覚悟を決めろ、正義を行え!」レジスタンスのメンバーと対面する、仮面をかぶるルルーシュ。テロでは嫌がらせに過ぎず、根本的な解決にならないことと話していく。「歩み始めた以上、引き返すべき道は、いらない!」クロヴィス殺害の容疑で護送されるスザク。大衆の目の前で奪還作戦を行うルルーシュは、戦いが始まったことを自覚する。救出されたスザクは、仮面をかぶり「ゼロ」を名乗るルルーシュと対面する。ブリタニアには価値が無いとし、一緒に戦うことを提案するルルーシュ。スザクはレジスタンスを認めず、内部から正攻法で変える誓いを話す。協力を断っただけでなく、自ら法廷に出ることを話すスザク。無罪でも殺されると話すルルーシュに、スザクはルールと答えていく。敵とは考えてるが、最後に感謝もするのだった。死んだと思われたシーツーだが、ルルーシュの家に突然現れる。世間ではゼロの話題で持ちきりになっている。問いかけるシーツーに、まだまだ始まったばかりのことをルルーシュは話していく。「お前と私は共犯者だ。私たちの不利になるようなことはしない」あまりにも自由なシーツーに不満げなルルーシュ。シーツーは共犯者として約束する。学園に入学するスザクは、ルルーシュの家に来る。心配するシーツーに、「友達」と話すルルーシュだった。「みんな大好きだろ、正義の味方は!」ゼロとしてみんなが望む正義を行うルルーシュ。ルルーシュにとって、正義すら手段に過ぎなかった。「君がエースパイロットだ。無頼は使うが、戦闘の切り札は君だけだ!」レジスタンスを支援する「キョウト」に入る、カレン達のレジスタンス。新型ナイトメア「紅蓮弐式」を、ルルーシュはエースとしてカレンに依頼する。「自分がどんな色だったか忘れてしまったからさ」ある作戦時にルルーシュと一緒に行動するシーツー。ルルーシュの甘さを、そして謎掛けのように話していく。「だとすれば、我々にも奇跡が必要だろう!」レジスタンスのメンバーを連れてきたが、周りを敵の大勢力に囲まれる。慌て叫ぶメンバーに、ルルーシュは奇跡を起こすことを約束する。奇跡を話すルルーシュだが、とても信用することが出来ないレジスタンス達。リーダーを任せられないと騒ぎ出した時、ルルーシュは決断を促すのだった。紅蓮弐式に乗るカレンは、帝国軍の前に立ちはだかる。ランスロットと同等の能力を有するナイトメアにより、始めて優位に戦いを進めていく。私はシーツーだからな」あるお願いをするシーツーだが、ルルーシュの行動に不満を話す。ワガママと言われた時、少し寂しげな表情で返していく。活動範囲が広がりを見せていくルルーシュ。ギアスの弊害を話すシーツーだが、ルルーシュは全てを理解する。目的の全ては妹ナナリーに帰結する。「お前は責任を取らなければならない。前回の戦いで味方を逃がすため捕らえられた藤堂鏡志朗。能力を必要とするルルーシュは助けに行くが、主君を失ったとして拒否する。対ブリタニア戦において奇跡的な勝利を収めたことのある藤堂。誰もが持つ期待に対する責任を、ルルーシュは訴える。「それは国でも個人でも同じこと!」ランスロットで出撃するが、多数の敵による連携によりコックピットを破壊される。パイロットの顔を見るルルーシュは、スザクと知り驚愕する。知り合いでもある藤堂は、スザクの甘さを指摘する。「黒の騎士団」各組織の責任者を発表するルルーシュは、情報関係にブリタニア人のディートハルトを指名する。日本人でないことにざわつくが、自分を含めて能力を優先すると語っていく。「部下に死を命じるのか!!」ランスロットの駆動系に干渉し、動きを止めることに成功するルルーシュ。仲間になることを呼びかけるが、帝国側はスザクもろともミサイルで攻撃する。味方を犠牲にする対応に、怒りを見せるルルーシュ。同じ場所にゼロも足止めし、軍人として死ぬことを選択するスザク。しても変わらないスザクに対し、ルルーシュはギアスで「生きろ」と命じるのだった。「戦術レベルの失態に意味は無い。ナナリーの居場所を作るまでは、学園に中にいた方が安全だ」ゼロとしての行動を続けながら、学生として学園にいることを選択するルルーシュ。危険と問いかけるシーツーに対して答えるが、自分のことが抜けていた。「戦場で会ったら、手加減はしないよ。「これはルール違反なのは分かっているけど。学校でカレンと出会うスザクは、正体を知った後も誰にも話さずにいた。