ための大学共同利用機関?であり、人体の生命活動-特に脳と人体の働き-の総合的な解明とそのための国際的研究者の育成を究極の目標としています。生理学研究所は「ヒトのからだと脳の働きを大学と共同で研究し、そのための研究者を育成している研究所」です。ミッションそのために生理学研究所は次に3つのミッションをもっています:生理学研究所は、分子から細胞、組織、システム、個体にわたる各レベルにおいて先導的な研究をすると共に、各レベルを有機的に統合し、生体の機能とその仕組みを解明することを使命にしている。生理学研究所は大学共同利用機関として、全国の国公私立大学をはじめとする他研究機関との各組織の枠を越えての共同利用研究を推進することを使命としている。等を全国的な共同利用に供している。担当や、トレーニングコースや各種教育講座の開催によって、大学院生や若手研究者を国際的な生理科学研究者へと育成すること、そして全国の大学・研究機関へと人材供給することも使命にしている。