ニューヨークのハーレムで、冤罪で投獄された過去を葬り静かに人生をやり直すべく、目立たぬようにひっそりと暮らしている逃亡者ルーク・ケイジ。ギャングのボスに狙われた若者の命を救ったために、思いも寄らぬ事件に巻き込まれギャングたちと対峙することに――。少女ボーとその両親が乗った乗用車が何者かに襲われ、両親は殺され、ボーは連れ去られて闇に消えていく。これと平行して、ある刑務所では冤罪で死刑を宣告された青年テイトに謎の男が救いの手を差し伸べ、自由と引き換えに少女ボーの命を死守せよという使命を与える。ボーの成長とともに強力になる超能力を狙って、二人に追い迫る政府の悪者たち。