統合ホームページポスターや発表スライドの著作権は、発表者・発表者の所属機関に帰属します。ポスター・スライド内の図や文言を転用する際には、著作者と話し合っていただくようお願いいたします。日本ではこれまで、多額の公的資金がライフサイエンス分野に投入され、膨大なデータが生み出されてきた。その中には、日本人固有のデータをはじめとする、科学的評価の高い情報や産業分野での利用価値が高い貴重な情報も多い。それらの情報が公開されない、あるいは開示が不十分なケースが多いのも実情である。プロジェクロの終了後維持管理されず死蔵されているDBも少なくない。何より各機関で不統一のフォーマットでデータベース化されていてそれらの間を渡渉する検索も容易でない。ゲノム解読以来、ライフサイエンスはオミックスなど膨大なデータの産出とその情報処理に大きく依存する学問となっている。科学・産業分野における日本の国際競争力を高めていく上で、日本におけるバイオインフォマティクス環境の整備と優秀な人材の育成は欠かせない。そのためには、省庁の壁を超えた、データストレージ、大規模計算、そしてデータベース公開の機能を業務として担う恒久的なデータセンターと、それに付随し、情報解析から新たな付加価値を生み出すための高度なインフォマティクス研究を推進するナショナルセンターの設立が望まれる。NCBIやEBIといった海外のDBに多く依存している状況はライフサイエンス研究、産業化に重要な情報の安全保障上のリスクも大きい。このような認識を元にこれまで、バイオテクノロジー戦略会議の場で、また関係4省共管のバイオ産業情報化コンソーシアムのミッションと責任において、統合データベースのナショナルセンターの設立を提言してきた。ライフサイエンスの主たるヘルスケア領域においては日本人、ひいては東南アジア民族固有のデータベースセンター構築まで視野に入れた国際貢献までめざしたい。近年、DNAマイクロアレイや次世代DNAシーケンサーといった大量にデータを産生する実験装置の開発ならびにその普及によって、膨大な塩基配列情報や遺伝子発現プロファイル情報がデータベース(以下、DBと略す)として利用可能となっているものの、そういったデータを解釈して医学生物学的に新たな知見を得ることがそのデータの大量さ故に困難になってきている。そのような状況下で、文部科学省による「統合データベースプロジェクト」が平成18年度から5年間の年限プロジェクトとして立ち上げられた。Science)に関して紹介する。DBCLSでは、統合DB構築は完結しないプロセスであると認識しDB構築のみならず維持することに注力し、唯一の統合DBを目指すのではなく研究開発の生産性を向上させることに主眼を置いている。独自に研究開発も行うもののサービス事業であることを認識し、可能な限り母国語である日本語で提供できるようインターフェースのみならず、日本語のコンテンツも充実させている。>からアクセスすることができる。Dictionary)などの辞書にあれば自動的に相当する英語の単語に変換されて検索され、英語のコンテンツしかないデータベースも日本語のキーワードで検索することが可能である。DBの使い方を動画のチュートリアルを作成し(統合TV)、統合ホームページから利用可能な日本発のDBのみならず、分子生物学者が普段よく使うPCR用のプライマー作成ソフトウェア(例えば、primer3)などのウェブツールについても広くカバーしている。その他の提供しているサービスについても時間の許す限り紹介する予定である。国家プロジェクト等によってライフサイエンス分野のデータベースが産生されてきたが、その統合によって情報を有効活用できる「統合データベース」が、産業界や学界から要望されている。H-InvDB)」等のデータベース群を開発していたが、2008年4月に経済産業省の委託を受けて「経済産業省統合データベースプロジェクト」(2008-2011予定)を開始した。本プロジェクトの目的は、経済産業省関連の研究成果物等の整備・連携・統合による研究開発の促進である。ヒト遺伝子関連の分子データの統合を図って、H-InvDBと糖鎖関連遺伝子データベース、機能性RNAデータベース等との連携を進めている。MEDALSの内容としては、成果物便覧や関連プロジェクト情報、成果物アーカイブ、および本プロジェクトで開発した「MEDALSツール」がある。