27データの更新UniProtrdf:aboutの記述rdfのgeneratorのスクリプトを変更したらしく、proteinのURIを使った記述が増えた。UniProtのエントリーに「.rdf」を足して出力されるRDF/XMLは以前のままで、generatorの設定を変えて出力しているらしい。生物種ごとに振り分けるためのパーサが正しく動かなくなったので修正。rdf:resource="http://purl.uniprot.org/embl-cds/AFV31135.1"/></rdf:Description>rdf:IDエラー2017年2月頃の更新においてUniProtのRDF/XMLでrdf:IDの記述エラーのSyntaxエラーが出てくるようになっていた。UniProtに連絡していて一部修正されたが、まだエラーが残っていたので再度修正依頼中。'_FB8BDA98F9648FFE_up.name_Glycoprotein_Q2'スクリプトの更新UniProtUniProtのRDF/XMLをtaxonomyごとに分割する"uniprot_taxon.rb"において、Proteinエントリーでsplitする判定がデータ更新によりうまくいかなくなったので修正。rdf:about="{ProteinID}"が出現する度にエントリを区切っていたが、同じProteinでも複数回出現するようになったので、ProteinIDが別のIDに切り替わったか判定してエントリを分けるようにした。(この対応は取り消し)jBrowseのSPARQLが返って来ずタイムアウトエラーになるようになったため、SPARQLを見直した。SeqからgeneやCDS等のfeatureを辿る"obo:so_part_of"predicateのインデックスが動作しなくなった。d4eb157ロード時にインデックスが壊れただけであれば次回更新時は元の正当なクエリで動作する可能性があるため、確認する。インデックスが正常に生成されなかったことを疑い、全データをVirtuosoにロードし直した結果現象が解消された。Unportedのライセンスで利用することができます。プライバシー・ポリシーTogoWikiについて。