NA車には新たに直3・DOHC・12バルブVVTエンジンを搭載し、F6A型エンジンのNA仕様(直3・SOHC12バルブ・EPI)が廃止される。ターボ車は4速ATとなる。MT車にはクラッチスタートシステムが装備された。グレード体系も整理され、1+2ドアタイプの「Rc」と「RX-T」、5ドアタイプの「FX-T(5速MT車)」を廃止、また1+2ドアタイプの「RX」は3速AT車のみ、「RR」はコラム4速AT車のみとなる。「Rc」が廃止されたため、エアコンやパワーステアリングは全車標準装備となった。ハザードスイッチがコラム上からセンターパネルへ移動した。RR系フォグランプをマルチリフレクター化、RR系アルミホイール14インチ化。RR系コラムシフト車もシートがRR専用デザイン化(ドーナツ型枕)。電動固定式タイプに、同年3月に発売された「セニアカー」の4輪仕様車ET-4Aが搭乗できる「セニアカー(四輪)」を追加設定したほか、すべての仕様で内装色とシート内装の変更を行った。「RR-F」をベースにオーディオ仕様を見直した特別仕様車「RR-FSリミテッド」、5ドア「FX」をベースにメッキパーツを装備した外装と、上質な内装とした特装車「スペシャル」を発売。RRシリーズはK6A型エンジンのみの設定であったが、「RR-FSリミテッド」ではF6A型エンジンに換装された。「RR-FSリミテッド」は、SOHCエンジン、最高出力60PS、7000rpmなので、「RR-F」よりは速くはなく、「FX-T」系同様に近距離を重視している。インドで1100cc仕様の「ワゴンR」を発売。発売以来初の月間販売台数3万台を突破。1+2ドア(運転席側1ドア、助手席側2ドア)モデルが廃止され全車5ドア仕様となる。福祉車両のラインナップに「助手席リフトアップ車」を追加[10]。助手席に電動昇降式のリフトアップ機構を採用し、車いすに合わせて地表から座面までの高さを調整可能(470mm〜644mm)。リモコンスイッチは助手席側のBピラー内側にセットしてあり、車体に取付できる磁石付とした。助手席側のドア開口角度を77度に広げたほか、助手席シートには跳ね上げ式アームレスト、胸部固定用ベルト、専用ステップを装備。折り畳み式の車いすを積載・固定できるフックとベルトも標準装備した。FX-Tエアロ」を発売。この時にFX系はFM系へと名称変更。福祉車両のラインナップに「車椅子送迎車リアシート付」を追加[11]。本仕様車は既存の「車椅子送迎車」と同じように車いすごと乗車できるだけでなく、折り畳みや脱着が可能なリアシートをセットすることで、車いすで乗車しない時には通常仕様と同じように4名乗車が可能である。軽ライトバンのエブリイの「後席リフトアップ車」が同時発売され、ワゴンR以外の車種にも福祉車両が設定されたことで、スズキ製の福祉車両は「ウィズシリーズ」として新たにシリーズ化された。マイナーチェンジで後期型へ。正しく」に変更された。型式はK6A車がMC22S、F6A車がMC12Sとなる。MC系としては3型となる。フェイスデザイン、ホイールカバーが変更された。ヘッドライトのデザインは変わっていないが、マルチルフレクター化された。標準グレードのFMはグリルが上部メッキ付きブラックグリルとなる。リアデザインは変更なしだが、バックドアハンドルがボディ同色になった。この時テールランプはまだ前期と同一。前期型のバックドア下部に装着されていた横長の取っ手は消滅している。NA車は「優-低排出ガス車(E-LEV(☆☆))」認定を、ターボ車はF6A、K6Aともに「良-低排出ガス車(G-LEV(☆))」認定をそれぞれ取得。内装色が濃色グレーになりシート生地変更、メーターデザイン変更、リヤワイパースイッチの場所をインパネからワイパーレバーへ変更。AT車は全車4速仕様に。