遊戯に新しいモンスターを召喚するためのスペースは残されていない。遊戯の祖父・双六が持つ町レアカード「青眼の白龍」を狙い海馬がデュエルを仕掛けてきた。倒れた祖父に代り遊戯が立ち向かう。遊戯は祖父を救い出すため、ペガサス主催のデュエル大会に臨む。城之内も出場しようとする。彼には出場しなければならない事情があったのだ。全国大会の優勝者・インセクター羽蛾と遊戯のデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。ペガサスから刺客・物真似師が差し向けられた。海馬の姿と声に遊戯は動揺する。海馬の青眼の白龍が遊戯に襲い掛かる。「後3ターンできさまは終わりだ!」圧倒的な劣勢の中で、遊戯はプレイヤーキラーを挑発する。究極龍を葬る逆転の策を編み出した遊戯。勝利をとるか、海馬の命を救うか!究極の選択に遊戯の心は揺れる。モクバの魂を賭けて、海馬がペガサスと戦う。ペガサスのマインドスキャンの前に翻弄される海馬。青眼の白龍も奪われてしまう。ペガサスの「トゥーンワールド」になすすべが無い海馬。死闘の末、力尽き、魂の牢獄に封印されてしまう。遊戯は打倒ペガサスを誓う。孔雀舞が現れ、デュエルの相手に城之内を指名。伏せたままでカードがわかる舞に城之内は苦戦する。遊戯たちの前に現れた梶木漁太は海のデッキを操るデュエリスト。海馬の弟・モクバが現れた。彼は参加デュエリストから盗んだデッキで遊戯に挑戦する。遊戯たちは海馬コーポレーションを乗っ取ろうと企むペガサスの陰謀を知る。ペガサスの陰謀を知った海馬は、コンピュータネットで遊戯のデュエルに介入しようとしたが、ペガサスに阻まれる。舞のしもべとなった竜崎と城之内のデュエル。準優勝者竜崎の恐竜デッキに歯が立たない城之内を救ったのは、本田からもらったカードだった。レアカード・時の魔術師の力で城之内が竜崎を下す。その夜、舞とひとときの休息を取る一行。そこに現れたのは、なんとクラスメイトの獏良だった。千年リングの闇の力で遊戯たちはカードに封じ込まれてしまう。それはデュエルでの死が現実の死につながる闇のデュエルだった。舞が、闇を操るプレイヤーキラーに襲われ、スターチップを失ってしまった。遊戯が立ち向かうが、特殊なデュエルリングでの卑怯な決闘に引きずり込まれてしまう。海馬瀬人が王国に降り立った。遊戯が物真似師から取り返したデッキを受け取った海馬に、城之内が挑みかかる。海馬に歯が立たなかった城之内だが、気を取り直してデュエルに燃える。遊戯たちと離れたすきにバンデット・キースの罠に落ち、墓場フィールドでのデュエルに突入。遊戯のアドバイス無しで過酷なデュエルを戦う城之内。切り札「時の魔術師」も不発で絶体絶命!城之内を探して、遊戯たちも地下洞窟にたどり着いた。キースに地下に閉じ込められた遊戯たちは、地下迷宮を支配する迷宮兄弟と変則タッグデュエルをすることに。チームワークで猛攻をなんとか防ぐ遊戯と城之内だが、迷宮兄弟の最強モンスター「ゲートガーディアン」が立ちはだかった。遊戯と城之内の息の合ったコンボでゲートガーディアンを撃破!しかし迷宮の出口は、迷宮兄弟の謎掛けに秘められている。ペガサスの城の前で、海馬が遊戯を待っていた。モクバを救うために、遊戯を倒しペガサスと戦いたい海馬。スターチップを失った遊戯は茫然自失。舞が現れ、借りたスターチップを返そうとするが、受け取らない。遊戯に代り杏子がスターチップを賭けて舞に挑戦する。ハーピィズとハーピィズペット竜によって追いつめられてしまった遊戯。後が無い状況で、カオスの儀式を引きあて、カオス・ソルジャーを召喚する。デュエリストとしての意地とプライドをかけて、城之内は遊戯に挑戦する。互いのカード、戦術を知るふたりによる熱い攻防。ふたりの脳裏を様々な思い出がよぎる。王国から帰還した遊戯たち、魂を取り戻した双六を囲んで喜ぶ。そこに少女が現れ、「ブルーアイズを返せ」と双六に迫る。双六のかわりにデュエルを受ける遊戯。モクバと遊戯、城之内の3人に、孔雀舞がパーティに加わった。捕らえられた海馬の情報を求めて旅を続ける一行。同居人はひざ、時々、頭のうえ。