研究室のミッションは2つです。研究活動や研究会などのお知らせはこちらです。人材募集についてはこちらをご覧ください。低コスト、ハイスループットを兼ね備えた世界最高精度の1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2は、1536種類の細胞バーコードを利用して、1細胞をプールして反応できるため、低コストに大量の1細胞RNA-seqが実施できます。RNAを効率的にシーケンスライブラリに変換することができるため、少ないシーケンスリードで多くの遺伝子を検出できます。talingを用いたtagging、逆転写酵素量の削減、分子バーコードの採用などにより、低コスト化と高精度化を両立させました。RNAの検出、完全長からのcDNA合成を同時に達成しました。RNAの検出に成功しました。カバー率が高く、実験間のばらつきが低いことが示されています。高速で正確な細胞検索ソフトウェア巨大な1細胞RNA-seqデータベースに対して、自分で計測した1細胞RNA-seqのデータを1細胞ずつ検索するソフトウェアCellFishing.jlを開発しました。hashingを組み合せた最近傍検索を用いています。データのインデックス化やデータ構造も工夫して、高速に正確に細胞検索ができるようになりました。時系列1細胞RNA-seqデータからの効率のよい転写制御ネットワーク予測アルゴリズムこのアルゴリズムは時系列1細胞RNA-seqデータから転写因子ネットワークを現実的な計算時間で予測できます。擬時間に沿った転写因子の発現変化を、転写因子数分の次元の線形常微分方程式に基づきモデル化しました。この行列を効率的に最適化するため、低次元の微分方程式を構築し、低次元の微分方程式を線形回帰と行列変換により元の転写因子のモデルを学習する理論を構築しました。SCODEは、精度評価において、ほかの手法と比較して、おおよそ最良の結果を示し、実行時間も非常に小さいことを示しました。Ontologyではカバーできない多くの医学・薬学などの情報を持つ用語集で、文献の整理に使われます。我々はMeSHを遺伝子に割り当てることで、ある遺伝子セットの機能を類推する方法を提案しました。この遺伝子セット解析が実行できるR/Bioconductorパッケージを実装し、公開しました。バイオインフォマティクス環境をクラウド上の仮想スーパーコンピュータに展開できるソフトウェア群たくさんのソフトウェアとデータベースを組み合わせて、複雑な計算を行うバイオインフォマティクス解析環境を自力で構築するのは困難です。そのような解析を実行するためには、適切な計算機とソフトウェア環境が必要になります。Linuxを開発しました。これらの環境は、ソフトウェアによって自動的にソフト・ハードウェア構築するDevOps技術を駆使して開発されています。