ダムや水企業、兵器企業のあるビルがフロアごと吹っ飛んだとの事。2実行犯を公衆トイレに追い詰めながらも、火力に劣る警察では制圧できません。要請を受けて現場へ急行するチームのメンバー。3実行犯のテロリストを制圧する素子。反撃をくらってしまう。この時にウイルスに感染し義肢の痙攣・痛みをおぼえるようになります。これは失った手足に感覚を覚えるという幻肢痛(ファントムペイン)の症状に似ています。参考はラマチャドラン博士の脳の中の幽霊がよいでしょう。ちなみにこれは攻殻機動隊のタイトルの元ネタかと、モダンは疑っています。4捜査を進めるチームメンバー。倉庫のような狭い部屋をたまり場にしています(笑)荒巻からメンバーが1人足りないことがチームの条件を満たしていないので予算が下りないという事やチーム全体が統一された規格で構成されていると弱い事を指摘されます。この統一規格が脆い、事はアップルシードの頃から繰り返し原作でも触れられていて、もはや定番です。全身義体で独身主義者ばかりのチームに生身で妻帯者で子持ちのトグサが所属する伏線ですね。このシーンで素子が半年に6人の男性と交際したという事が明らかにされます。あきれるバトーやイシカワ達。※ここ伏線!5テロリストの体にスクラサスの入れ墨が彫ってあった事から、かつて日本が工作を行った某国の反政府ゲリラの残党が関与している事が判明。スクラサスとはギリシア神話のスキュラの事です。首がたくさんあって、切っても生えてくる怪物ですね。この名前を名乗った指導者はいくつもの義体を乗り換えながら活動を行い、最後は死亡したとのこと。※ここも伏線!6いろいろ端折りますが、捜査は進みます。先端軍事技術と義体の利点を生かした捜査をするメンバーではたどり着けない事実にトグサがたどり着きます。素子に認められるトグサ。7こっちは同時進行で素子とホセ。素子の足の痙攣と痛みをメンテするホセ。ホセは素子の部屋に同棲するに至り、互いのゴーストへの侵入を許しあいます。恋愛感情も丁寧に描写されます。8端折ってラスト付近。義体(の四肢)自体に爆弾が仕込まれており、しかもその仕組みは単純な爆発物が埋め込まれているのではありません。義足や義腕に仕込まれた爆発成分が急激に気化することによって臨界に達して燃料気化爆弾のような大爆発を起こすのです。ホセがメンテしている素子の足にもこれが仕込まれています。ファントムペインの原因はこれだったのです。テロリスト残党を確保するために冒頭で爆破事件があったダムへ向かうメンバー。格闘中に視覚をハックする、という高度な技術にいったん後れを取ります。最後は脊髄ごと首を引っこ抜いて勝ったんですけどね。回線で素子に敵の視覚ハックの技術が素子の技そっくりだ!どういうことだ!と詰めよるバトー。ヘリで逃げようとしているホセと水企業をカバーにした武器密輸業者を発見。素子はエアリアル(義肢)からヤバい成分が気化し始めているにも関わらず、ホセを追い詰めていきます。ラスト、鏡に映ったように同じ戦法をとるホセと撃ち合いながも電脳空間で対話、リアルでは互いの頭に銃口を向けています。自分の銃口を素子ではなく自分自身へ向け、撃つように促します。※これは素子のハンドガン銃のグリップにスクラサスのエンブレムが彫られていた事が原因。当時の愛銃だったのでしょう。ロングショットで崩れ落ちるホセの影が見えて決着。