大学院に連合獣医学研究科を設置。8代目学長に三分一政男が就任。専攻科の教育専攻科を廃止。これにより、大学に存在した全ての専攻科が廃止され、37年間続いた専攻科の歴史に幕を下ろす。大学院に教育学研究科を設置。機器分析センターを設置。工業短期大学部を廃止。9代目学長に村上悳が就任。遺伝子実験センターを設置。総合情報処理センターを設置。教養部を廃止し、共通教育センターを設置。10代目学長に広中平祐が就任。大学院の工学研究科を廃止し、理工学研究科を設置。大学院の理学研究科を廃止され、理工学研究科に統合。医学部医学教育センターを設置。大学院に東アジア研究科を設置。アドミッションセンターを設置。センターがメディア基盤センターに改称。11代目学長に加藤紘が就任。センターの設置に伴い、総合科学実験センター生体分析実験センター、総合科学実験センターアイソトープ実験センターを設置。エクステンションセンターを設置。新シンボルマークを制定。キャンパス・イノベーションセンターの6階614号室(リエゾン室7)に東京リエゾン・オフィスが設置される。RI実験室を「総合科学実験センターアイソトープ分析施設」に改称。