並列化マンデルブロ集合をRで計算する。並列化の練習もしてみる。pythonRを使った大学院講義に関するコメントを見た。関数の定義(実装)は何かを調べた受講生がいるとのことである。気になって自分も調べてみたところrdbファイルに辿り着いたのでメモ。rdbファイル、rdxファイルとは何ぞや2017-08-25RでのダックタイピングR先日参加した1細胞RNAseq解析勉強会は基本的なRプログラミングとシーケンサーから少し前処理したあとのリード数データの取り扱いについての講義であった。司会の先生が格好良くライブコーディングを披露されていたのでそれを観察していたのだが、一般的なオ...Rでのダックタイピング2016-11-15Rでビット演算RRでビット演算をしてみたい。2進数表記にはR.utilsを使うと良さそう。R少し理解度が上がったのでggり直したら日本語の分かりやすい資料が出てきた。C、C++以下https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-ints.htmlとコードを眺めながら書いた駄文。ドキュメントは充実しているので良い。その他書き足す気力が失われたがmode、typeof、is.XX関数は重要と思われる。コードを読んでいると結局Rのオブジェ...RのオブジェクトのC実装2016-08-12Rのクラス(S3~R6)RRのオブジェクト指向について。細かい表現(=が入るかどうかなど)についてはリンク先で確認する。dot言語Rのオブジェクト指向について調べていて、S3はlistだという表現が比喩なのかlistを使って実装されているのか気になった。ついでにS4クラスなどの実装も軽く調べておく。Rの関数コールグラフ2016-04-15Rの並列化RRも並列化で高速化することが可能らしい。使うパッケージとしてはRmpi、snow、pforeachがある。ある集団内で特定の遺伝子の占める割合が偶然に変動する現象。世代ごとに個体がが総入れ替え、遺伝子は親世代の遺伝子プールからの無作為抽出とみなすモデル。遺伝医学DNAマイクロアレイのプロットの課題をやってみた。gplotsライブラリのheatmap.2関数を使う場合と点をたくさん描くゴリ押しバージョンの2つを試した。(trusty)の続編。vignetteを使わない場合はそのままで良いが、vignetteを使う場合はRnwファイルがコンパイルできないといけない。notebookの使い方のまとめ(随時更新)。読書メモ統計の分野で使われる考え方を押さえていく。3級は高校生レベルだが一応確認しておきたかったので日本統計学会公認の教科書を読んだ。遺伝子の変異とかを扱うときに便利かもしれないし気になるので使ってみた。この漸化式に任意の$z_{0}$を代入して計算していくと発散するものと有界なものに分かれる。分布pxxxとqxxxを毎回逆に使ってしまうのでメモ。分位点を受け取って累積分布関数(CDF)を返す。CDFを受け取って分位点を返す。p...Rの乱数関数の名前について2014-07-20Rのパッケージングについて(その1)RRのパッケージングについて調べている。日本語のまとまった情報があまりないのでまとめておく。その1はパッケージングの基本について手を動かさなくてもいいような説明を、その2では実際にパッケージングをやってみる。Rを読んだが、install.package("devtools")してもパッケージが入らない。その1では与えられたデータから分布を予測したが、今回はシミュレーションを通して母集団に与えるパラメータが推定精度にどのような影響を与えるか調べたい。bacteria」の数を予測する問題を取り扱っている。テキストではシミュレーションによって予測していたが、解析的に解けることが分かったのでメモ。ベータ分布と同じく式の中にベータ関数が含まれていて、多次元ベータ分布と呼ばれている。ディリクレ分布の表示に使う分布は多次元のベータ関数になる。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。