(NEDO)等による成果物の情報を載せている。2009年5月時点で、158件の成果物候補が判明しているが、そのうちデータベース40件、ツール32件の計72件についての便覧を提供しており、逐次件数を増やしている。成果物アーカイブには維持が困難になったデータベース等を置く。これらのデータ整備においては、文科省統合データベースプロジェクトでの統合を考慮し連携して進めている。「MEDALSツール」には、論文情報を定期的に自動収集する「新規文献お知らせツールPubMedScan」や、データベースへのリンクが簡単設定できる「リンク自動管理システム」、そしてデータベース間で対応したIDがわかる「ID一括変換システム」がある。これらはDB利用者・開発者の負荷を軽減し、持続可能な統合データベースの実現に寄与すると思われる。近年、ゲノム解読スピードは革命的に向上している。倍以上改善しコストは劇的に下がった。年半ば現在、表1に示すように12縲鰀20億塩基である。2兆塩基に達する可能性もある。約30億塩基対のヒトゲノムの解読には17年間要したが、2009年現在では約1ヶ月、3年後には10分程度になる可能性もある。次世代シークエンサーの性能を測るパラメータとして、1日もしくは実験当たりの塩基解読量がしばしば注目される。12縲鰀20億塩基/日であり、大きな差がないように見える。他のパラメータであるリード長、リード数、サンプル量、1回の実験にかかる時間の観点からは、各々のシークエンサーには他とは異なる特長があることが見てとれる。このようなパラメータに注目しながら、どのシークエンサーがどの応用例に向いているかを判断することが重要になる。本講演では、各パラメータの改善が、どのような応用例をあらたに開拓するかについての見通しを述べ、関連するソフトウエアの進展について解説する。Bank)の組織によって、高い品質管理を保ちつつデータベース化され管理・運営がなされている。Institute)-PDBe、およびNMRデータを対象とする米国ウィスコンシン大学のBMRB(BioMagResBank)とともに、wwPDBの4つのメンバーの一員として、データ登録・編集・配布の作業に加えて、インターネットを通じた様々な検索サービスを提供している。wwPDBは、これらの研究を長年進めてきた構造生物学者のソサエティーが、解析された構造データを無料で公開し研究者の間でシェアすることが、競合する研究者がいたとしても科学の発展により有効に働くと判断したことによって設立された、公共のデータベースである。1971年から登録と配布が開始され、現在(2009年5月13日のアプデート時点)では、57,558個の立体構造が配布されている。%がX線結晶解析によって決定され、14%がNMR法によるものであり、その他259個の電子顕微鏡による原子分解能の立体構造も登録されている。このような歴史があるため、wwPDBは、構造生物学ソサエティーの強い支援により、毎年行われるwwPDB国際諮問会議での議論と助言により、国際的に統一された形で、登録時における厳密な品質管理、標準的なデータの記述フォーマットとその検証、実験データの登録内容への追加等を進めてきた。Toolの開発をwwPDBのメンバー内で実施している。これらの経験をふまえ、持続可能なデータベース運営のために必要な問題点を整理するとともに、日本の統合データベースへの期待を述べたい。(R)マイクロアレイにより取得した。毒性学データを取得し、データベースに格納した。system)の開発を行った。製薬企業13社は、TGPの継続研究として「トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト」(TGP2)を平成19年度より5年計画で開始した。効率化を目指している(図1)。本講演では、第1期プロジェクトでのデータベース構築、第2期プロジェクトの研究活動の中から安全性バイオマーカー探索に焦点をあて、その戦略及び研究経過を紹介する。エネルギーなど地球と人類を救う植物科学とバイオテクノロジーの根幹を支える先端科学と見なされている。シロイヌナズナやイネを始め、いくつかの高等植物の全ゲノム塩基配列が解読されたが、実験的にその機能が証明された遺伝子は少数に過ぎない。従って、これらの未知遺伝子機能を同定するゲノム機能科学が大きな課題になっている。