「あの商売、絶対に儲かるわよ」とラクダで大儲けをしようと悪知恵を働かせる。ある日ベルメールは、ミニドラゴン型ドローンを通して桐生院と話しながら買い物に出かけていた。店を出たところで突如知らない男に車に連れ込まれ、誘拐されてしまう!すぐに異変に気づいたトクナナメンバーは、手分けしてベルメールを探すために動くが、手掛かりが少なく中々居場所を突き止められない。“あるモノ”を見つけてしまい...。いるはずのないところで目撃された自分。『超能力者(レベル5)』のクローン製造計画と軍事利用、そしてそれが自分のDNAマップを元にされているという噂......。美琴が出会った不思議な少女・布束によって呼び起されたその記憶によって、美琴の心は冷やされていく。なにかを知る様子の布束を問い詰めるも、謎めいた言動で煙にまかれてしまう。長点上機学園の生徒であるという布束について調べるうちに、点と点が結び付いていき......美琴はとある研究施設に忍び込む――。忍び込んだ研究所で、美琴は『クローン製造計画の中止』を知る。自分のDNAマップが悪用されなかったことを確認し、晴れ晴れとした気持ちになった美琴は、初春や佐天たちとショッピングに出かけることに。近く行われる『広域社会見学』に想いを馳せ、黒子が引いてしまうほどのテンションの高さを発揮する美琴。初春たちも少々戸惑い気味ながらも、かわいいものを前に心がときめく。意外な才能を発揮したりする美琴を中心に、四人は楽しい時間を過ごす。瞬く間に過ぎていく、夏休みの一日――。そんな学園都市の風景の裏側では、とある実験が静かに進行していた。自分と同じ能力に干渉されたような、気味の悪い感覚に導かれ、美琴がたどり着いた先には常盤台中学の制服を着た少女が佇んでいた。鏡に映したように、自分とうり二つの姿をした少女。二人の間を沈黙が支配する中、少女の発した奇妙なひと言とは――。「ミサカ」と名乗るその少女にすっかりペースを握られた美琴は、彼女に言われるままに、木の上の猫を助けることに。事が済んだ後、ミサカは美琴を「お姉様」と呼び、彼女のクローンであることをあっさりと認めてしまう。そのちぐはぐな状況に、美琴は戸惑うばかりだった。『最弱』の右拳によって、美琴のクローン『妹達』を巡る事件に幕が引かれ、再び平穏な日常が戻ってきた。寮監の厳しいチェックをくぐり抜け、美琴と黒子は時間外外出許可を取る。目的は、佐天の部屋で行われる勉強会(実はその本質は『鍋パーティ』なのだが)に参加するため。夕方の待ち合わせまで、それぞれの自由な時間を楽しむ。美琴は、『妹達』が収容されている、カエル顔の医師の病院を訪れていた――。銭形がルパン捜査を解任され、元雇兵のキース・ヘイトンが後任となった。ルパンは今度の標的を密売企業ショットシェルの貯蔵金に決定。遂行にはロシアの核物理学者カレン女史が必要だった。ショットシェルの手先に連行されかけていた彼女を不二子たちが救出し、予めロシアの原潜イワノフを奪取していたルパンたちと共に進水。この操縦にカレンの腕を要したのだ。そこでカレンは、次元が10年前に父を殺した相手だと看破する。そんな中ルパンの予想通りに、ショットシェルのボスであるジョン・クローズからイワノフへ入電。面談したジョンは、ルパンの腕を見込んで核兵器の強奪を依頼する。ジョンの目的は世界規模の戦争を起こさせ、利潤を得ることにあった。自分たちは美琴のクローンであり、殺されているのは「実験」だと言うミサカ。彼女たち――「妹達(シスターズ)」の正体と行なわれている実験について確かめるため、美琴の部屋を訪れ、彼女が巻き込まれている「事件」に気づいた上条は、美琴のあとを追う。ミサカたちを使って行なわれているのは、学園都市最強の能力者「一方通行(アクセラレータ)」を、「レベル5」から前人未到の「レベル6」に進化させるための実験だというのだ。その実験を止めるためには、「一方通行(アクセラレータ)」を止めるほかないと決意する美琴。ミサカたちが犠牲になるのは、過去に研究のためにDNAマップを提供した自分の行動が原因だという美琴の前に、上条が立ちはだかる。