2年生・武藤カズキは、ある日の夜、廃工場で巨大な怪物に襲われていた少女を助けようとして命を落とす。翌日彼は無傷で目を覚ます。携帯電話には「新しい命、大事にしなさい」と謎のメッセージがあった。自分に起こった出来事を訝む彼の前に再び謎の怪物とともに謎の少女が現れた。人食いの怪物「ホムンクルス」...。謎の少女、津村斗貴子の口から語られるその言葉に、持ち前の正義感を発揮させたカズキは錬金の戦士として戦うことを決意した。カズキは斗貴子と共にホムンクルスを創り出した創造主を探し始める。その途中で戦ったホムンクルスの攻撃によって斗貴子がホムンクルスにされる期限が迫る中、二人は創造主が蝶野攻爵であることを突き止める。カズキは自らホムンクルスとなった蝶野攻爵を倒し、斗貴子を救う。その後、カズキは正式に錬金の戦士となり、復活した蝶野攻爵改め、パピヨンを加えたホムンクルスとその信奉者の集団LXE(超常選民同盟)との戦いに挑む。LXEとの戦いの途中目覚めた謎の戦士ヴィクターとの戦いの中武藤カズキの体に異変が起こる。錬金戦団に追われる身となりながらも、仲間にも助けられカズキはヴィクターと自身の体の真実を知る。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。