事実婚は、法的には婚姻に当たらないため、様々な問題も存在する[16][17][18][19][20][21][22]。家族法上の観点では、子どもがいる場合はどちらかしか親権を持てない(共同親権が持てない)[16][17][20][23]、子を認知したとしても戸籍には子の立場として婚外子(非嫡出子)と記載される[17]、自分が死んだ際に相手に相続権がない(遺贈するための遺言を残す必要がある)[16][17][24]、しかも、法律婚における配偶者への遺産分割や遺贈の場合は税額の軽減があるが、事実婚の場合、特に相続財産が大きい場合には相続税の面で大きな経済的デメリットがある[22][25][26]、などの問題点がある。離婚の際の財産分与や慰謝料等の支払いで、法律婚ではかからない贈与税が発生する場合がある[22]。夫婦の一方が認知症などで判断能力が衰えた場合などに、成年後見を開始しようとしても、成年後見開始の申し立てをすることができない(そのような事態になる前に任意後見契約を結ぶ必要がある)[22]。日常生活上の不都合としては、「配偶者」との家族関係を証明しにくい。1]、法律婚では取得できる配偶者の戸籍抄本などを取り寄せることはできない[22]、などの問題がある。夫婦の一方が海外赴任等をする際に、事実婚では配偶者ビザや永住権が認められないことが多い[22][29]。法律婚の場合と比較して、上記の相続時等の不利益以外にもさまざまな経済的な不利益がある。具体的には、確定申告の配偶者控除が受けられない[16][20][22]、医療費控除の夫婦合算ができない[20][22]、不妊助成が受けられない[18][20][30]などが挙げられる。家族セットの適用など、事実婚では難しい場合があったり[20][22]、勤め先からの家族手当等の支給がされない場合があったりする[20]。他にも、仮に夫婦間問題が起こった場合も法律的には結婚していないので結婚していれば可能な損害賠償が認められない場合がある[17]、など様々な問題が挙げられる。これらの問題を回避する方策として、事実婚ではなく結婚後旧姓を通称使用することも考えられるが、その場合も様々な問題点がある(「旧姓の通称使用における問題点」も参照。別の方策として、普段は婚姻状態をとるものの旧姓を通称として用い、必要に応じて離婚し旧姓に戻り、旧姓での証明書を得るなどの手続きを行った後再び婚姻する夫婦もみられる。このような目的で離婚・再婚を行うことをペーパー離再婚とよぶ[31]。逆に、普段は事実婚状態で、子供の出生時などにのみ婚姻状態をとる夫婦もみられる[32]。これらの場合再婚相手が同じ人物であるため、民法第733条が定める女性の100日間の再婚禁止期間(待婚期間)は適用されない。ペーパー離再婚における離婚期間は事実婚の状況となる。この場合、離婚期間中に得た証明書等を再婚中に用いることには法律的な問題が考えられる。