「FM」に標準装備されていたタコメーターはこの時に一旦なくなる。1+2ドア車とサンルーフ車は消滅している。ボディに補強を加えて64km/hオフセット前面衝突に対応。RR系はフロントグリル、バンパー、ボンネットエアスクープ(空気取入口)をそれぞれデザイン変更され、バンパーには牽引フックカバーが付く。4灯式ヘッドライト装着車のロービーム(プロジェクター式)にメッキタイプの熱対策リングを装着。クリアータイプのLEDハイマウントストップランプ(RR系のリヤスポイラーに内蔵)、ルーフアンテナ(RR‐Sリミテッド、RRリミテッドに装着)を採用。福祉車両「ウィズシリーズ」全車種を一部改良[12]。リアシート付、電動固定式の3種類に整理。「助手席リフトアップ車」にはヒーテッドドアミラーと運転席シートヒーターを備えた4WD車を新たに設定した(4WD車は2001年1月下旬販売開始)。買い得グレード「FM-G」とスポーティな外観を持つ「FM-Tリミテッドエアロ」を追加。国内累計販売台数150万台達成。FMをベースにレトロ調の意匠が特徴の「C2」を追加。これは先代「コラム」の後継であるが、コラムシフトが一般グレードにも拡大採用されたため、名称が変更された。「RRリミテッド」には「サイドエアバッグ装着車」を設定。国内累計販売150万台達成を記念し、お買い得グレード「FM-G」をベースに、上級仕様の装備をしながらベース車よりも安く抑えた特別仕様車「FM-Gリミテッド」を発売。FM-Gリミテッドは、4型N-1と同様に上部メッキ付きボディー同色グリルとなる。6月20日には3,000台限定で「RRリミテッド(コラム4速AT車)」をベースに、MD/CDオーディオ、4スピーカー+スーパーウーハー、ウッド本革コンビステアリング、専用シート&専用ドアトリム、メッキインナードアハンドル、専用色インパネを装備した特別限定車「150万台記念車」を発売。この3,000台のうち150台限定で、ボディーカラーに「マジョーラサファイア」を設定。マジョーラサファイアは見る角度によって色が変わる特別なカラー(マジョーラカラー)で、この塗装色を施した車両は12万円高であった。マイナーチェンジで4型へ。オプション設定となっていた運転席・助手席SRSエアバッグが標準装備化、タコメーターが再び標準で装備、リアサスペンションのショックアブソーバーの取り付け位置がリアフェンダー内側前方からリアフェンダー内側後方に変更、エクステリアではデザインの変更はないが、テールランプがマルチリフレクター化されたこと、サイドウインカーレンズがクリア化されたことが特徴(4灯式ヘッドライト装着車であるFMエアロ、FTエアロ、RR系のみサイドウインカーはオレンジのまま)。F6AのMC12S、CVT、フロアATが消滅。AT車は全てコラム4速ATとなる。Mターボエンジンを搭載した「FTエアロ」の4グレード、RR系はRRリミテッド、RR-Sリミテッド及び、RR系の5MTが消滅しATの「RR」とディスチャージヘッドランプなどを装備した「RR-SWT」の2グレードとなった。N-1はFMの後継となるモデルで、グリルはFMと同じ形状でボディ同色となる(FM系リミテッドと同じ)。ノーマルグレードは全車ボディ同色グリルとなる。F6Aのターボエンジンを積む「FM-T」が販売終了となりMターボが出たためエンジンは全車K6A&DI化となった。これにより同社から2バルブエンジンの軽自動車は全て生産終了となった。長年スズキ車に採用され続けていた透明のオーディオハーネスがホンダと同じブースター/オートアンテナ対応の青色ハーネスに変更される。4灯式HIDヘッドライト装着車には艶消しブラックタイプの熱対策リングが装着される。ヤングファミリー向けに「ミキハウス」とタイアップした特別限定車「ミキハウスバージョン」を発売。