27日の閣議後会見で、文化庁による補助金を全額不交付とした理由について、「本来、(主催者の県が)予見して準備すべきことをしていなかった」と説明。判断する上で展示内容は無関係だったことを改めて強調した。不自由展では、元慰安婦を象徴する少女像や昭和天皇の肖像を燃やすような映像の展示に批判や抗議が殺到。テロ予告の犯罪行為などもあり、安全が確保できないとして開幕3日で中止に追い込まれた。一部から「交付金の廃止が脅迫行為の肯定につながる」との声が上がっていることについて、萩生田氏は「県の申請書類の内容と実態に乖離(かいり)があったので交付を見送った」と説明。その上で「今回のことが前例になり、大騒ぎをすれば補助金が交付されなくなるような仕組みにしようとは全く考えていない」と語った。問題となった作品の展示自体の是非を問われると、「芸術作品への評価は人それぞれだと思う。どの作品が良い、良くないとコメントすること自体が僭越(せんえつ)な話」とした。補助金の不交付決定を不服とした愛知県の大村秀章知事が文化庁を相手取り、訴えを起こす方針を示したことについては「詳細を把握していないので発言は差し控えたい」と述べるにとどめた。