解析を使えば、ターゲットペプチドに対してクエリーシーケンスの定義と検索を実行することができます。クエリーシーケンスは、複数のパーツから構成することが可能で、それぞれのパーツ毎に許容される最大ミスマッチの値を定義することができます。任意のクエリーシーケンス間の最小および最大距離を指定することも可能です。解析結果は、グラフまたはテーブル形式で表示することができます。この解析は、サマリー解析として実行することができます。詳細はこちらをご覧ください。