一条和矢ダグと結ばれてから数ヵ月後、彼の工房に一人の男がやって来た。何でも、街外れの時計台の大時計を停止させて欲しいのだという。破格の報酬に釣られ、ダグに無断で依頼を引き受けてしまうディックとアビー。時計台には、なぜか鉄機兵達が住み着いていて——。統制区域での、己のルーツを探す旅を終え、再び禁止区域へと戻って来たセルジ。心も身体も深く結びついたパートナー・ディックと共に、離れ離れになった仲間達を探す事にする。互いの気持ちを確かめ合い、コーネルと二人きりの生活を始めたディック。身の回りの事は何もかも鉄機兵に任せきりだった為、何をするにも戸惑いっぱなしのコーネルを、ディックは優しく見守る。そんなある日、コーネルのジェムが赤から青に変わってしまい、特殊能力を失ってしまう。青いジェムの持ち主は、禁止区域へと隔離されてしまうのが定め。相変わらず冒険三昧の日々を過ごすロディは、ある日夢の中で不思議な少年と出会う。禁止区域を牛耳る『サーペント』を、グレッグと共に壊滅させてから数ヵ月後。今まで『サーペント』によって押さえつけられていた者達が、覇権を競い始め、治安は悪化の一途を辿っていた。そんな折『ネオ・サーペント』を名乗る組織に囚われてしまうディックとグレッグ。