313アポカリプスウィルスの発生によって、GHQの統治下にある日本。22ついに始まる“四度目の黙示録”、地球上に住む全てのものに降臨する“進化”と“淘汰“の光。19人類の命運を賭けた戦いの火蓋が、切って落とされる。162039年12月25日。今ある世界は終わり、新たな世界が始まる。ガイから全世界に向かって宣告される淘汰の時、“四度目の黙示録”。15葛藤の果てに見出されたいのりの想いは、シュウに罪の許しをもたらした。いのりはシュウの命を守るため、自らを犠牲にし、ガイの手に落ちてしまう。15重ね続けた罪の報いを受けたシュウ。その前に突如現れたのは、散ったはずの盟友――ガイだった。15後戻りのできない罪にまみれ、暴君と化したシュウ。その支配を覆す秘密を知ってしまったアリサは、何者かの手にかかり口を閉ざす。13供奉院アリサを救出するために、封鎖された東京に潜入した葬儀社のアルゴ。16シュウを新生徒会長としてリーダーに頂くことで、平静を取り戻した生徒達。刻一刻と迫る“レッドライン”を前に、問題は山積みであった。――大統領に就任したケイドウが発し衝撃の表明。18マナの消滅、そしてガイとの別れ。16ガイをヴォイドの刃にかけ、いのりを連れ去った“ダアト”の墓守・ユウ。その姿を追ったシュウは、六本木フォートに出現した巨大オブジョに導かれる。16その歌は、東京にロストクリスマス以来のカタストロフを引き起こした。18ジュンを救えなかった......。自身の慢心が引き起こした過ちから、ヴォイドを使う恐怖に心を蝕まれてしまったシュウ。14葬儀社のミッションをヴォイドの力で乗り越え、自信と余裕を持ち始めたシュウは、偶然にもヤヒロと再会する。彼のヴォイドが葬儀社のミッションで必要になった。16ガイと嘘界の取引により、GHQから事件に関する情報を抹消されたシュウは、日常に戻ることを許された。17対地攻撃衛星ルーカサイトの凄まじい威力。16GHQの収容所を脱したシュウは、ガイを逮捕したいというセガイから、密かに渡された発信機を胸に、彼らのアジトに足を踏み入れる。20谷尋(ヤヒロ)の裏切りによって、テロリストと関わった容疑で収監されたシュウ。19葬儀社入りを辞退したシュウ。24突如始まった遺伝子兵器を巡る葬儀社とGHQの戦闘。