亡くなると、三好三人衆や松永久秀が覇権を競うが、永禄十一年には織田信長が入洛する。以後、紹巴は信長の家臣たち、細川藤孝(後に幽斉)や明智光秀の連歌会に名を連ねる。天正六年1578、羽柴秀吉は西国攻めの出陣を前に紹巴宅で戦勝祈念の千句連歌を張行した。連中には秀吉・紹巴のほか、白をはじめ、紹巴が後見する昌叱や連歌師心前たちが一座した。白は近衛家出身の聖護院道澄の一字名、秀吉政権と関わりの深い門跡である。この頃、連歌会場によく紹巴宅が使われている。変を前にして明智光秀は有名な『愛宕百韻』を張行した。例の「ときは今天が下しる」の発句に、土岐氏の流れを汲む光秀自身が天下を握ろうとしたといわれている。この連歌、最初の初折表八句は次の通りである。行澄(秋=松虫)作者名の下に季と季語を示したように、夏春冬秋と四季がすべて詠み込まれている。十四句詠むが、普通、一つの面に四季をすべて詠むことはまずない。表八句には季語のない雑の句を入れるゆとりがないので、すべて季移りという雑の句を挟まずに直接季節を変える手法を使っている。この話をすると、研究仲間の一人が、やはり『愛宕百韻』には呪術的な要素があるのかといった。そんな講談調の話には乗りたくないが、『愛宕百韻』は不思議な連歌である。紹巴はこの不思議な連歌に参加した。