3J結合定数のパラメーター設定Karplus式をベースに、任意の原子間での3J結合定数を求めることが可能です。粉末X線回折パターンの類似度に基づいて、グループ分け出来るようになりました。実測値に対応した結晶構造群を見出すことが容易になります。結晶構造最適化ができるようになりました。構造最適化の際に、座標を固定するか最適化するかを原子ごとに指定できるようになりました。配座探索と組み合わせてお使い頂くことも可能です。結晶構造探索により得られた構造の粉末X線回折スペクトルを、実測データとの類似度で評価できるようになりました。基準振動モードを使用して初期速度ベクトルを算出し、動力学計算を行う計算方法です。複数分子の配置変換や、大きな分子の配座変換に適用できます。構造最適化および配座探索計算を直接行うことができます。OpenMPによる並列処理で高速化しています。OpenMP並列処理を、同時に行えるようになりました。以下の参考文献に掲載されている元素質量に変更しています。以下のOSに対応しています。超球状結晶を設定したミラー指数で切断し、その切断面に最も近い分子、または切断面上にある分子が受ける分子間相互作用を計算します。分散させることで、探索計算の並列化効率が飛躍的に上昇しました。格子エネルギーや結晶構造探索の精度向上のため、結晶エネルギーの定義を変更しました。(直接計算実行が可能)mol2ファイルを入力データとして構造最適化や配座探索を行い、mol2形式の出力ファイルを得ることが可能になりました。6次項までパラメーターを設定して計算を行うことが可能になりました。これらを保存するためのキーワードを追加しました。以下のOSに対応しています。どの位置にどのような向きで配位するのが安定かを探索します。二量体や錯体の安定構造の探索に利用出来ます。WindowsWindowsマシン上で、MPI並列計算を実行できるようになりました。CONFLEXのライセンスが必要です。OSに対応しています。含む分子について、パラメーターを追加して計算することができます。既存のパラメーターを修正して計算することも可能です。MMFF94s力場のみの対応です。以下のOSに対応しています。エネルギー極小に位置する結晶構造を網羅的に算出します。用意した粉末回折データに近い順に並べることもできます。結晶構造の粉末回折データを算出し出力します。X線源の元素や波長を変えることも可能です。Interfaceが一新し、Windows、Mac、Linuxに対応しました。ネットワーク経由でのジョブの実行が可能になりました。PCからLinuxサーバーへ計算を実行することが出来ます。PCで読み込むことが出来ます。(サーバーには、GridEngineのインストールが必要になります。)外部プログラムとの連携が可能です。Gaussianのネットワーク経由での計算実行が出来ます。(サーバーには、GridEngineのインストールが必要になります。)以下のファイルの読み込みが可能です。v13にCONFLEXのインターフェイスが搭載されました。v13のいずれかをご購入いただくと、直接CONFLEXの計算実行が可能です。bit版とマルチコアに対応インストールするPC環境に合わせて32/64bit版を選択してインストールできるようになりました。タンパク質など巨大な分子の最適化用に、マルチコア/マルチスレッドに対応しました。指定することができます。CONFLEXをご利用ください。行うことができるようになりました。゙きるようになりました。分子オブジェクト分類法と組み合わせて使うことができます。結晶構造最適化において、格子定数と分子の回転の他、分子の並進自由度も最適化パラメーターとして含めました。最適化)の3種類としました。各最適化において、最適化パラメーターは全て同時に最適化されます。利用可能な最適化手法は最急降下法と共役勾配法です。原子位置変位の平均二乗差が10^-5よりも小さいこと、としました。非対称単位の分子と対称操作により展開した分子との分子間相互作用エネルギーの和として定義しました。異なるMDL/MOL形式が連続するMDL/SD形式分子ファイルを入力し、構造最適化を一括して実行することができるようになりました。その際、出力ファイルをまとめることも、分割することも可能です。OpenMPによるマルチスレッド化を部分的に行いました。構造最適化などのパフォーマンスが向上しました。