この年、正式に東宝社員となった有川貞昌の他、円谷の誘いを受け、東横映画にいた富岡素敬が、撮影助手として研究所員となった。富岡、有川を合わせて4~5人の陣容だった。円谷は昭和25年から29年までの東宝全ての本編・予告編のタイトルを撮影しており、東宝映画の「東宝マーク」を有川とともに作ったのもこの時期である。この年の『佐々木小次郎』(稲垣浩監督)での特撮が東宝作品の復帰第1作となるが、この時点ではまだ嘱託扱いである。1952年(昭和27年)、51歳。この年2月、日本独立後の公職追放解除を受ける。公職追放を受けていた森岩雄が製作顧問として東宝に復帰したことで、再び円谷も本社に招かれ、『港へ来た男』の特殊技術を担当。これが、正式な作品契約としての東宝復帰作となる。5月、企画部に「クジラの怪物が東京を襲う」という映画企画を持ち込む。7月、東宝は体制を一新し、「製作本部」を設置。本部長には5月にアメリカ映画界視察を終え、帰国した森岩雄が就任。新しいシステムの導入として、田中友幸を含む、9人から成るプロデューサー陣を組み、制作体制を強化。1953年(昭和28年)、52歳。東映で『ひめゆりの塔』、重宗プロ他で『雲ながるる果てに』を担当。らを正式に撮影所に迎え入れ、特撮スタッフの強化を図る。した中、満を持して戦記大作『太平洋の鷲』が企画される。この作品は、前年にハリウッド視察を行った森岩雄によって、「ピクトリアル・スケッチ」(壁に貼り付けた総覧的な絵コンテ)が導入された、初の特撮映画である。辞任してこれに当たり、その後長きに渡って名コンビを組むことになる監督の本多猪四郎とともにこの『太平洋の鷲』を作りあげた。この年、日本初の立体映画(トービジョン)作品、『飛び出した日曜日』(村田武雄監督)、『私は狙われている』(田尻繁監督)で立体撮影を担当。企画部に「インド洋で大蛸が日本船を襲う」という映画のアイディアを持ち込む。田中友幸はこれが『ゴジラ』の草案の一つとなったとしている。1954年(昭和29年)、53歳。円谷は新たに特撮班を編成してこれに当たる。11月3日、満を持して製作された『ゴジラ』が公開され、空前の大ヒット。日劇ではつめかけた観客の列が何重にも取り囲み、田中友幸がチケットもぎを手伝うほどだった。円谷英二の名は再び脚光を浴び、同作は邦画初の全米公開作となり、その名は海外にも轟いた。1955年(昭和30年)、54歳。『ゴジラの逆襲』で、晴れて世界に例を見ない「特技監督」の名称を与えられる。キングコング対ゴジラ』などの怪獣・SF映画において特撮技術を監督。円谷の特撮作品というだけで、製作中から海外の映画会社が契約を結びに来日したほどである。1956年(昭和31年)、55歳。続いてこれも怪獣映画では日本初の総天然色作品『空の大怪獣ラドン』を担当する。円谷はチーフキャメラマン有川貞昌の意見もあり、これらの作品にイーストマン・カラーのフィルムを使用。以降これが定番フィルムとなる。東宝で賄いきれない合成処理や、人形アニメ撮影などをこちらで行う。研究員のギャラは円谷の個人負担である。1957年(昭和32年)、56歳。東宝は特撮部門の強化を目論み、製作部に円谷陣頭の特殊技術課を組み入れて再編成する。