秘書官室と同様ビジネスクラス相当の座席。プレミアムエコノミー相当の座席だが娯楽設備はない。マスコミなどの民間人に対しては運賃が請求される。二階席コックピット軍用機であるためIFFなどが追加。天井の天測用ハッチに器材を取り付けて国旗を立てることもできる。当初は民間機として導入されたため、3機分の機体番号が予約されていたが、導入が2機にとどまったため残り1機分の番号は空き番のままとなってしまった。国内の公務旅行では目的地により全日本空輸や東亜国内航空(日本エアシステム)のチャーター機が用いられることもあった。乗員の安全を保証できない事から労働組合が協力を拒否した。件の邦人は結局のところ、トルコ政府が派遣したトルコ航空の特別機により救出された。そのため、導入当初は「宝の持ち腐れ」という批判もあった。B747-400の直接の後継モデルはB747-8だが、2017年現在の日本では貨物機型が日本貨物航空で運用されているのみにとどまっている。この措置は徹底したものであり、特別航空輸送隊が部外に公表しているパンフレットでもこの部分については触れられていない。