::随行員室|33席。秘書官室と同様[[ビジネスクラス]]相当の座席。::一般客室|89席。[[プレミアムエコノミー>エコノミークラス]]相当の座席。[[マスコミ]]などの民間人に対しては運賃が請求されていた(金額は非公開)。::記者会見席|3席。一般客室内に対面式で設置されていた。:二階席|::コックピット|民間仕様とほぼ同じだが、軍用機であることから[[IFF>敵味方識別装置]]などが追加されている。天井にある天測用ハッチに器材を取り付けて国旗を立てることもできる。::通信室|::運航要員室|25席。::[[コックピット]]|[[軍用機]]として[[敵味方識別装置]]・軍用[[UHF]]無線機などを搭載。天井の天測用ハッチに国旗を立てることもできた((後継のB777-3SBERにはこのハッチがないため、駐機中の国旗はコックピットの窓から出す形になっている。~操縦系統は[[2マンクルー]]だが、[[機長]]・[[副操縦士>副機長]]に加えて[[偵察航法幹部>航空士(自衛隊)]]が乗務して3名で運用されていた。::通信室|搭乗中の要人が行う通信を担当しており、専属の[[航空通信士]]が詰めていた。~なお、この部分は退役後も非公開であった。::運航要員室|25席。一部を除き国際線のエコノミークラス相当の座席。一部プレミアムエコノミー相当の座席も設けられていた。::休憩室|:階下|::貨物室|海外の寄港先で不具合が起きた際に備えて各種のスペアパーツが収納されていた他、タラップや[[ボーディングブリッジ]]のない[[空港]]・[[飛行場]]に着陸した際に備えて収納式の[[エアステア>タラップ]]が備えられていた。[#ncb3d1b2]本機は陸海空三自衛隊が保有・運用する[[航空機]]の中で最大の機体であり、運用面でも他の自衛隊機とは異なる特殊な技能が必要とされることから、実際の運用では、重整備や[[グランドハンドリング]]・乗員訓練などの面で[[日本航空]]からのサポートを受けてきた。~しかし、その日本航空は2010年度限りでB747を全機退役させており((その後、2013年度限りで[[全日本空輸]]からも退役したため、日本のオペレーターが運用する旅客型のB747は本機だけになった(なお、貨物型は引き続き[[日本貨物航空]]により運用されている)。))、今後、機体の維持・整備が困難になってくることから、本機も2018年度限りで[[退役>用途廃棄]]することが2013年に表明された((これは2019年以降、日本航空での整備ができなくなることなどが理由とされている。