/usr/local/mysql-4.0.18/varというメッセージだけが出力されれば成功です。設定ファイルに記述ミスがあった場合などは、エラーメッセージが出力されてサーバは起動されません。確認する無事実行が確認できたら、実際にMySQLに接続しましょう。現行のMySQLと新バージョンのMySQL、どちらにも接続できればOKです。新バージョンのMySQLだけをシャットダウンさせてみます。shutdownを実行して下さい。endedというメッセージが表示されるはずです。最後に、この段階でも現行のMySQLに接続できることを確認しておきましょう。