サーバ検索すると、いくつか手順を要する記事が見受けられますが、実際は1行のコマンドで済んでしまった(別のサイトの記事には1行で済むとあったので、そちらが現状は合っている)という感じでしたので、2018/12/13現在で成功した手順を載せておきます。Encryptで取得したSSL証明書を失効させます。-1行のコマンドだけで、fullchain.pemなど他のファイルに対するコマンドを実行せずとも、ドメイン名のディレクトリごとバッサリ消えました。上記の例ではarchive下のディレクトリで実行しましたが、それだけでliveディレクトリからも証明書が消えました。後は、念のためにApacheのhttps通信の際の設定を読み込まないようにコメントアウトしておきます。/etc/httpd/conf/vhosts/hogesite-le-ssl.conf以上です。