3歳にしてドイツ王となり,母と祖母の後見を受け,996年親政後,ローマの貴族クレスケンチウスによって追われた教皇ヨハネス15世のため第1回ローマ遠征を行なう。教皇の急死後,従兄のブルノを推して教皇グレゴリウス5世とし,996年グレゴリウス5世はオットー3世に帝冠を与えた。997年クレスケンチウスのもとに対立教皇が出現したので第2次遠征を行ない,999年グレゴリウスの死により,師ゲルベルトを教皇シルウェステル2世とした。1000年アーヘンでカルル1世の墓を発掘。カルル大帝の熱烈な崇拝者であり,キリスト教を基礎とし,ローマを首都とする世界帝国の実現を志したが早逝し成就できなかった。