“それ”が見えたら、終わり。普通の高校生・泉新一は、未知の生物に右手を食われた。地球の生態系に突然現れたこの生物は通称・パラサイト、なんと人間を食料とする新種の寄生生物~人間の脳を食い、その人間の身体に寄生する知的生物~だった。新一を襲ったパラサイトは、脳を奪うのに失敗し、右手に寄生してしまった。動揺する新一をよそに、右手は人間の言語や文化を学び、自らをミギーと名乗り、新一に共同生活を持ちかけてきた。お互いが生き続けるためには、他に選択肢はない。勘の鋭い同級生・村野里美に怪しまれながらも、なんとかいつも通りの日常を過ごそうとする新一。教師として赴任してきたパラサイト・田宮良子にその正体を見破られてしまう。街中に潜み人間を喰らうパラサイト達との戦いを余儀なくされた新一とミギー。人間達もパラサイトへの反撃を始めようとしていた。“それ”が見えたら、終わり。