魚や植物の種はほとんど、ある範囲の水温しか許容しない。熱帯や温帯域のアクアリウムの水温は平均約25°Cとされ、一般に普及している多くの観賞魚に適する。水温がそれより低下する場合は、ヒーターで飼育水を暖める必要がある。ヒーターはサーモスタットで制御する。温帯に生息する種類の場合、日本の多くの地域では人為的な水温調節は特に必要ない。高温に弱い生物は冷却装置で飼育水を冷やす必要がある。冷却装置は水槽が設置されている部屋のエアコン、水槽用クーラー、水槽用ファンが使われる。水槽用クーラーはヒートポンプであるため、廃熱で部屋を暖めてしまうという欠点を持つ。水槽用ファンは飼育水の気化熱を利用するため、原理的な冷却の限界は湿球温度と等しくなる。