1940年(昭和15年)10月1日:新駅舎が竣工し運用を開始(3代目)。1945年(昭和20年)12月9日:直江津駅リンチ殺人事件発生。これを機に鉄道公安職員制度が生まれる。1983年(昭和58年)3月:駅レンタカー営業開始[5]。上越テクノセンター)へ専用線が続き、貨物輸送を行っていた。専用線の分岐地点は関川右岸(東側)にあった。1987年(昭和62年)3月31日:貨物取扱を再開。将来施設を整備されることに備えたもので貨物列車の設定はない。境界駅および日本貨物鉄道の駅となる。旅客業務はJR東日本が継承。犀潟駅間の全線が開業。直江津駅間で同線列車の直通運転を開始。1998年(平成10年)9月30日:改築に伴い3代目駅舎での営業を終了、翌日より仮駅舎の運用を開始。2000年(平成12年)4月7日:現駅舎の運用、自由通路の供用を開始(4代目)[6]。2003年(平成15年)12月1日:自動改札機の運用を開始。一度も設定されなかった。柏崎・長岡方面のみ)[7]。直江津駅間がえちごトキめき鉄道に移管[8]。施設および設備も同社へ譲渡。駅レンタカーは3月13日限りで営業を終了。新井駅間)との直通運転を1往復設定。ホーム3面6線を持つ地上駅[1]で、橋上駅舎を有し、上越市が管理する南北自由通路に面している[1]。JR東日本とトキてつの共同使用駅[11]で、駅業務はトキてつが直営駅(社員)として管理しており、信越本線の駅業務はJR東日本からトキてつが受託している。改札口には自動改札機が設置[12]されており、信越本線のエリア内において交通系ICカードが利用可能となっている[13]。当駅はSuicaの一部対応駅のため、カードの発売・払い戻し・再発行は取り扱っていない。コンコースにはみどりの窓口・自動券売機(トキてつ2台・JR1台)・JRの指定席券売機[14]・待合室・売店(NewDays[15])・コインロッカー・化粧室がある。みどりの窓口は経営分離後も窓口が2つ(トキてつとJRで分離)設置されていたが、現在は1つの窓口で両社のきっぷを発売している。バリアフリー対策として、改札内コンコースと各ホームを連絡するエレベーターが計3基設置されているほか、多機能トイレが併設されている。3]を直江津駅長が統括管理していた。コンコースに所在したみどりの窓口は窓口が2箇所設けられていた。北口には旅行センター「びゅうプラザ直江津駅」と、ジェイアール東日本レンタリース運営の「駅レンタカー直江津営業所」も設けられていたが、新幹線開業に伴い2015年3月13日を以って営業を終了し、いずれも上越妙高駅へ移転した。先代の駅舎は1940年(昭和15年)竣工の3代目駅舎には木骨真壁造(ハーフティンバー様式)が用いられ、三角屋根のファサードが特徴的なデザインとなっており、市民や利用者からは「三角屋根の駅」「山小屋風の駅」として親しまれていた[1]。[16]ホームの方面別の振り分けは特に決まっておらず、方面を区別せずに運用されているため、時間帯や列車によっては発着番線が異なる。1番線は東側(長岡方)が頭端式となっており、日本海ひすいラインの普通列車の発着のみに使用している。このほか構内南側には側線が設けられている。駅舎および自由通路は客船「飛鳥」をモデルとしてデザインされたもので「あすか通り」という愛称が付けられており[1]、通路内には駅舎・通路と「飛鳥」のデザインを対比できるパネルが設置されている。終日通行可能で、歩行者のほか自転車も通行できるが、自転車は安全のため、押して徒歩で通行する必要がある。:上り各1基)がそれぞれ設置されている。北口側のエスカレーターは上り・下りとも途中で水平になっている箇所があり、運転時には足許の注意を促すアナウンスが放送される。けられていた出入口は北口で、直江津地区の旧市街地に面している。交番に隣接して、前掲の「びゅうプラザ」と「駅レンタカー」の窓口が設けられていたが、いずれも2015年3月13日をもって営業を終了している。立ち食いそば店「直江津庵」が設けられている。市道を挟んで階段が南北2箇所に設けられており、双方にロータリーがある。当駅の駅弁は、ホテルハイマートが調製・販売を行っている。改札口正面の改札内コンコースでワゴン販売を実施しているほか、駅前の同ホテルでも販売している。主な駅弁は下記の通り[18][19]。一部品目は季節限定となっており、事前予約が必要となっている。出店し、開業日の3月14日から10種程度の駅弁を販売している[20]ほか、同年6月15日からは同駅に停車する「はくたか」の一部列車の車内販売でも取り扱っている[21]。上越後ふるさと弁当(要予約)塩浜(要予約)直江津(要予約)長浜(要予約)かつてはハイマートに加え、隣接する「ホテルセンチュリーイカヤ」の2社が構内営業を行っていた。