元海軍特殊部隊のリッグスは故郷のテキサスを離れてロス市警の強盗殺人課に転職し、家庭を大切にするベテランのマータフとコンビを組む。妻が事故死した過去を引きずるリッグスは自殺願望があり、犯罪者との対決ではやたらと大胆不敵になるが、一方のマータフは心臓発作による休職から復帰したばかりで、相棒の暴走を見ると心臓が止まりそうな気分になるのだった。シークレット・サービスの捜査官イーサン・バークは、失踪した二人の同僚を捜索中、「ウェイワード・パインズ」という町の入り口で交通事故に遭う。その後、森の中で目を覚ました彼は閑静な住宅街へとたどり着くが、IDや所持品を何もかも失ってしまっていた。自分の無事を伝えようと、家族や組織に連絡を取ろうとするイーサンだったが...。不死身のチアリーダー、クレア・ベネットがカメラの前で自身の能力を披露し、能力者の存在が世界中に知られてから5年。世界各地から能力者と人間がテキサス州オデッサに集まり、共存を目指す平和サミットが開かれるが、大規模な爆破が起きて多くの死者を出す。それを境に危険分子として登録を義務化され、敵視されるようになった能力者たちは、身を潜めて暮らすように。そのテロでクレアを失ったノア・ベネットは、名前も変えて別人のように生きていたが、ある日、自分を尾行する男と接触したことから自分の記憶が欠落していることに気づく。オデッサの事件の真相と、背後にうごめく巨大な陰謀。少女ボーとその両親が乗った乗用車が何者かに襲われ、両親は殺され、ボーは連れ去られて闇に消えていく。これと平行して、ある刑務所では冤罪で死刑を宣告された青年テイトに謎の男が救いの手を差し伸べ、自由と引き換えに少女ボーの命を死守せよという使命を与える。ボーの成長とともに強力になる超能力を狙って、二人に追い迫る政府の悪者たち。元FBI捜査官ライアン・ハーディはかつて逮捕した凶悪犯ジョー・キャロルが刑務所を脱獄したことで現場に呼び戻される。14人も殺害した殺人鬼ながらもカリスマ性を兼ね備えたキャロルは、自らのファンを洗脳し、壮大な計画を実行しようとしていた。タイトルの"フォロイング"とは"追跡"や"信奉者"という意味でも使われる言葉。ライアンと捜査陣がどこにいるのか、何人いるのか分からないキャロルの信奉者を追跡する。人類は12のコロニー(植民惑星)に分かれ、繁栄を遂げていたが、人間の手により開発された人工知能を備えた生命体「サイロン」が突如反乱を起こし、人類に牙をむく。人類とサイロンは長きにわたり戦争を続けるが、ある日を境に休戦することになる。サイロンは密かに人型のスパイを人間社会へと送り込んでいるのだった...。