(既存コンバータを真核ゲノムと原核ゲノムで試して確認をして、DBCLSとやり取りしながら、確定する。baseでSIOも使う(sio:hasValueがDataTypePropertyなので、Exon間の順序を記述するのに使える。Taxonomyで種まで、StrainはBioSampleを束ねる空白ノードかなにかを自分たちでとりあえず作るしか無い。自分たちでcurationはしない。けの菌株メタデータの充実オミックス(サンプルデータを使ってフローをまわしてみる。Genome無くても、遺伝研パイプラインでReference手軽に見つけられるかも。マッピング結果のRDF化。Genomeが存在するか否かは容易に判断可能か?RNA-Seq等の実験条件のメタデータ整理サンプル間の比較解析Stanza真菌類全般(とりあえず状況調査。(ID、オントロジーどうするかを話し合う必要がある)入力して欲しいメタデータのリストアップMeGAP-GenomeRefine連携システム(ページ単位での表示の限界。ontology?キーワード検索からのフロー。SO以外は、データを細かくクラス付けて検索する対象をオントロジー単位で絞る認証があるので、個人に特化できる。Moreボタンか、スクロールすれば、一気にSPARQL問い合わせが大量にという問題は解決可能・キーワードからなぜそのStanzaにたどり着いたのかを視覚化するStanzaキーワードからオントロジーのラベルを検索するキーワードtoオントロジーを考えた瞬間に、データへのオントロジーマッピングは見直す必要がある。Stanzaごとに、関連するオントロジーをDB化する?特にDBCLSや他のグループと連携して解決して行きたい課題ゲノムMicrobeDB.jpでは、RefSeqのゲノムデータをRDF化している。真核微生物と原核生物のゲノムを同じRDFモデルで記述したい。真核微生物はエクソンーイントロン構造があるために、gene、transcript、protein間の関係性が原核生物とは異なる。(既存コンバータを真核ゲノムと原核ゲノムで試して確認をして、DBCLSとやり取りしながら、RDFモデルを確定する。MBGD以外のオーソログとのマッピング系統(菌株)問題点:微生物は株まで区別するのが必須。Taxonomyは今後種までしかアサインされない。株レベルのIDどうするかは世界的にも未定。IDや菌株保存機関の菌株IDがついているものについては、それらを束ねるIDまたは空白ノードをこちらで自動的に割りふる。自分達でマニュアルで割り振る作業は出来るだけ避けたい。8プロジェクト下の表でGeneとProteinが空欄になっている株は、ざっと見た限りでは、配列だけ公開されていてアノテーションがされていない株。特別ページ印刷用バージョンこの版への固定リンクプライバシー・ポリシーTogoWikiについて。