《スクワッド・ジャム》が開始して1時間15分が過ぎた。残るチームは、レンたちともうひとつのチームだけ。急に取り乱したエムを残し、レンはたったひとりで決戦に向かう。相手チーム《SHINC》のメンバーは6人。激しい銃撃の中、レンは持ち前の俊敏性を活かして、戦場を駆け回る。逃げ回っていては勝つことができない。気づいたときに、手元あった愛銃P90、通称ピーちゃんが語り掛けてきた。ピーちゃんの想い(!?)を受け、レンは相手チームに正面から挑む。チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が、《ガンゲイル・オンライン》の日本サーバーで開催されることになった。その大会への出場をピトフーイに打診されたレンの心は揺れる。大会には出たいと思うけれど、その日はあこがれのアーティスト・神崎エルザのライブの日だった。結局、チケットを入手できなかった彼女は、大会へ思いをぶつけることに。ピトフーイが紹介した巨漢のエムとともに彼女は戦場へ向かう。東京の大学に進学した小比類巻香蓮は、長身であることへのコンプレックスにより、思い描いていたような学生生活を送れずにいた。ある日、彼女は「別の自分になれること」に興味を抱き、地元の親友・篠原美優の手ほどきのもとVRゲームとそのハード《アミュスフィア》を手に取る。お気に入りのアバターができるまで、いくつものVRゲームを試した彼女はやがて《ガンゲイル・オンライン》にめぐり合う。デザートピンクの装備を身に着けた彼女は、名うてのプレイヤーキラーとして恐れられるようになる。ところが、褐色肌の女性プレイヤーに、銃を突きつけられて......。チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が開始してまもなく1時間が過ぎようとしていた。レンとエムのふたりはまだ戦場で健在だった。順調な戦況に気を緩めたレンたちのもとに、敵チームが急襲する。銃弾が降り注ぐ中、エムはバックパックから特殊なアイテムを取り出すと、レンに作戦を伝える。その作戦とは、レンが全速力で逃げ回り、敵の目を引き付けるというもの。その間にエムが敵を狙撃するという。その作戦は上手くいくのだろうか......。レンの優勝で幕を閉じた《スクワッド・ジャム》から二週間後、レンのプレイヤー・小比類巻香蓮の部屋に、6人の女子高校生が集まった。彼女たちは《スクワッド・ジャム》でレンが最後に戦った相手チーム《SHINC》のプレイヤーたち。彼女たちは香蓮を慕い、大会の録画映像を観ながら勉強会をしたいと申し出たのだ。彼女たちは第2回の大会に向けて、早くも準備を始めていた。北海道の実家に帰り、友人の篠原美優と親交を温めた香蓮のもとに一通のメールが届く。それは第2回《スクワッド・ジャム》開催のお知らせだった。乗り気でないまま東京に戻ってきた香蓮が自宅のマンションに入ろうとしたとき、ひとりの男が現れる。菊岡から呼び出された和人は、日本で唯一プロゲーマーが存在する人気のVRゲーム《ガンゲイル・オンライン(GGO)》にまつわる、奇妙な事件について聞かされる。《GGO》の有力プレイヤー2名が、《死銃(デス・ガン)》を名乗るプレイヤーにゲーム内で銃撃された後、いずれも謎の死をとげたというのだが......。《BoB》にエントリーするため、端末に必要事項を入力しようとしたキリトは、入力フォームに現実世界の名前や住所を入力する欄があることに驚く。入力しないと上位入賞した際の賞品を受け取れないという記述を見てしばらく悩むが、結局、現実世界の項目には記入せずエントリーを終える。キリトが出場するのは予選トーナメントFブロック。シノンも同じFブロックで、勝ち抜けば決勝で当たる可能性がある。二人は決勝で当たったら全力で戦おうと誓い合うのだった。《ALO》で聖剣エクスキャリバーが発見されたというニュースが流れた。それは数か月前、キリトとリーファが地下世界・ヨツンヘイムでトンキーという邪神を助けたときに見つけたものだった。このニュースを知った2人は、他のプレイヤー達に先を越されないうちに、エクスキャリバーを手に入れようと決意。アスナやクライン、シノンたちを呼び集め、7人パーティーでヨツンヘイムのダンジョンに向かう。《絶剣》の通り名で呼ばれる凄腕プレイヤーの噂を聞き、勝負を挑むことにしたアスナ。《絶剣》は超攻撃回数を誇る自身のオリジナル・ソードスキルを賭けて対戦相手を募り、挑戦者全員を返り討ちにしていた。母・京子から、進学校への編入試験を受けるよう言い渡される。進路を押しつけ、さらには結婚相手すらも勝手に決めようとする母に彼女は反発するのだが......。アスナは、ユウキがリーダーを務めるギルド《スリーピング・ナイツ》への協力を頼まれる。《スリーピング・ナイツ》は、メンバー同士の事情で近く解散することを決めており、解散前の思い出作りとして、自分たちのパーティーだけでのボス攻略に挑んでいた。通常は複数パーティー合同の49人で挑むボス敵を、《スリーピング・ナイツ》+アスナの7人のみで倒すのは極めて困難。勝算の薄さから、返事をためらうアスナだが......。第27層のボスを攻略しようとするアスナと《スリーピング・ナイツ》の動きは、ボス攻略専門ギルドに察知されていた。ボス攻略のノウハウを知られた上に、先を越させまいとするギルドの妨害を受け、窮地に追い込まれるアスナたち。そこへ、キリトとクラインが駆けつけ、アスナたちに加勢。キリト達が時間を稼いでいる間にアスナと《スリーピング・ナイツ》は、行く手に立ちふさがるボス攻略ギルドの先遣隊20人を蹴散らし、ボス戦に挑む。ユウキが突然アスナの前から姿を消し、《ALO》にログインしなくなって数日が過ぎた。アスナは《スリーピング・ナイツ》のシウネーにユウキが姿を消した理由を尋ねるが、シウネーは言葉を濁して詳しい事情を説明せず、「ユウキは再会を望まないでしょう」と言うだけだった。後日、もう一度ユウキと会いたい、と願う明日奈に、和人から「屋上で待ってる」というメールが届く。明日奈が屋上に行くと彼はメモを差し出し、そこに書かれた場所へ行けば彼女に会えるかもしれないと告げる。世界初の医療用フルダイブ機・メディキュボイドの被験者として、病院からバーチャル世界にダイブしていたユウキ。末期の病で無菌室から一歩も出られない彼女は、もう一度学校へ行ってみたいと願っていた。放課後、ユウキはもう一箇所行ってみたい場所があると言うと、かつて自分と家族が住んでいた場所へと明日奈を案内する。外の世界を体感できるようになってから、ユウキの毎日はこれまでにないほど充実していた。《ALO》では多くのプレイヤーたちとバーベキューをしたり、クエストに行ったりと、賑やかな日々を送っていた。現実世界では、明日奈たちと授業を受けたり、京都へ旅行に行ったりもした。3月が終わりに近づき、桜のつぼみがほころび始めるようになったある日。明日奈の元に、一通のメールが届く。