そのためには、ゲノム、トラスクリプトーム、プロテオーム、メタボロームなどのいわゆるオーム科学を統合した研究を推進する必要がある。精緻なメタボロミクスを駆使することによって、代謝に関係する遺伝子の機能決定をはじめ、代謝ネットワークの解明などが可能である。メタボロミクス研究は代謝物分析、バイオインフォマティクス、統合ゲノム生物学という三個の要素からなり、それらを有機的に統合することによって初めて実現できる。データベースの有効利用がメタボロミクス研究推進の鍵であると考えられる。センター(PSC)にメタボローム基盤研究グループが発足し、日本の植物メタボロミクス研究の中心の一つを担っている。この理研PSCメタボローム基盤研究グループでは、メタボローム研究を基盤とした統合ゲノム科学に基づく植物の量的ならびに質的な生産力向上を目指した研究プラットフォームの構築とその応用を進めている。本グループで開発したデータベースや解析ツールを下記のサイト(PRIMe)から公開し、世界のメタボロミクス研究コミュニティに貢献している。本講演では、データベースを利用して如何に効率的にメタボロミクス研究を推進するかについて述べ、今後どのようなデータベースを必要とするかについても議論したい。おいて、人体に由来するデータを利用せざるを得ない。ゲノム研究や他の分析手法の進歩に伴い、個人々のデータを大量に、場合によっては追跡しながら、或いはカルテに遡及できる形で研究に利用する必要が生じている。このような活動を行う場合に、研究の過程でデータベースの作成は必須である。そこでは、個人情報保護の問題が大きな課題となる。1980年のOECDの個人情報保護8原則を基本としている。いう未知の将来に属する活動を支えることに向いていないという大きな問題が存在する。問題点、海外での対処などを紹介し、人体に由来する情報のデータベース構築の問題点と解決策を探る。統合データベース中核機関との連携の元、分担機関として作成を行っている統合医科学データベースを紹介する。DB、国立がんセンター研究所癌DBを、分子オミックス情報も含め、セマンティック統合したDBである。セマンティックバックボーンとしてオントロジーと情報モデルを有し、それらをアーキタイプと呼ぶ共有テンプレートで連結することにより、意味的連結と意味的検索を可能にした「データベース3階層統合方式」を開発採用している。ネットワーク縦断的な統合データベースの構築とその有機的検索を可能とする。本事業では、臨床医学データベースに必須の情報倫理検討も行っており、この調査結果についても発表する。WHO-ICD11などで検討され、国際的にも注目されている医科学データベースである。中心となり、関連病院を含めたパーキンソン病患者を対象として、臨床調査個人票の記載内容に薬剤の使用量を加えた臨床情報のデータベースの作成を実施している。患者データは、個人情報保護法に定義される個人情報とその他の臨床情報に分け、臨床情報には個人情報と対応可能な匿名化IDを付して、物理的に別のサーバコンピュータに保存される。システムへのアクセスには指紋認証とパスワード入力を必要とするため、個人情報は、厳重に管理されている。データベースの本格統合に向けて,「データ移動型統合方式」から「インターフェイス型統合方式」への移行について検討し、実施していく予定としている。近年の高速大容量なSNPタイピング技術の確立により、ゲノム全体から疾患関連SNPを探索するゲノムワイド関連解析(GWAS)が可能となった。現在では、数百縲恊柏迪汨フを対象としたコホート研究やケースコントロール研究が次々と計画・実施され、膨大なGWASデータが産出されつつありデータ管理や情報共有のあり方も問題となってきている。我々分担機関はデータの半永続的な集約管理と研究者間の情報共有を目指し、ケースコントロール研究を登録したGWAS-DB、健常者のSNP情報を登録した標準SNP-DB、コピー数多型(CNV)情報を登録したCNV-DBを構築し、データのサブミッションを広くお願いしている。遺伝統計解析結果を登録・表示するだけでなく、CNVやエクソン情報などの解析に有効な他情報と重ね合わせて可視化する機能も備えている。疾患関連SNPの候補を多面的に選択できるよう、複数機関が産出した同一疾患のデータ、及び、異なるプラットフォームの解析結果の比較やメタ解析も可能である。