ここではインストールが済んでいる前提で書きます。した流れは以下の通りである。集団遺伝学用の解析ツール。novoでアセンブリして、SNPs情報をアウトプットする。RAD-seqやMIG-seqなどで取得できるSNP情報は、もろもろの解析に使用する前に連鎖不平衡を調べて除去してやる必要がある。GWAS解析やQTL解析などに使える便利ツール。HW平衡からの逸脱や、連鎖不平衡の解析もやってくれるとか。詳しくはこれから勉強するところ。ダウンロードして、解凍して、パスを通すだけ。この項では、具体的にPATHを通す方法は書いてません。「PATHを通す」とは、どういうことなのかを解説します。FASTX-toolkitはターミナル上で動き、次世代シーケンサによって得られるfastq形式のファイルから、クオリティの低い配列を除去してくれる便利なやつ。(10.11.6)プロフィール進化生態学を学ぶポンコツ研究者の備忘録。・Macの便利な設定などについてメモしていきます。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。