超える学生が集い、超能力開発が行われている巨大区域。教師によるボランティア組織『警備員(アンチスキル)』や学生による『風紀委員(ジャッジメント)』によって守られたその日常の裏側には、今日も路地裏でいたいけな少女に絡む不良学生たちの姿があった。そんな不良学生たちを、一筋の電光が一蹴する。七人しかいない『超能力者(レベル5)』の第三位にして、『超電磁砲(レールガン)』の異名を持つ少女の姿だった。よる学園都市の日常が、ふたたび幕を開ける。