バイオインフォマティクスの備忘録コンテンツへスキップバイオインフォマティクスの備忘録バイオインフォマティクスやPython等プログラミング関連の情報をメモしておきます。LLCからお願いいたします。メタゲノム解析メタゲノム解析とはメタゲノム解析とは、微生物群を直接シーケンスし、網羅的に菌種や遺伝子を特定する解析のことです。糞便や皮膚、海洋や土壌等といったサンプルを対象として研究が進められています。rRNAメタゲノム解析」の2種類があります。現在は主にショートリードシーケンサーが使用されていますが、今後はロングリードシーケンサーを使用することで、より精度の高い解析が可能になることが期待されます。ショットガンメタゲノム解析ショットガンメタゲノム解析におけるバイオインフォマティクス解析の手法は、大きく分けて2つあります。1つはリファレンス配列を使用せずアセンブリを行う手法で、「MetaSPAdes」や「MEGAHIT」といったソフトウェアがあります。1つは、リファレンス配列に対してマッピングをする手法で、「MetaPhlAn」といったソフトウェアがあります。ヒトの糞便サンプル等といった研究が比較的進んでいる分野については、マッピングの手法が使われることが多いようです。rRNAのみをシーケンス対象とすることで、解像度は落ちる分、低コストで解析を実施することが可能です。rRNAメタゲノム解析には「QIIME」といったソフトウェアがよく使われます。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。