最終回(第98話)ではブラック将軍と再生怪人達が仮面ライダー1号・2号に倒された直後、浜名湖湖畔にて赤い三角頭巾とマント姿で出現。その後、浜名湖地下の日本ゲルショッカー本部に突入した仮面ライダー1号・2号と対峙。晒されたその三角頭巾下の素顔は、無数の蛇をまとった不気味な単眼の怪物となっていた。追い詰められて顔面から閃光を放ち、体から毒ガスを噴出して抵抗するがダブルライダーには敵わず、最期はダブルライダーを道連れに自爆しようとする。残された眼球のような球体に本体が逃げ延びていた[12]。巨大な目玉は66話のショッカー墓場の十字架の中央部分、赤い三角頭巾と赤いマント姿は67話のV作戦=仮面ライダーを抹殺するために開発した、改造人間の肉体組織を破壊するアンドロガスを放出するライダー破壊人形の1体に赤い頭巾とマントを着用という形ですでに登場していた。『テレビマガジン』1972年10月号掲載の「ショッカーのひみつ100」では、正体は読者が知っているような人物かもしれないと脅かしつつ[14]、地球人であると明言されていた[15]。プロデューサーの平山亨も後年のインタビューで「正体はいつもボカしていたけど、案外そこら辺に歩いているお爺さんじゃないかって思ったりもした」と当時の構想を語っている[16]。後述の通り、シリーズが続くと宇宙からの来訪者であることがほのめかされるようになる。ゲルショッカー首領のデザイン画では単眼の顔と蛇の絡みついた顔が並んで描かれており[4]、その2案とも採用したために「蛇の群れの下に隠された一つ目」という造型となった[17]。書籍『仮面ライダー大研究』では、石ノ森側と制作スタッフ側で案を一本化できなかったために両案を採用することになったと記述している[18]。最終回の前に毎日放送ではゲルショッカー首領の正体のデザインを公募しており、書籍『仮面ライダー大研究』では応募の大多数はゲルショッカーのシンボルマークを模した「鷲と蛇の合成怪人」であったという噂があることを記述している[18]。最終話の脚本では、岩山から巨大な姿を表すと描写されていた[19][18]。制作関連ショッカーのレリーフは、発泡スチロールの削り出しで急ごしらえされた[20]。アジトに象徴的なモチーフを置くことで舞台的なイメージを持たせることが意図された[20]。資料によっては、レリーフの造型は準備段階での美術を担当した三上陸男によるものと記述しているが[20]、三上の後任として美術を担当した高橋章は、当時エキスプロダクションに出入りしていた彫刻家の池田宗弘によるものだと証言している[21]。首領が喋る際の演出は、視聴者に毎回同じとは思われたくないという照明の太田耕治の意向により、照明の色やフィルターの形状などが変更されていった[22]。声を担当した納谷悟朗は、音響監督の太田克己の「かっこ良くやればいい」という意見に基づき、手下に容赦しない非情さと統率者としての威厳を意識して「怖く強く絶対である」というイメージで演じたと述べている[23]。旧組織の時と同じく姿は見せず、デストロンレリーフ(サソリを象った像)から声を送り、幹部や怪人たちに命令を下す(これには無線受信器が内蔵されており、これでV3にアジトを知られた)。第48話でV3の前で現した首領は、笑い顔の仮面を付け頭に包帯を巻いた姿だった。第51話での結城丈二との会話で、自身が人間ではないことを示唆し、結城に悪魔と言われている。自身を地球の人類に死をもたらす死神と称していたが、V3の攻撃によってバラバラになり心臓も破壊され、アジトごと自爆した。演じる納谷悟朗は前作とは演技を変えようと考えたが、採用には至らなかった[32]。第52話の正体は、スーツではなく操演で表現された[30]。PSのゲーム版では、原作ではなかった鎌を持っている。6]と設定されている。詳細は#岩石大首領を参照。連載後、単行本化された。ショッカー大首領は第4章・死神博士の節に登場する。後に死神博士と呼ばれる青年イワン・タワノビッチが、亡き妹ナターシャを蘇生させる方法を求めた果てに頼ったのが、伝説的なチベットの魔法医チェン・マオだった[33]。チェン・マオの治療は思念の力で健康な肉体を想起して具現化するというものであるが、イワンがチベットの山奥を訪れたとき、彼の思念は肉体をその場に残してニカラグアまで飛んでいたため、接触できなかった。その後、ニカラグアまで追いかけてきたイワンにチェン・マオの思念が語りかけ、ショッカー大首領であることを明かすと、ナターシャを癒す技術と引き換えに自らの配下になるよう持ちかける[34]。『宇宙船』Vol.30の仮面ライダー特集に際し、平山亨が執筆した掌編。歴代の組織や大幹部を使い捨てながら、自らは決して滅びないショッカー大首領の恐ろしさを、暗闇大使の視点から描く。死神博士は同輩と功績を競う一介の幹部として扱われることに自尊心が耐えられずに破滅し、地獄大使が裏切りを装うという捨て身の策に出てまで示した忠誠心も虚しく、ショッカーはただちにゲルショッカーに取って代わられた。その後に控えていたデストロンのドクトルGは、黒魔術を使う悪魔に近しい存在として大首領からもある種の敬意を得ていたが、武人としての責任感の強さを刺激され、仮面ライダーV3を相手に討ち死にを遂げるという、死神博士と好一対の末路となった[35]。以下、GODからデルザー軍団に至るまですべては大首領の操るところであり、7人ライダーに敗れて自爆した後も大首領は数年のうちにショッカーの残党を狩り集め、ゼネラルモンスターにネオショッカーを組織させた。これも仮面ライダーたちに滅ぼされるとドグマが現れ、次いで悪魔元帥率いるジンドグマが現れた。悪魔元帥の本性であるサタンスネークもまた大首領の顕現であり、「体中器械の悪魔元帥の脳というのは、ショッカー大首領そのものであったわけだ」と暗闇大使は述懐する。9]から派遣された為政官となっている。辺境の惑星である地球に放置された身であり、惑星を統治することがつまらないと想い、太古のサルを人間へと改造させた。ショッカーにわざと捕まりにきた本郷との会話で、「ショッカーを作り上げたものの、本気で世界征服する気がない」と指摘されたり、本郷のパワーアップ改造もまた、自分の遊びに過ぎないものだった。スーパーファミコン用ソフト『仮面ライダー』199X年にショッカーが復活し、ラスボスとしてデスバンイーターの姿で登場。詳細は#デスバンイーターを参照。『仮面ライダーV3』ライダーストーリーのラスボスとして登場。ショッカーストーリーでは音声のみで登場して怪人たちにバトルロワイヤルを行わせ、その頂点に立った者(プレイヤー)を最強怪人へ改造させる。この作品ではプレイヤーキャラクターとならないが、続編『仮面ライダーV3』では隠しキャラクターとしてデストロン首領が登場する。