宇宙世紀0079——スペースコロニー“サイド3”はジオン公国を名乗り、地球連邦に独立戦争を挑んできた。人類の半数以上を死に至らしめた戦争は、今や膠着状態に陥っていた。そんな状況下で連邦側のコロニー“サイド7”に怪しい動きを察知したジオン公国軍のシャア・アズナブル少佐は、モビルスーツ“ザク”3機を偵察に差しむける。連邦軍はそこで“ガンダム”を中心とする新鋭モビルスーツの開発と運用テストを行っていたのだ。興奮した新兵のジーンは軍功を焦って暴走し、独断で砲撃を開始した。サイド7の少年アムロ・レイは、他の民間人ともども戦火に巻き込まれてしまうが、そこで父の開発するガンダムのマニュアルを偶然拾う。隣人のフラウ・ボゥの家族たちが一瞬で死に至ったのを見たアムロは、ガンダムの操縦席に乗りこんで起動する!ガンダムでザクに立ち向かったアムロは、まったくの素人ながらビーム・サーベルで2機のザクを破壊することに成功。シャアはムサイ艦からミサイルを発射し、サイド7を破壊し続けるのであった。第2話「ガンダム破壊命令」アムロの活躍でザクは撃退されたものの、避難民たちを受け入れた軍艦ホワイトベースは、廃墟と化しつつあるコロニーから待避せざるを得なくなっていた。パオロ艦長以下、熟練した正規軍人たちの大半は死傷し、生き残った少年少女たちが協力して脱出の準備を進める。一方のシャア少佐は、連邦側モビルスーツの機密を求めて自らサイド7内部へ潜入していた。セイラ・マスに見とがめられ、彼女に妹の面影をみて驚愕するシャア。パオロ艦長からガンダムを任されて作業中だったアムロは、逃亡するシャアを追って宇宙へと出る。続いて宇宙へと出港したホワイトベースのモニターには、接近する異常な機体が映っていた。「赤い彗星」と異名をとるシャアのザクだった。シャアはガンダムに銃撃を浴びせてその実力を見せつけるが、アムロはガンダムで懸命に応戦する。ビーム・ライフルの一撃でザクを仕留めたガンダムの威力に戦慄したシャアは後退する。艦に戻ったアムロにブライトは厳しい言葉を浴びせる。生き延びるための懸命な戦いが始まっていた。第3話「敵の補給艦を叩け!」ホワイトベースは、連邦軍の小惑星基地ルナツーへ進路をとった。そのころ、新型モビルスーツの機密入手をあきらめないシャア少佐は、パプア補給艦から増援物資を受け取ろうとしていた。ホワイトベースの士官候補生ブライト・ノアは、その瞬間こそが反撃のチャンスだと判断し、ガンダムとコア・ファイターを出撃させる。当初アムロはブライトに反発を感じたものの、素人とは思えぬ的確なガンダムの操縦で、素人編成の奇襲攻撃を成功へと導いていく。攻撃を受けてシャア少佐はザクで出撃、“赤い彗星”の名に恥じない猛攻をかけてガンダムを追いつめていく。アムロの本当の目的はシャアを引きつけておくことだった。ハヤトとカイのガンタンクはその隙にパプアを砲撃し、撃沈に成功した。艦を失ったガデム艦長は、シャアの制止を振りきって旧式のザクで戦いを挑むが、ガンダムの敵ではなく戦死してしまう。損失の大きさと、敵の戦法の未熟さのギャップに困惑を隠せないシャア。作戦に成功をおさめたホワイトベースは、ルナツーへと向かった。第4話「ルナツー脱出作戦」ルナツー内へ到着したホワイトベース。ブライトやアムロたちを待っていたのは、ワッケイン司令による厳罰措置であった。連邦軍の最重要機密に触れた少年たちは牢獄へと幽閉され、ガンダム他の新兵器も封印されてしまった。シャア少佐は部下とノーマルスーツでルナツーへ潜入する作戦を決行。ホワイトベースには警戒厳重で近づけないため、機雷の爆破で戦艦マゼランを転倒させて港を封鎖する。連邦軍兵士たちは想定外の攻撃を受けて大混乱に陥る。牢の電子ロックが解除され、アムロはブライトと協力して脱出し、反逆罪を覚悟の上でガンダムを再起動しようと試みる。