2003年5月より育成組織をスタートさせました。スクール(KIDS~小学6年生)、クラブ(小学4年生~高校生)で組織されており、選手は将来のプロサッカー選手を目指して日々活動をしています。これらの活動は、地域に於けるサッカーの普及・サッカー文化の発展という意味において、非常に重要だと認識し、今後もさらなる発展を目指し、活動を続けております。松本山雅FCは、サッカーを「生涯スポーツ」として考え、親子で参加できる環境、お年寄りが参加できる環境など、健康の観点からの活動も視野に入れ、誰もが気軽にスポーツを行なえる環境づくりから、生涯スポーツへの拠点となる活動をしていきます。