個体群でそれぞれ染色体数などが異なることは、従来から知られていた。オキナワトゲネズミ(沖)・アマミトゲネズミ(奄・徳)の2亜種に分類されていたが、2001年に別種として扱うことが報告された。その後、2006年に徳之島産のアマミトゲネズミが新種として記載され、3種となる。移入種のマングース・ノネコにより圧迫。「トゲネズミ」として天然記念物。移入種のマングース・ノネコにより圧迫。「トゲネズミ」として天然記念物。