DOSを開発している[53]。IBM主導で開発された。多言語対応の為、コードページが採用された。HDにおいて複数の論理ドライブを扱えるようになった。IBM版の同バージョンと同等。バージョン4(1986年)編集バージョン3.20から派生し、8086上で限定的な擬似マルチタスク環境を実現したもの[56]。マイクロソフトが開発したが不十分であるとしてIBMには採用されず、アプリコットコンピューターズ(英語版)にネットワークOSとしてOEMされた他、僅かの用途に留まり絶滅亜種になってしまった[57][58]。流用され、また80286プロテクトモードを前提に並行開発されていたもの(当初バージョン5と呼ばれていた)はIBM主導で大幅に改訂され、世に出た時にはOS/2バージョン1.0になっていた[要出典]。バージョン4編集IBM主導で開発されたバージョン[59]。OS/2色が濃くなり、IFSやラージバッファ等の追加のみならず管理セクタ数が増やされた事に伴いHDは理論上最大2GBの領域を扱うことができるようになった(実際にはBIOSの制限があった)他、添付ユーティリティを利用すると最大512MBのパーティションまで作成可能になったが[60]、その反面余りに多くの変更がファイルシステムに加えられたため非互換性の問題も生じてしまった。従来のバンクメモリに代るEMSの標準サポートによって扱えるメモリ領域が1MB以上に拡張された[40]。DOSで好評を博していた「GEM」に類似のグラフィカルユーザインタフェース環境、「DOSシェル」が添付された[40]。これはマウスオペレーションやグラフィカルなメニューによる直感的な操作が行えるもので、依然シングルタスクながらも複数のアプリケーションを重複起動して切替動作させることができ(いわゆるタスクスイッチャ)、GUIもキャラクタベースによる簡易なものとグラフィック画面とテキスト画面を組み合わせたもの(表示が美しく、ポインタの動作もスムーズになる)とを選択できた。Accessに準拠していた[61]。採用するなどして4.0を採用しないところが有った[62]。日本ではコンベンショナルメモリの空き容量が日本語処理アプリケーションの稼動に大きく影響を与えるため、大手メーカーであるNEC、富士通などが3.21系の拡張版のみを販売し続けた。いわゆる「DOS/V」の最初のバージョン。末尾の「V」はVGAを意味し、漢字ROMがなくても日本語表示が出来るように拡張されたもので、専用ハードウェアを付加することなく日本語対応が可能になったため日本国内外のPC/AT互換機メーカーが日本市場に参入する契機になった[32]。マイクロソフト主導で開発された[66]。親和性を主眼にほぼ全面的に再コードされたため、パソコン通信等を介した約1年にわたる大規模なベータテストを経て市販開始された。[要出典]メモリ消費は少ないものの大容量ドライブが扱えないバージョン3、その逆で大容量ドライブが使えるがメモリ消費が大きいバージョン4というジレンマを抱えていたが、限りあるメモリ領域の消費を抑える機能を追加することでそれまでの問題を払拭するに至った。このバージョンによりDOSはほぼ完成を見たが8086~80286とその互換CPU上の動作には制約が強まり、結局のところ巧妙なアップグレード戦略の下でハードウエアの買い替え需要が喚起された。[要出典]XMSによってDOS本体の一部をHMAに、デバイスドライバやアプリケーションの一部をUMBに待避させることが可能で、コンベンショナルメモリが大きく取れるようになった。サブセット化)が図られた。各種LAN対応も進められ、コマンドにヘルプが付されるなど利便性も向上した。開発環境として、コマンドラインエディタに加え独自に拡張された構造化BASICコンパイラQuickBASICが標準添付されていた。それまで未公開だったファンクションの多くがユーザに解放されたためカスタマイズやデバイスドライバ開発が更に容易になった[要出典]。(J-3100)もこの頃よりDOS/Vへのシフトを進めるようになった[67]。世界のデファクトスタンダードであるPC/AT互換機のハードウェアでそのまま日本語版OSを使えるようになった為に日本国外のメーカーが積極的に日本市場へ参入し始め、NECの独擅場であった日本市場は大きく変貌することとなった[32]。他マイナーバージョンアップやローカライズ版多数バージョン6編集ディスク最適化やディスク圧縮機能(後述)、コンピュータウイルス検出・除去など、CD-ROMアクセスに必要なMSCDEXの付属等付加機能の充実が主。MS-DOS単体としての最終版。大きな特徴は補助ユーティリティの大幅な増強である。その為、IBMおよびマイクロソフトでも基本仕様はほとんど変えずに補助ユーティリティを追加する事でバージョン6を発売することになった。IBMは6.1、それに続くマイクロソフトは6.2と、先に出た競合相手よりバージョン番号はそれぞれ0.1だけ大きい。起動時に特定のキーを押すとCONFIG.SYS・AUTOEXEC.BATの一部の行を実行したり、全てバイパスする機能があった。