「助手席回転シート車」を発売(本仕様車は同日にMRワゴンとコンパクトカーのエリオにも設定された)[13](ベルアートによる受注生産)。助手席が90度回転するほか、助手席下部に折り畳み式フットレストを備え、アシストグリップも設定した。メーカーオプションとして車椅子を荷室に積載できる車椅子収納装置(電動クレーン)を設定しており、このオプションを装着した場合は消費税が非課税となる。マイナーチェンジで5型へ。全車リアシートスライド機構を追加。フロア変更によるリアサスペンション変更に伴い、足周りが後のMH21S前期と共通となった。Mターボエンジンを搭載した「N-1ターボ」を追加。これにより「C2」は廃止。ステアリングデザインが変更され、ホーンボタン中央にスズキのマークが印刷されるようになった(MC型でステアリングにエンブレムがデザインされるのは発売4年目にして初めて)。N-1のグリルデザインが変更、メッキ部分は消滅。スチールホイール装着車用の樹脂製フルホイールカバーのデザインが変更される(スズキのマークは入らず)。ボンネットのスズキのマークがより立体的で横長のものに変更(断面は台形から、▲型になっている)。エンプティランプ(燃料残量警告灯)追加、シート色変更。替えがマニュアルエアコンでも電気式に変更。福祉車両「ウィズシリーズ」の「助手席リフトアップ車」と「助手席回転シート車」を一部改良[14]。標準車同様にリアシートスライド機構を追加し、ステアリングホイール・メーターパネル・インストルメントパネルのデザインを変更し、AM/FMラジオ付CDプレーヤーを標準装備。「助手席回転シート車」にメーカーオプション設定されている車椅子収納装置(電動クレーン)を「助手席リフトアップ車」にもメーカーオプション設定した。バージョンV」を発売。特別仕様車などに搭載されることが多かった2DINオーディオのMD/CD/カセットは廃止された。福祉車両「ウィズシリーズ」の「車椅子送迎車」を一部改良[15]。AM/FMラジオ付CDチューナー、電動格納式リモコンドアミラー、リヤワイパー&ウォッシャー、スモークガラス(リヤドア、クォーター、バックドア)などの快適装備を新たに装備したうえで、手動固定式リアシート付で5万円、電動固定式で10万円値下げ。リアサイドトレーを新たに設定し、トランスミッションをコラムシフト式4ATに変更した。リアシート付を電動固定式にも設定するとともに、手動固定式をリアシート付のみの設定に集約した。マイナーチェンジで6型へ。5型と外見上の差異は無い。MC系の最終モデルである。SRSエアバッグ、パワーステアリング、パワードアロック、キーレスエントリーシステムなど充実の装備内容ながら83万円からの価格設定とした「B」を発売。同年5月には「B」から装備内容の一部を簡素化したことで75万円からの価格設定とした「A」を追加。RRはベースグレードが消滅しRR-SWTのみの販売へ。3代目と入れ替わる形で販売終了。初代に立ち返り再びスクエアデザインとなった。プラットフォームを刷新し、富士重工業(現・SUBARU)との共同開発によるフロントサスペンションを採用。スポーツグレードの「RR-DI」には軽市販車初の直接噴射式ターボエンジンが搭載された。歴代モデルで唯一、全グレードにタコメーターを標準装備する。当初のグレード体系は、標準モデルが「FA」・「FX」・「FT」・「FS」、スポーツモデルが「RR」と「RR-DI」であった。この代からエンブレムが社章の「Sマーク」をデフォルメしたものから「Sマーク」そのものとなり、リアにも装着される[18]。併せて、リアの車名ロゴが2代目までのデカールから「Sマーク」と同じメッキエンブレムに変更されている。全グレードに電動アクチュエーター式集中ドアロックを標準装備、FA以外のグレードにはキーレスエントリーシステムなども付く。