キリトとユージオが《セントラル・カセドラル》を上り続けていると、リネル、フィゼルと名乗る2人の少女と出会う。いぶかしむキリトとユージオは、とっさの隙をつかれ、整合騎士という素性を隠していたリネルとフィゼルの毒剣による麻痺攻撃を受けてしまう。ファナティオ・シンセシス・ツーが待ち構えていた。整合騎士レンリ・シンセシス・トゥエニセブンは補給部隊の守備を任されるが、初めての戦いに怖気づき、逃げ出してしまった。その結果、キリトがいる補給部隊のテントにまで、闇の軍勢であるゴブリンたちの侵入を許してしまう。アドミニストレータとの激闘から半年が過ぎた。右腕を失い、廃人のようになってしまったキリトを連れたアリスは、故郷であるルーリッド村のはずれで静かに暮らしていた。彼と共に守った世界を眺め、これまでを思い返すアリス。そんな彼女の前に、整合騎士の同僚であり、弟子でもあるエルドリエ・シンセシス・サーティワンが姿を見せる。《最終負荷実験》が始まり、《東の大門》がついに崩壊した。皇帝ベクタとなったガブリエルにたきつけられ、大規模な軍隊を形成した闇の軍勢は、人界へと進軍する。迎え撃つ少数精鋭の人界軍は、部隊を分けて迎え撃つ。絶望的な戦力差にもかかわらず、人界軍の整合騎士たちは一騎当千の凄まじい力で敵を打ち倒していく。闇の軍勢はその圧倒的な兵数で徐々に人界軍を蹴散らしていくのだった。整合騎士アリスの放った強大な術式によって闇の軍勢は大損害を受け、起死回生の策は成功した。人界軍が勝利に沸く中、アリスは敵の敗残兵に遭遇、皇帝ベクタの目的が《光の巫女》を探し出すことであると知る。《光の巫女》の存在を察知した皇帝ベクタことガブリエルは、自軍の犠牲を顧みない非情な作戦を展開する。《光の巫女》アリスの姿を捉えたガブリエルは彼女を捕らえるため、全軍突撃の命を下す。闇の軍勢の一角を担う精鋭・拳闘士軍は本隊に先行して、アリスたち遊撃隊を追う。心意による強固な肉体をもつ拳闘士軍を迎え撃つための作戦を考えるアリスとベルクーリ。そこに名乗りをあげたのは、これまで無言を貫いていた整合騎士シェータ・シンセシス・トゥエルブだった。《創世神ステイシア》のスーパーアカウントを使い、《アンダーワールド》へとログインしたアスナ。彼女が放つ神聖術は、七色のオーロラを帯びる。《地形操作》の効果を持つその術を使う姿は、さながら女神の顕現のようだった。降臨後、ロニエとティーゼの案内でキリトと再会を果たしたアスナ。アスナが《地形操作》で作り出した底なしの峡谷。人界軍が待つ向こう岸にわたるべく、荒縄を橋代わりにして向かおうとする暗黒騎士と拳闘士たち。これを好機と見たベルクーリは遊撃隊を率いて出撃する。現実世界のラース内部では、ガブリエル率いる米工作隊の一人・クリッターによって、奇妙な新規VRMMOの時限βテストが告知され......。ガブリエルの策略によって、暗黒騎士のアカウントを与えられた、現実世界の米国プレイヤーたち。彼らは、次々と《アンダーワールド》にログイン、人界軍と闇の軍勢の見境なく《人工フラクトライト》たちを殺害していく。殺戮集団の彼らが現実世界からログインしてきたプレイヤーだと気づいたアスナは、必死に止めようとする。それを対岸から見ていたイスカーンは、仲間の死に無関心な皇帝に怒りを覚え......。《ラース》の研究施設である《オーシャン・タートル》へと潜入した明日奈は、和人の安否について菊岡を厳しく問い詰める。菊岡は観念したように、和人がこの《オーシャン・タートル》内の《ソウル・トランスレーター》で治療していることを明かす。一安心する明日奈だったが、明日奈と共に潜入した凛子は、何故自分を《オーシャン・タートル》に招いたのかと菊岡に疑問をぶつける。菊岡が語りだした《ソウル・トランスレーター》の開発には、想像を絶するほどの壮大な目的があった。