ガンダムF91』以来、19年ぶりとなるオリジナル劇場作品であり、セカンドシリーズ終了時の本作の発表はファンに大きな驚きと喜びをもって迎えられた、シリーズのテーマである“人類の変革”は本作でも健在。TVシリーズのスタッフ・キャストが総力を挙げて描く、誰も見たことのないガンダムの姿がここにある。「ソレスタルビーイング」による武力介入は世界に変革をもたらした。武力による戦争根絶という矛盾した存在である彼らの存在は世界を一つにまとめ、結果、武力に頼らない社会となって帰結する。それから2年後の西暦2314年、130年前に廃船になった木星探査船エウロパが地球圏に接近――それは人類の存亡をかけた戦いのはじまりだった。人々を導く革新者(イノベイター)へ進化した刹那・F・セイエイは、戦いの中で自らの進化の意味、そしてイオリア計画の真の意味を知る。