各ステージ、四つのコースが存在する。はじまりの1ページ:草原ステージ。とざされた2ページ:地底ステージ。くもの3ページ:空、雪原ステージ。ジャングルの4ページ:密林ステージ。うみの5ページ:水中、南国ステージ。さいごの6ページ:クッパ城ステージ。編集ヨッシーこのゲームの主人公。卵から生まれたチビヨッシー。ゲーム開始時の初期は最大6匹から残り1匹までで、黒ヨッシーと白ヨッシーも加われば最大8匹までに増える。ミスをしたら1匹がベビークッパ城へ連れ去られ、全て連れ去られてしまうとゲームオーバーとなる。いわゆる他のゲームの残機数の位置付けである。編集ワープちゃんお腹に1~4までの数字が書かれた丸っこい生き物。普段は寝ているが、ヨッシーに踏まれるなどすると目を覚まし、その場でバンザイしながらジャンプするようになる。ゲーム中にミスした際は、目を覚ましているワープちゃんのうちナンバーが一番大きいところから再スタートとなる。上に乗ってジャンプすることで、次のナンバーのワープちゃんのところへ飛ばしてくれる。アイテムの匂いを嗅ぎつけてヨッシーに教えてくれる。しろヘイホーヨッシーが1匹以上人数が欠けていると、コース内に必ず一匹隠れている。タマゴと同様に連れ歩け、コースクリア後、ヨッシーセレクトの画面に現れ、彼を選択すると連れ去られた(以前のコースでミスした)ヨッシーを連れ戻してきてくれる。いわゆる他のゲームの1UPの位置付けである。しあわせちょう光る蝶。食べるとニコニコメーターが満タンになる。リフトさん?ボックスから飛び出すおばけのような生き物。頭の上に木の足場を載せていて、乗ることが出来る。上に乗った状態で3Dスティックを動かすとその方向に伸び縮みする。ヘビリン尺取虫のような生き物。上に乗ってジャンプすると折れ曲がって進行方向が変わる。ピンクのものは上へ進むので左右に折り曲げる。緑のものは左に進むので上下に折り曲げる。ドラゴンヨッシーに似た顔の巨大な龍。曲がりながら進んでいく。上に乗ることが出来る。空のコースでは緑、溶岩のコースでは赤がいる。ニョロロンスライム状の生物。上に乗ると高く伸びる。赤いものはヒップドロップすると縮む。飛んでいる、上に乗れるお化け。食べられる敵のうち、美味しい敵は回復量、味のない敵は○、不味い敵は×と敵名の後に表記する。ヘイホーに限らず、同系色の敵を食べると大回復できる。ヨッシーのヒップドロップで色を変えることが出来る。同系色に変えてから倒すと高スコアとなる。竹馬に乗ったヘイホー。踏むか、後ろから攻撃すると降りて普通のヘイホーになる。ホッピングヘイホー(1、同系色は3)ホッピングに乗ったヘイホー。踏むと降りて普通のヘイホーになる。プロペラヘイホー(1、同系色は3)背中にプロペラを付けた空飛ぶヘイホー。4人組みのものもいる。キラー(2)お馴染みの砲弾。