非道な支配者から国を奪還せよ!「作戦の最終段階に移ろう。敵を崩壊させ——安土へとなだれ込む!」エルム共和国に新政権が樹立され、フレアガルド帝国で内乱が勃発する中、ヤマト自治領ではレジスタンスたちの戦いが繰り広げられていた。要衝・不動砦を奪取したレジスタンスは、司の機略、葵の戦闘力、そして林檎のテクノロジーという支援を受け、ジェイド率いる圧倒的な大軍勢を相手に、順調に進撃していく。落城を目前にした安土城で、ヤマトの支配者マヨイは、臣民に対する非道な洗脳魔法を発動しようとしていた。