ところが東京撮影所のカメラマン達から「ズボラヤをカメラマンと認めるわけにはいかない」と理不尽な反発を受け、円谷は撮影ができなかった。そこで森は円谷のために一計を案じ、11月27日付で特殊技術課を設立して、課長待遇で迎えることとした。これは直属の部下のいない孤立無援の出発であり、後に円谷もこの状況を「部下なし課長」と自嘲気味に回想している。ここで円谷は研究予算を受け、自身の設計による国産初のオプチカル・プリンターの実験にかかる。同年12月27日、マサノと二児とともに、東宝の用意した東京・祖師谷の一戸建て住居に移る。1939年(昭和14年)、38歳。特殊技術課に隣接する線画室に、鷺巣富雄(うしおそうじ)が入社。鷺巣は、円谷から動画技術を指導され、個人的に円谷のオプチカル・プリンターの助手を務めた。空中撮影を、円谷は1人で操縦しながら撮影、アクロバット飛行も披露してみせ、陸軍を唸らせた。この空撮部分は円谷自身の編集によって、『飛行機は何故飛ぶか』『グライダー』にも活用された。監督(撮影兼任)した。らを招き、人材の充実を図る。1940年(昭和15年)、39歳。5月に『皇道日本』で撮影を担当。5月の『海軍爆撃隊』では、初めてミニチュアの飛行機による爆撃シーンを撮影、経歴上初めて「特殊撮影」のクレジットがついた。して企画したものである。「飛行機を吊り固定し、背景の岩山を回転させて岩肌を縫う飛行シーンを撮る」という、後年の『ハワイ・マレー沖海戦』の先駆けとなる円谷の特撮は、公開時大評判となった。同年9月、『燃ゆる大空』で特撮を担当、『日本カメラマン協会特殊技術賞』を受賞する。1941年(昭和16年)、40歳。これに伴い、東宝は本格的に軍の要請による戦争映画を中心とした戦意高揚映画を制作することとなる。特撮の需要が高まり、円谷率いる特技課は以後、特撮が重要な役目を果たすこれら戦争映画全てを担当していく。同年、『上海の月』(成瀬巳喜男監督)で、上海湾内を襲う台風の大がかりなミニチュア特撮を担当。花束』で本格的なミニチュアワークによる特撮シーンを演出。この作品では、監督の許可を得て、自ら絵コンテを構成しており、特に落雷を受けた海面が爆発する描写が圧巻であると評判をとる。同年12月8日、特撮の腕を存分に振るった『ハワイ・マレー沖海戦』が公開され、大ヒット。撮影中から皇族や軍、著名人が見学に押しかけて目を見張った、フルスケールのハワイ・真珠湾の特撮セットが話題となり、日本映画界に特撮の重要性を知らしめた。オプチカル・プリンターをついに完成する。この円谷特製のオプチカル・プリンターは手動式で使いやすく、きめの細かい合成が出来たという。1943年(昭和18年)、42歳。始め、10名ばかりが高給を条件に松竹へと移籍、円谷率いる特技課は大打撃を被る。激しくなる一方で、円谷は自宅の庭に防空壕を作った。同年、東宝は創立記念日に、山本嘉次郎とともに円谷を功労者表彰する。敗戦までのこの時期に、特殊な撮影法やミニチュアの使用、合成技術など、特撮技術のノウハウのほとんどが蓄積された。1945年(昭和20年)、44歳。『勝利の日まで』『間諜海の薔薇』『北の三人』の特撮を担当、また、大映京都で『生ける椅子』を担当する。(斎藤寅次郎監督)の特撮を担当する。1946年(昭和21年)、45歳。東宝がこの年製作した18本の映画のうち8本の特撮を担当。1947年(昭和22年)、46歳。撮影所は前年3月からこの年10月まで東宝争議に突入。労働組合はバリケードを組み、円谷が戦時中に使用した、零戦のエンジンを搭載した特撮用の大扇風機が警官隊撃退用に引っ張り出される始末であった。この大争議で東宝は映画製作どころではなくなり、円谷も『東宝千一夜』と『九十九人目の花嫁』の二本の特撮を担当したのみだった。この中、1月に東宝は「部課制」を廃止して「職区制」を採り、特技課は「十三職区」に分けられる。円谷はこの「職区長」として「南旺撮影所」の所長に任命される。政治闘争の場と化していく撮影所内部に嫌気のさした円谷は、この役職を捨て、東宝を離れ独立する。この年、同じく東宝争議に嫌気がさし、東宝を辞めた有川貞昌は、戦時中に観て感激した『雷撃隊出動』を撮った円谷と一度話がしたいと自宅を訪ね、海軍航空隊の対潜哨戒機パイロットだった有川は飛行機の話で円谷と意気投合した。その際、円谷に「我々日本人はもう飛行機(戦闘機)には乗れない。乗りたいと思う若い人は一杯いる筈だ、その夢を実現できるのは我々しかいない。映画ならまた飛行機を飛ばせられる。一緒に新しい飛行機映画をやらないか」と誘われた。研究員となり、後に円谷組のキャメラマンに抜擢され、さらには東宝の2代目特技監督となる。公職追放と東宝復帰1948年(昭和23年)、47歳。加担した」として、重役陣ともども東宝を追放された円谷は、正式に東宝を依願退職。東宝も十三職区(特殊技術課)を解散する。失職した円谷は困窮の極みとなる。6月、福井県福井市の福井駅前の大和百貨店から、戦前の「30分写真ボックス」を完全自動化改良した新案特許の「5分間スピード自動写真ボックス」を20台受注。フル操業で用意し出荷するも、折りしも福井を襲った福井地震によって駅に到着した全機を失うという憂き目に遭う。鷺巣富雄(うしおそうじ)はこの時の円谷の様子を、「見ていられないほどの落胆振りだった」と語っている。(新東宝)、『肉体の門』(吉本プロ)、『颱風圏の女』(松竹大船)の特撮を担当。同研究所は他に大映京都などの映画の特撮部門を請け負ったが、ノンクレジットも多く、全容は不明である。映画音楽の伊福部昭によれば、この年に月形龍之介との付き合いで、京都の小料理屋で円谷と知り合い、その後、飲み友達となっていた。円谷は貧窮しており、伊福部は数年にわたって「ただ酒をおごらされた」と語っているが、この間互いに名乗り合うこともなかった。2人は『ゴジラ』の製作発表の場で、ようやく互いの素性を知って驚き合ったというが、伊福部によれば、おかげで以後の仕事はお互いに気心の知れた、全く気兼ねのないものとなったという。1949年(昭和24年)、48歳。京都に赴き、大映京都撮影所で『透明人間現わる』『幽霊列車』の特撮シーンを担当。大映はこの作品を、円谷の戦後初の本格的復帰作として用意、円谷は戦前の本家ハリウッド映画にも匹敵する透明人間の見事な視覚効果を演出している。円谷はこの特撮に満足せず、予定していた大映入社を断念する。きけ、わだつみの声』の特撮を担当。