当時のソ連軍の最新鋭戦闘機MiG-25が強行着陸し、パイロットのベレンコ・ビクトル・イワノビッチ空軍中尉がアメリカに亡命した事件。レーダーサイトは13時11分にベレンコ機を捕捉、同20分には千歳基地の2機のF-4EJがスクランブルしたが、ルックダウン能力の乏しかったF-4EJは高度を下げたベレンコ機を見失い、また13時26分には各所のレーダーサイトも同機をロストした。これは、当時使われていたF-4EJが「政治的配慮」により、爆撃照準用ソフトウェアと一体化されたFCSコンピュータを撤去しており、米空軍のF-4Eに比べると遙かに劣るルックダウン能力しか有していなかったためである。後にF-15Jが導入された際には、この件を教訓として、爆撃照準用ソフトウェアを残すこととなった。ベレンコ中尉は、スクランブルをかけてくるはずのF-4に誘導されて千歳基地に着陸する予定だったが、一向にF-4が姿を現さなかったため、燃料と空港周辺の天候の関係から千歳基地行きを断念、候補の八雲飛行場と函館空港のうち、「ナイキがいない」という理由で函館へと針路変更した。13時50分ごろに函館空港へオーバーランして着陸、機体は空港敷地から飛び出し、金網を突き破って水田に突っ込んだが特に損傷なく無事であった。この事件により、同地の防衛を担当する陸上自衛隊第11師団(当時。現在は旅団に改編されている)の第28普通科連隊は、ソ連軍の特殊部隊がMiG-25の機体と中尉を奪還するために上陸してくることを恐れ、政府・防衛庁の承諾なしで臨戦態勢に入り、試射とは言え初めて自衛隊が本気で迎撃を行った。この時にソ連軍機と判断された機影は航空自衛隊の輸送機であることが、L-90配属の隊員とそこからの問い合わせですぐに分かり、同士討ちと言う最悪の事態は避けられた。その後も臨戦態勢はとられ続けたが、9月24日のC-5による輸送まで何事もなく、危惧されていた輸送機へのFIM-92による攻撃もなく、MiG-25は「函館の皆さんさようなら大変ご迷惑をかけました」の横断幕とともに函館の地を去っていった。機体は茨城県・百里基地へ搬送された後、日米の合同調査チームによって徹底的に調査された。hot"(MiG-25は大したことなかった)であった。*111月15日、機体は厳重な梱包を施され、残っていた燃料の一滴まで一緒にソ連の貨物船に積み込まれて返還された。ベレンコ中尉が亡命を決意した理由は色々と挙げられているが、有力なのは軍人かつパイロットとしての待遇があまりにも悪かったためとされる。当時、中尉は息子と妻の三人暮らしであり、月給は当時の金額で300ルーブル(約12万円)であった。それに加えて、妻との仲が冷え切っていたことも理由とされている。この事件で、自衛隊のあまりにも脆弱な防空体制が明らかとなり、レーダーサイトの低空目標探知能力の強化や早期警戒機E-2とF-15Jの導入、F-4EJからF-4EJ改への改修などの改革が行われた。ちなみに、ベレンコ元中尉は亡命に成功した後、しばらくアメリカ国内で職を転々としていたが、現在は起業して営業に飛び回る毎日を送っているという。