最新版をダウンロードするページです。医薬品開発支援のために作成された分子シミュレーション計算のプログラム集です。最新版をダウンロードするページです。医薬品開発支援のために作成された分子シミュレーション計算のプログラム集です。医薬品開発支援のために作成された分子シミュレーション計算のプログラム集です。最新版のダウンロードを行うためのページです。64bit)で使用できます。ツールによって、膜蛋白質や低分子化合物との複合体を含む生体高分子系に対して、高能率の構造探索や自由エネルギー計算、結合自由エネルギーの算出を行うためのものです。法が結合自由エネルギーの計算手法として利用できます。(MD)計算を、GPUを用いて高速に実施するためのものです。MPIによって複数のGPUによる並列化計算が容易に実行できます。myPrestoの一員に加わりました。(v-McMD)法が利用できます。AM1BCC電荷などを付与します。eXtended(高分子トポロジー構築エンジン)このエンジンは、myPrestoの他のプログラムで利用する生体高分子の分子トポロジーを構築するためのものです。新たにPDBx/mmCIFフォーマットによる原子座標の入出力を可能にしたほか、リガンド分子のロポロジーの扱いも簡略にしました。(リガンド分子トポロジー構築エンジン)このエンジンは、myPrestoの他のプログラムで利用するリガンドの分子トポロジーを構築するためのものです。イオンを含む系の座標を作成するためのツールプログラムです。Potentialを考慮して、座標トラジェクトリ群のヒストグラム解析を行うことによって、2つの分子の結合自由エネルギーを計算します。ToolsYYMMDD.tar.gzに梱包されています。)低分子リガンドのコンフォーマ構造を発生します。ToolsYYMMDD.tar.gzに梱包されています。)低分子リガンドにおける環状部分について、コンフォーマ構造を発生します。mol2ファイルを構築するツールです。(リガンド分子データベース)市販されている低分子化合物の3次元分子構造と分子電荷や物理化学的パラメータを含むオープンなデータベースです。DRUGに集められた医薬品についても同様の情報を含んでいます。(リガンド結合ポケット探索ツール)低分子リガンド・ライブラリーを用いて、それらのリガンドをタンパク質にドッキングさせることによって、リガンド結合ポケットの探索を行います。Probesドラッグライクな低分子リガンド・ライブラリです。dockingのためのタンパク質受容体の良いモデル構造を選択できます。(ドッキング・エンジン)このエンジンは、フレキシブル・ドッキングの手法により、化合物を生体高分子へドッキングさせるためのものです。2018sievgene_M(ドッキング・エンジン)sievgene_Mは、sievgeneの改良版です。Phi)でも実行可能です。Phiは、50個以上のコアを搭載したCPUです。kcal/mol程度の誤差)ためのものです。シグナル情報を取り込んだフレキシブル・ドッキングの手法であり、化合物を生体高分子へドッキングさせるためのものです。NMRシグナルの取り込みにより複合体予測精度は、約2倍に向上しています。リガンド構造情報を取り込んだフレキシブル・ドッキングの手法であり、化合物を生体高分子へドッキングさせる、ないしスクリーニングするためのものです。ユーザーが与えた薬物ドッキングポーズへのテスト化合物の分子体積重ね合わせをドッキングと同時に行うことで、ユーザーのイメージした分子に近い化合物を選択できます。QSAR法とは、与えられた低分子化合物と標的分子(蛋白質、核酸)との相互作用を既知活性情報を基にして回帰モデルにより予測する手法です。(DSM-MTS)法の3つの手法が利用できます。ヒット率が高い方法です。