連邦兵が現れ、ネモに向かって攻撃を仕掛けようとする。ネモ「裏切られたことはあるか?俺は、信じることに疲れた。裏切られるなら、何も信じない方がいい。最後に信じられるのは、己だけだ。現代~主人公たちとノアとの出会い~一方主人公たちはギルドからの依頼でとある島を訪れていた。目的はこの島に隠された古代のルーン。苦難の末ようやく目的のルーンを見つける。魔物に囲まれる主人公たちそこへ怪しい何者かが現れた。魔物たちの中を縫って現れた何者かが、ルーンをつかみ取った。魔物たちに囲まれた主人公たちが逃げようとすると、ゆらりと少女が現れた。主人公たちはノアとあいさつを交わした。しているうちに魔物に追いつかれてしまう。主人公たちはノアに教えてもらった抜け道を使って逃げ出すのであった。抜け道から外へ抜け出した主人公一行。ルーンを持って行った何者かは魔物を操っていたようだった。しつこく追ってくる魔物たち...。主人公たちは海岸に追いつめられる。ノア「そこの崖からふわっと飛び降りるのです。」ノアに言われるがままに崖から飛び降りる一行。飛び降りた先でしゃべる紫のタコ『タコパスクルー』がキャッチしてくれた。現代~主人公たちとネモの出会い~主人公たちはタコパスクルーに潜水艦に乗り込むように言われ、潜水艦「アルゴノート号」に乗り込んだ。潜水艦の中にはネモが凄まじい殺気を放っていた。ネモ「ノア、なぜ部外者を乗せた。」ノア「困っている皆さんを助けたのです。」ネモは主人公たちに廃墟にいた理由を聞く。ルーン目的の冒険者とわかると、近くの島まで連れて行ってくれることになった。そこは魔物が巣食う無人島。ネモは主人公たちを置き去りにしようとするが、ノアは助けようと主人公たちに加勢する。主人公たちとネモはこうして出会った魔物を倒した主人公一行。キャトラはネモに共に協力するよう取引をもちかける。ルーンを奪ったやつを狙うネモ。ルーンを手に入れたい主人公たち。それでもネモは受け入れる気がなかった。そこでアイリスがネモに交渉することになる。戦艦内にはタコのクルーがたくさんいた。その中で、カプセルの中で眠らせているクルーがいた。そのクルーは『闇』に取りつかれていた。アイリスの詠唱により、クルーはカプセルの中で目を覚ました。闇を払ってくれたお礼として、ネモは近くの安全な島へ送ろうとするが、キャトラは敵の元へ行かないと逃げられると話す。ノアの説得もあり、共にルーンを奪った何者かの元へ向かうことになった。過去~ネモの過去~戦艦内で食事をふるまってもらった。タコの作るタコのフルコース。ネモ「食えれば問題ない。」キャトラは侵略者の意味をネモに問う。ネモはそれについて語った。ネモは連邦海軍の潜水艦乗りだった。当時連邦は、帝国と制海権をめぐって争っていた。戦時中はある島を守れという任務を受けていた。魚雷は残り三発、増援は無し。そんな状況の中でネモはノアと出会う。ノアのおかげでネモは笑顔を取り戻した。ノアに癒されるネモ敵の侵攻は一時おさまった。それ以来ネモは何度か島に立ち寄っていた。島を守ってくれているネモにノアや島の人々は感謝をしていた。大きなクラゲのようなものの姿が映し出される。「このままでは、こいつが帝国に奪われる...!今はあの若造に掛けるしかないか。」ネモはなぜこの島が帝国に狙われるのか疑問に思った。島の人はわからないと答える。ネモは理由はわからなくともこの島を守ると告げた。ネモは6歳の時、帝国の砲撃で腕と故郷を失った過去があった。何もできなかった自分が悔しかったのだ。海岸でノアとネモはいつものように話していた。戦争が終わった方がいい。ネモは命に替えてもこの島を守り抜こうと心に決めた。戦っている途中で急に敵が退いていく。不思議に思うネモとソナー。