軍規に忠実なワッケイン司令と対立するブライト。パオロ艦長の助言で、ようやくガンダムの出撃が認められ、シャアのザク部隊との戦いが始まった。マゼランを砲撃で排除し、出港するホワイトベース。部下を失ったシャアは撤退したものの、そのときすでにパオロ艦長は息を引きとっていた。艦長の宇宙葬が執り行われ、使命を引き継いだブライトは艦の進路を一路地球へと向けるのであった......。第5話「大気圏突入」ホワイトベースは南米の連邦軍本部??ジャブローを目ざすべく、宇宙からの地球への大気圏突入を敢行しようとしていた。重力に引かれるまま落下すれば、機体は赤熱して燃え尽きる——この危険なタイミングを狙って、シャア少佐はザク部隊で前代未聞の攻撃を仕掛けてきた。随伴していたサラミスの突入カプセルは被弾し、戦闘不能になって収容されてしまう。護衛のため出撃したアムロのガンダムは、新装備ガンダム・ハンマーで1機のザクを倒した。別のザクとの戦闘は長引き、オーバータイムは敵味方ともに帰還不能なポイントへと追い込んでいく。機体は灼熱の大気に包まれ、ザクは溶解してパイロットのクラウンごと空中分解を遂げた。その時、アムロはマニュアル中に大気圏突破の手段を発見した。耐熱フィルムと冷却シフトによって機体温度は低下し、ガンダムはホワイトベースへ無事に収容された。降りたった北米大陸はジオン公国軍の制空権内。倒せない場合はコースを変えるという、シャアの二重の策略は成功したのだった。北米大陸を制圧したジオン公国軍のガウ攻撃空母と戦闘機ドップの編隊が、荒野へ追いこまれたホワイトベースに襲いかかる。指揮官はザビ家の末子ガルマ・ザビだ。アムロは疲れた身体で出撃、ガンタンクの地対空砲撃で空襲を牽制しようと試みるが、敵は戦車マゼラ・アタックによる地上部隊も繰り出してきた。ブライトはアムロにガンダムに乗り換え、巧妙な敵包囲網を突破するよう懇願する。変化する戦況と、口々に身勝手な意見や命令を言う周囲にいらだつアムロは、ようやく自分なりに納得して出撃する。そこは有重力下の慣れない戦場だった。敵はモビルスーツ部隊まで加え、ガンダムは敵の集中攻撃にさらされることになった。混濁する意識の中でアムロはついに決起し、ガンダムを敵のまっただ中に突入させる。その執念に影響されたハヤトたちも応戦し、形勢は逆転した。歓迎する子どもたちを前に、アムロは自室に戻って泥のように眠ってしまう。ガンダムの実力を思い知ったガルマはガンダム奪取を決意するが、協力を約束するシャアの眼は怪しく光るのであった。敵偵察機の監視下におかれて孤立したホワイトベース。ブライトはコア・ファイターを弾道軌道に乗せて射出し、敵陣を飛び越すことで連邦軍本部と直接連絡をつけようと計画した。アムロが着々と準備を進める一方で、地球上に降りられぬことに焦った避難民の老人たちは、子どもたちを人質にとって暴動を起こした。アムロは自分のやるべきことをするだけだとフラウに告げ、格納庫へと向かう。猛スピードで射出されたコア・ファイター。目的を察知したシャアもコムサイで迎撃に出る。アムロは急加速に耐えられず失神し、撃墜寸前に意識を取り戻したものの、敵編隊が迫ったために作戦は中止された。帰還途上のアムロは、さらにガンダムへの換装と自由落下中の空中戦という無謀な依頼を受ける。対するシャアも、ザクで巧みな空中攻撃を仕掛けてきた。戦闘終了後、敵は多用途モビルスーツの形態のひとつに過ぎないとガルマから知らされ、驚愕するシャア。帰還したアムロはやりきれなさのあまり避難民を怒鳴るが、そこに真摯さを見た老人たちは人質を解放して去っていくのであった。|第1話|第2話|第3話|第4話|第5話|第6話|第7話|8〜14|15〜21|22〜28|29〜35|36〜43。