世界中の紛争の火種を秘密裏に消して回る軍事組織、ミスリル。「呪われた島」の異名を持つロードス島。統一されることないこの島に、ひとりの戦士が旅立った。選択肢のない人生なんてまっぴらだ。寂れた田舎町で、鬱屈した日々を過ごす少年レントンの目の前に突如、謎の美少女エウレカと幻のマシン、ニルヴァーシュが姿を現す。それはレントンの遙かな旅路の始まりだった。エウレカ=運命と出会ったレントンは、「世界」を知るため、旅立ちを決意する。共に生きることを誓い合う甲賀の弦之介と伊賀の朧。どちらか生き残ったほうにそれを賭けるという厳命を下した。人知を超えた秘術をもった、個性溢るる忍びの面々。