5体のMSが地球へと降下。その1体であるウイングはOZのゼクスに撃墜されてしまう。外務次官の娘リリーナは漂着した操縦者ヒイロを発見するが......。ヒイロの行動に強い興味を抱くリリーナ。ヒイロはウイングの爆破を計画する。そんな時、連合の前に猛威を奮うもう1体のガンダムが現れた。次第に互いの存在を知り始める5人のパイロットたち。デュオは連合の特別治療室に収容されたヒイロを救出。地中海ではカトルとトロワが出会う。宇宙用MSトーラスを擁するビクトリア基地で、ゼクスは彼を慕うノイン教官と再会する。その夜、五飛が基地を急襲。部下を失ったノインは......。娘リリーナとともにコロニーに向かったドーリアンは、OZの策謀により暗殺されてしまう。リリーナは臨終の父から意外な出生の秘密を聞かされる。秘密を知りすぎたリリーナを殺さねばならないヒイロ。学園祭の夜、OZのMSに襲われたリリーナをヒイロは無意識のうちに救ってしまう。OZ総帥トレーズの奸計でニューエドワーズ基地に集められるガンダム。罠にかかったヒイロは連合平和主義者のシャトルを撃破。流血の時代の幕が上がった。ガンダムせん減のため、ニューエドワーズ基地爆破を謀るOZ。ヒイロはその凶行を阻止するが、心は晴れない。五飛はトレーズ暗殺に向かっていた。ヒイロとカトルが帰還した地球では、サンクキングダムのリリーナが完全平和主義を唱え、軍事支配への抵抗を続けていた。そんな彼女の学園へ、財団の血縁者である少女ドロシーが転校してくる。トレーズ派の傭兵として戦いに身を委ねるヒイロ。その姿に疑問を感じたカトルは、単身訪れた戦火の街で平和を願う人々と出会う。サンクキングダムを守ることが自分たちの使命だと気づく。トレーズ派の負傷兵をサンクキングダムへ追い込み、完全平和の脆さを露呈させようと図る財団。インとヒイロはMSでの迎撃を余儀なくされる。完璧な勝利を生み出す過程で、操縦者に苛酷な選択を強いるゼロシステム。その可能性に強い関心を抱くOZのトラント特尉は、デュオを拉致。彼にウイングゼロの実戦テストを強要するが......。財団は、軍事制覇の障害となるトレーズ派とサンクキングダムの打倒に乗り出した。ルクセンブルクを守るため出撃するゼクス。リリーナは財団本部に招かれるが、それはデルマイユの罠だった。ルクセンブルクの古城で、トレーズから新型MSガンダムエピオンを託されるヒイロ。危険なシステムが再び彼を暴走させる。その頃宇宙では、ゼクスがOZ軍からゼロを奪取していた。自分の未熟さを感じ、故郷で修業に励む五飛。老師とコロニーを失った五飛は正義の怒りに燃える。そんな彼のもとに、戦いの同志を求めるゼクスが現れた。財団のサンクキングダム攻略が開始された。リリーナと平和の理想を守るため、ヒイロたちは戦う。王国の存在自体が戦争を生み出すことを痛感したリリーナは、ついに運命の決断をする。王国の解体により、財団本部へと移送されるリリーナ。デルマイユはそんな彼女の平和的求心力を利用しようと謀る。同じ頃、王国の廃虚では、宿命に導かれるように2体のガンダムが激突していた。平和を願うリリーナは、傀儡と知りつつも財団代表となることを承諾する。その頃、宇宙ではホワイトファングと名乗る反OZの武装市民が蜂起。カトルは記憶喪失のトロワと再会していた。宇宙ではコロニーとOZの対立が激化。記憶の戻らぬトロワ、そしてデュオも戦線に復帰、カトルらとともに戦乱の終息を目指すも一方、ホワイトファングのカーンズは地球のゼクスに接近していた。リリーナの支持者が増し、平和への機運が高まる財団。宇宙では反OZ意識が頂点に達していた。ホワイトファングの新たな指導者となったゼクスは地球の排除を宣告した。バルジ要塞でOZとWFとの攻防戦が開始された。ゼクスの真意が知りたいノインは戦闘宙域へ向かう。地球では政変とともにトレーズが復活。リリーナは財団代表を解任されてしまう......。損傷したアルトロンとともに、サリィのシャトルに救出された五飛。ヒイロの勧めでゼロに乗った彼は、自身の進むべき未来を知る。その頃、トレーズは意識不明のレディ・アンと再会していた。コロニー市民を人質にとるOZ宇宙軍。ゼロで出撃したトロワは幻影に苦しむなか、次第に失われた記憶をとり戻す。そんな時、ゼクスはついにリーブラの主砲を発射。戦慄の光が地上を貫いた......。戦術プログラムを施されたWFのモビルドール部隊に苦戦するデュオたち。作戦行動の必要を感じて焦るカトルに、ヒイロは今一度ゼロシステムを使いこなし、チームを指揮することを要請する。リーブラの艦内データを入手したヒルデは、モビルドール化されたメリクリウスとヴァイエイトの追撃にあう。救出に向かうデュオだが、2体にはヒイロとトロワの戦闘データが組み込まれていた。リリーナ救出のためにリーブラに潜入し、ゼクスと対面するヒイロ。大部隊とともに出撃したトレーズはゼクスに決闘を申し込むが、彼は騎士道を否定。リーブラの主砲がトレーズをとらえる。リーブラの進撃を阻止せんと、ピースミリオンは主砲への体当たりを敢行した。デュオたちは敵艦内へと侵入。五飛とノインはそれぞれの心の決着を目指し、トレーズとゼクスのもとへ向かう。リーブラの内と外で、少年たちの最後の戦いが展開する。トレーズに決闘を挑む五飛。ドロシーと哀しみの剣を交えるカトル。博士と行動をともにするデュオ。混迷の宇宙に平和は訪れるのか......。ピースクラフトの忘れ形見であるゼクスは、故郷サンクキングダム奪回のために完成したばかりのMSトールギスで出撃するが......。宇宙用MSトーラスのシベリア基地輸送計画を知り、出撃するガンダムたち。それはOZによる陽動作戦だった。宇宙要塞バルジの照準をコロニーに向けさせ、降伏を迫るレディ・アン。ヒイロはついにウイングの自爆を決意する。