疑問を持つカレンに対し、説得を続けることを伝えていく。学園祭でのみんなのはしゃぎようを見て、争いがあるのにノーテンキと話すルルーシュ。生徒会長ミレイ・アッシュフォードは、だからこそを話すのだった。「人は理屈ではなく、奇跡に弱いものなんだよ!」ゼロをルルーシュと考えていたユーフェミアは、1対1での対談を了承する。実際にルルーシュと知り喜ぶが、ルルーシュはある策略を強要する。「そんなことで決心がついちゃったの。私は本当の、本当に大切なものは、一つも捨てていないわ!」ルルーシュの強要を聞いたユーフェミアは、自分も大きな決断をしていたことを伝える。あまりにも大きなものを捨てる覚悟のため、ルルーシュは驚きを見せる。「その名も、合衆国・日本!!」ユーフェミアとの対談は、ルルーシュすら予想できない最悪の結果を迎える。その最悪の結果も、今後のために活かすことを決めるルルーシュ。みんなを前にして独立を宣言する。意図せずしてユーフェミアにギアスを掛けてしまったルルーシュ。ゼロとしては利用するが、ルルーシュとしては心が耐えれない状態が続く。弱さを見せるルルーシュを、シーツーは抱きしめる。「いまさら神とは仲良く出来ませんよ」ゼロの元に来たキョウト六家の当主・皇神楽耶はお嫁さんの立候補をする。自分を勝利の女神と話した時、軽くかわすルルーシュだった。「偽善なる遊びに付き合う暇は無い」ピンチに陥ったカレンを救うため、スザクとの一騎打ちを望むルルーシュ。スザクはルルーシュの罠にハマり、行動不能になる。叫ぶスザクに対して、ルルーシュは冷たく言い放つ。「勝てよ、ルルーシュ。「そして、行動の結果に」ナナリーがさらわれたことを知ったルルーシュは、シーツーと現地に向う。敵の強襲を受けピンチに陥った時、シーツーは分かれて行動することを提案する。ルルーシュの勝利を願う。「感謝して欲しいぐらいだよ」ルルーシュを監視しているロロ・ランペルージ。弟と思い込ませて籠絡し、自由を得ることに成功していた。不思議な場所に連れて来られたルルーシュは、ブリタニア皇帝と対面する。ギアスの力で皇帝を倒すことに成功するルルーシュ。皇帝は立ち上がり、ルルーシュに王道を説いていく。「死なない積み重ねを人生とは言わない。「そうすればシャルルと同等の、戦う力を得る!」ルルーシュはシーツーの望みが、不老不死である自分の死であることを知る。その考え方をルルーシュは否定するが、生き続ける無意味さを話すシーツー。結果として、力を得ることも伝えるのだった。「だから!!!」ルルーシュではなく皇帝によって死を選ぶシーツー。望んだ死だったが涙を流すシーツーを見て、ルルーシュは叫んだ。大勢の人が殺されている地獄のような場所を歩く、幼い時のルルーシュ、ナナリー、スザク。光景に涙を流し動けなくなるスザク。ナナリーはスザクの顔に手を当て、笑顔で話していく。「そうだ、全ての罪は俺にある。ナナリーは関係ない!」スザクと1対1で話をするルルーシュ。ユーフェミアの件も多少の嘘も交えて、自分が行ったことを話していく。妹ナナリーには関係ないとし、驚きの行動に出る。許さないスザクは、ルルーシュに奇跡を起こすように伝える。ルルーシュは神ではなく、奇跡など起こせるはずはなかった。「君は正義の味方だと嘘をついたな。「ついた嘘には、最後まで!」ルルーシュを許す気は無いスザクだが、戦いは止めたいと考えていた。そのためにゼロとしてのルルーシュを認め、手を取り合おうとするのだが。「科学を捨てて心を守るか、心を壊して科学に準じるか」ニーナの作ったフレイア弾により、トウキョウ租界は壊滅する。その光景を見たニーナは、自分の作った兵器の破壊力に愕然とする。同じ科学者であるロイドは、ニーナに対して今後を問いかける。「そう、全ては盤上のこと。兄・シュナイゼルにより、ゼロの正体がみんなにバレてしまう。問い詰められた時に自分から仮面を取り、みんなを「駒」と話すルルーシュ。全てが終わったと思われた時...「ああ、そうだよ。絶体絶命のルルーシュだったが、ロロにより救出される。逃亡時にギアスを使用しすぎたロロは、力尽きてしまう。最後に問いかけるロロに対し、ルルーシュは語りかける。各地の遺跡を同時に起動させたブリタニア皇帝。息子のシュナイゼルからの連絡も遮断し、「ラグナレク」の始まりを告げる。