スタートレック』のウィリアム・T・ライカー副長役のジョナサン・フレイクスとカウンセラー・ディアナ・トロイ役のマリーナ・サーティスが特別ゲスト出演した(内容としても新スタートレック第164話『難破船ペガサスの秘密』と関連づいている)。40年近くが経過していた。1987年に始まった『新スタートレック』からは15年以上にわたり途切れなくテレビ放送が続いており、そのうち7年は2つのシリーズが並行して放送されていた。『新スタートレック』開始以降だけでも4本のテレビシリーズ(合計500話以上)と6本の映画が製作される中、『スタートレック・ヴォイジャー』の第4シーズン終了時〜第6シーズン初期にかけてプロデューサーかつメインライターであったマイケル・ピラー、ロナルド・D・ムーア、ジェリ・テイラーらがスタートレックシリーズから離脱し、それ以降リック・バーマンとブラノン・ブラーガが主要かつ製作陣のトップにあり続けた結果、シナリオの質の大幅な低下や、レギュラーメンバーの描写の偏りが目立つようになり、最終的に『スタートレック・エンタープライズ』において上記の視聴率低下により打ち切りを招く結果になった。『新スタートレック』以降のテレビシリーズや劇場作品で製作陣の中枢にあり、本作の最終話を含む数多くの脚本も執筆していたリック・バーマンとブラノン・ブラーガはこれを最後にシリーズから完全に退くことになった。この2人は第4シーズン開始時に製作陣からは外されており、マニー・コトが後を引き継いでからは、過去シリーズとのつながりも矛盾のないものとなり、また補完が行われるなどストーリーの質も大幅に上がったが、最終話の脚本を再びリック・バーマンとブラノン・ブラーガが担当しており、第4シーズンで積み重ねてきたタッカーとトゥポルの関係を特に理由もなくリセットさせていたり、俳優自身も疑問を呈するほどの必然性の無い死に方をタッカーにさせたため、多数の視聴者から抗議や疑問の声があがり、打ち切り後に出版されたいくつかの小説で、タッカーのその後をが描かれた理由の一つにもなった。タッカーの扱いについて、多くのファンから糾弾されたブラノン・ブラーガは、タッカーを死なせたことについて後悔はない等と発言した。その後スタートレックシリーズの「パロディ」ドラマであるオーヴィルに参加している。日本語吹き替え版は当初「船長」ではなく、「艦長」と当てられていたが、『宇宙大作戦』との整合性をとるために、第1話『夢の旅立ち』のアフレコ終了後に変更され、第1話自体も録り直されている。ビーグル犬の「ポートス」。