悪魔の血を継ぐ少年・奥村燐の前に、突如父を名乗る魔神が現れ、悪魔が棲む虚無界へと連れ去ろうとする。寄宿学校、ダリア学園。敵対する2つの国の生徒が通う、この名門校に、許されぬ恋に悩む学生がいた。ある日小6のヒカルは蔵で古い碁盤を見つける。霊がヒカルの意識の中に入り込んだ。砂漠を旅する少年・アラジンが、とあるオアシス都市で出会った2人の女性・ライラとサアサ。兄・エドワード・エルリック、弟・アルフォンス。