助手席とバックドアのアウタードアハンドルにあった鍵穴を廃止し、ハンドル形状を変更した。2003年(平成15年)当時、同じくGM系列であった富士重工業(現・SUBARU)との共同開発による、フロントサスペション用L字形ロアアームを採用している。ターボ車については、空冷式インタークーラーの小型高効率タイプへの変更と、フロントグリルからインタークーラーへの専用エアーインテーク/ダクトを設置したことにより、2代目モデルまでエンジンフードにあったインタークーラー冷却用のエアーインレットがなくなり、先代同様「TURBO」デカールも存在しないため、この代からターボカーと一目で分かる要素は消滅した。DI」のインタークーラーも上部に設置されているが他のターボにある専用エアーインテーク/ダクトは存在せず従来どおりにも見えるがこれもインテークはボンネットに存在せずスズキの乗用車としては珍しい方法であった。キャッチコピーは「サラブレッドの子は、サラブレッド。国内累計販売台数200万台達成。14インチアルミホイールやエアロパーツ、CD/MDオーディオや革巻きステアリングホイールを装備して価格をベース車両の税別6万円アップに抑えた特別仕様車「FXリミテッド」を発売。ダイハツ・ムーヴから首位を奪還した。「車椅子送迎車」を3代目にモデルチェンジし、「車いす移動車」に改名[19]。車いすの乗車部分を超低床フロアに改造し、床の形状変更などによりフロアとスロープの傾斜角を大幅に緩くし、突起を無くした。車いすでの乗降時に意図しない後退を防ぐ後退防止ベルトに車いすの前部を固定する機構を新たに採用。テールゲートはスプリングアシスト機構の採用による操作力の低減、操作ノブの取付け位置の改良、スロープのワンタッチ固定によって操作方法を改善。リアシート付車は折りたたんだリアシートの取付を改良することで車いす乗員の足元スペースを拡大した。車両本体価格はすべての仕様で2代目に比べて10万円以上の大幅値下げを行った。自動車」を3代目にモデルチェンジ。NA車でエンジンの環境性能(4WD・4AT車は平成17年排出ガス基準75%低減レベル(SU-LEV(☆☆☆☆))認定を取得)や内装の質感が向上したほか、特別仕様車「FX-Sリミテッド」は「FX」をベースに、前照灯をブルーリフレクター、車幅灯をブルーレンズとし、Mターボエンジンを搭載する特別仕様車「FT-Sリミテッド」には「FT」をベースに「FX-Sリミテッド」の装備に加え、専用のフロントグリルが与えられた他、RRと同様のフロントフォグランプを装備、価格がベース車両の税込6.3万円アップから税込8.4万円アップになった。「FS」はこの変更で廃止となった。R」の車名ロゴは右上から右下に変更した。マイナーチェンジ、キャッチコピーを「あれもできる、これもできる」に変更。フロントグリルやホイールキャップ、リヤコンビランプのデザインを変更。内装は、夜間発光させるとブラックと化すホワイトメーターを廃止して自発光式メーターの新採用や、インストルメントパネルの改良などが挙げられる。(マニュアルレベリング機構)を全車に追加。2WD・5速MT車を除く全てのグレードにおける燃費向上、「FT」、「FT-Sリミテッド」は排ガス性能向上(平成17年排出ガス基準50%低減レベル(U-LEV(☆☆☆))認定取得)しNA車同等となった。国内累計販売台数250万台達成。250X」、「250T」を発売。ドレスアップモデル「RR」にMターボエンジンを搭載した特別仕様車「RR-Sリミテッド」を発売。特別仕様車の「FX-Sリミテッド」にCVT搭載車を設定。HDDナビゲーションシステム、フルオートエアコンなどを装備した特別仕様車「ナビスペシャル」、「ナビスペシャルターボ」を発売。ワゴンR」をデザインコンセプトとした「ワゴンRスティングレー」を発売。キャッチコピーは「顔で戦え。