バイオインフォマティクスの備忘録コンテンツへスキップバイオインフォマティクスの備忘録バイオインフォマティクスやPython等プログラミング関連の情報をメモしておきます。LLCからお願いいたします。RNAseq解析RNAseq解析とはRNAseq解析とは、NGSを使用してRNAの発現量を定量したり検出を行ったりする解析のことです。ダイナミックレンジが狭い、クロスハイブリダイゼーション等の影響を受ける等といった欠点がありました。RNAseq解析は、これらの欠点を克服することに加えて、新規転写産物を検出できる等といった利点があります。近年では、Illuminaシーケンサーによるシーケンスの価格が低下していることもあり、マイクロアレイからRNAseqへの置き換えが急速に進んでいます。NGSで得られたリードをリファレンス配列にマッピングし、アノテーション情報をもとに転写産物の発現定量を行います。マッピングには「TopHat」や「STAR」、転写産物の発現定量には「HTSeq」といったソフトウェアが使われます。novo転写産物アセンブリリファレンス配列を使用せずに、NGSで得られたリードのみから転写産物の配列をアセンブルします。「Trinity」といったソフトウェアが使われます。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。