locus_tagでgeneを識別しgeneレポートページのURIとしていた。Uniprotとrefseqを繋ぐtgupグラフもこのURIを使用している。http://togogenome.org/gene/103690:all1455真核生物の場合はlocus_tagがないgeneも多く、URIの見直しをする必要がある。geneのrdfs:labelの組み合わせをURIとする。http://togogenome.org/gene/NC_000001:LOC102723747URLを見て生物種が分かりやすいようにTaxonomyIDを入れてもよいhttp://togogenome.org/gene/9606:NC_000001:LOC102723747理由:geneのリソースにはinsdc:locus_tagまたはinsdc:geneが必ずついており、その値はgeneリソースのrdfs:labelとして記載されている。同一RefSeqIDの範囲内ではrdfs:labelの値は一意である(現状のデータはこうなっているが、この規則があるかは不明。データ生成時チェックをする)URIの永続性を保つために、RefSeqIDのバージョンは省略する。}}insdc2ttlでは、geneのrdfs:labelにlocus_tagかgeneかfeatureを使用するので、rdf:labelは必ずある。同じrefseq_idの中ではgeneのrdfs:labelは重複しないRefSeq+geneラベルでgeneを一意に特定できないinsdc2ttlの改修に伴い、TogoGenomeで使用する予定であったgeneの識別子”RefSeqID+geneラベル”では一意に識別することができなくなった。同じRefSeqID+geneラベルを持つgeneでも複数のlocationに分かれているケースがあり、refseqグラフでは別のURIとして登録されている。この二つのURIは同じNCBIのgeneIDを持ち、NCBIのページgene:100126533ではlocationA,locationBと表記されている。.スタンザでの課題と対応策スタンザでは引数で一つのgeneURIが指定される事を前提に実装されているため、複数個のgeneURIの情報表示には対応できないものもある。引数が複数のgeneURIに紐づく場合には、以下のいずれかの対応が必要になる。Stanza内で複数まとめて表示できるようにするStanza内で表示するlocationをユーザに選択させる(個々のスタンザで選択操作が必要)TogeGenome側でユーザに選ばせる。Turtle生成時に同じラベルのgeneに連番を振って識別する(永続性のないURIになってしまう)重複件数の調査geneの識別子を"RefSeqID+gene"にした場合と、"TaxID+gene"にした場合に重複するURIがどの程度あるか調べた。全件リスト最大で一つのgeneIDに291個のURIが紐づくケースがある。5いくつかピックアップして調べたが、NCBIのgeneIDが同一の場合も、異なる場合もあった。複数locationが同一geneとして管理されている理由は不明。全件ファイル最大で一つのgeneIDに526個のURIが紐づくケースがある。このページは4,804回アクセスされました。Unportedのライセンスで利用することができます。プライバシー・ポリシーTogoWikiについて。