水素原子の位置だけを最適化するオプションを追加しました。結晶構造の利活用の際に便利です。荷電子数を古典的に扱うことが難しい元素を含む分子を力場計算で扱うため、指定原子の荷電子数を設定できるようにしました。配座探索を行うために、構造摂動法FLAP/FLIP/SROTの選択的指定が簡単にできるようにしました。実体アンサンブルとなる単位格子を拡張するためのオプションを追加しました。これを指定することで、拡張格子(スーパーセル)を実体アンサンブルとする結晶計算を容易に実行することができます。CIF形式の分子構造入力ファイルを用いた場合、結合次数や原子電荷の指定をできるようにしました。原子のシリアル番号や原子番号で指定した原子に関わる結合長を任意の長さに設定できるようにしました。水素原子の結合長を指定した力場の標準結合長に一括して修正できるようにしました。オクタノールの溶媒効果パラメーターを決定しました。これにより、オクタノールを溶媒として構造最適化を行うことが出来るようになりました。LogP自動計算機能を追加しました。(SA)計算の、計算手法およびパラメーターを改良しました。GB/SA計算に用いるvdW半径算出法を改良しました。結晶計算の並列処理を全面的に改善しました。結晶エネルギー計算と結晶構造最適化を、並列分散処理を行なうように修正しました。全ての空間群で、分子間相互作用エネルギーの解析的微分が求められるようにしました。一部の空間群において、分子間相互作用エネルギーの解析的微分を正しく求められなかった問題を修正しました。これを重原子のみの重ね合わせに変更しました。Cell内のみの各エネルギーの合計を出力していました。これを、結晶計算の対象となった全vdW相互作用と全静電相互作用エネルギーをそれぞれ出力するように変更しました。格子エネルギーはこれらのエネルギーの和として定義されます。オリジナル分子に複数の分子が含まれる場合、出力される全原子数が正しくなかった点を修正しました。簡易ホモロジーモデリングPDB形式の分子構造ファイルで入力分子構造が与えられた時、簡易ホモロジーモデリングを行うことが出来るようになりました。力場の改良ねじれ角パラメーターの自動生成機能を追加しました。ユーザーによる原子タイプの指定ができるようになりました。correction)を適用するように修正しました。MM3力場などにおいて、化学効果による伸縮や変角のパラメータ補正が正しく適用されていなかった問題を修正しました。Fe,Znイオン錯体の計算を行う時に生じるエラーを修正しました。存在しない分子に対して、並列配座探索を行った場合に生じる問題を修正しました。(CONFLEX5では、初期構造あるいは孤立真空中の最適化構造に対する溶媒効果しか評価できませんでした)。利用できる分子力場はMMFF94sです。求めることが出来ます。CONFLEX独自のアルゴリズムに基づき、結晶構造計算を行うことが出来るようになりました。X線結晶構造が既知である有機化合物に対して、配座異性体や分子配向の違いに由来する様々な結晶構造を最適化することが可能です。それにより、結晶多形のエネルギー評価を容易に検討することができます。類縁化合物の結晶構造が知られていれば、未知の結晶構造についても、計算することが可能です。ユーザーが指定したアミノ酸残基を任意の必須アミノ酸残基に置換できるようになりました。ホモロジーモデリングと同様な操作が可能になりました。PDBの登録データには、いくつかのアミノ酸残基の側鎖原子の座標情報が欠落していることがあります。エラーメッセージを出力するようにしました。欠落していたアミノ酸残基の側鎖原子座標を発生させ、正しい分子構造の計算が実行できるようになりました。Rotationのステップ数を、指定できるようになりました。これによって、高分子材料や生体高分子の、限定的な配座探索も可能になりました。この方法を用いると十分な配座探索が出来ないため、得られた配座異性体を解析する際には注意が必要です。弊社で開発したMMFF94s用の力場パラメーターを追加しました。これによって、MMFF94s力場で計算できる分子種が増えました。)配座変換の遷移状態を探索するため、独自に開発したフロンティア振動モード追跡法を導入しました。現時点では利用方法は限定されています。価格は予告なく変更する場合がございますので、ご了承下さい。