次亜塩素酸と次亜塩素酸イオンは遊離残留塩素(ゆうりざんりゅうえんそ)または有効塩素(ゆうこうえんそ)と呼ばれるが、その強い酸化力で微生物やウイルスなど病原生物の細胞膜や細胞壁を破壊し、内部の蛋白質や核酸を変性させることで殺菌または消毒の効果を発揮する。飲み水として安全な水であるためには塩素殺菌は必要であると考えられますが、水道水中の有機物と塩素が結合してトリハロメタンなどの消毒副生成物が生成され、健康被害なども問題視されています。