清算機関とは、金融マーケットで成立した売買について、約定と呼ばれる数量や代金を確定させるための決済を行います。クレジット・デフォルト・スワップ等のデリバティブ取引などで活用されています。世界的な金融危機の後には、その整備と強化が大きな課題となりました。ここではマーケット参加者を中心に、複数の取引に伴う清算業務を集約させることで最終的な資金の支払額や受取額を調整するだけではなく、金融機関が抱える債権や債務の調整も把握します。万が一、マーケットで取引相手が破綻した場合にも、あらかじめ預けている証拠金を使用することで清算業務が行えます。そのため、個別金融機関が破綻してマーケット全体に波及するシステミックリスクを防止することができます。複数の取引を集約して相殺することもできるため、払い込みに必要な代金を圧縮することもできます。現在、欧米では国債取引のインフラとして定着しています。出資・運営する日本国債清算機関があり体制を強化させるべく進められています。具体的には国債の売買をした後の資金決済では、金融庁と銀行、信託、証券の各業界から清算機関に集中しています。そのため、ここを通して決済をする場合と金融機関同士が相対する場合があります。現在は、このような制度を改めることで資金決済を機関経由のみで行う一本化が進んでいます。