今作のスパイは特殊な非戦闘ユニットであり、解禁されるとユニット欄から生産することができます。「外交官」、「ナショナリズム」、「イデオロギー」、「冷戦」とテクノロジーの「コンピューター」を取得すると、スパイの上限がそれぞれ1増加します。カトリーヌ・ド・メディシスのみ、テクノロジーの「城」でもスパイの上限が1増加します。移動スパイの動かす方法は隊商と同じです。目的地を指定すると、スパイは移動を開始し、数ターン後(かかる時間は距離による)に到達します。移動リストには、目的地の可視化されている都市が所有する区域も表示されます。存在する区域によって実行できる任務が変わります。自国都市以外に移動したスパイは、続いて内偵調査を行い、内偵が完了してから任務を選びます。自文明の都市なら直ちに任務を開始することができます。他文明の通信を盗聴する。一定ターンの間、この文明に対する外交的視野レベルが1あがる。この区域と隣接する他の区域を、敵スパイの活動から保護する。一定ターンの間、敵スパイの任務成功率を下げ、阻止しやすくなる。他文明が開発済のテクノロジーのブーストを1つ盗む。他文明の国庫からゴールドを盗む。目標とする劇場広場から傑作を盗む。自文明に収蔵可能な施設が必要。目標とする工業地帯と工業系建造物を略奪状態にする。目標とする近郊部から反乱軍ユニットを作り出す。目標とする宇宙船基地を略奪状態にする。潜伏都市の忠誠心を20減らす。一時的に敵総督を無効化する。↑リスクなし任務は必ず成功し、何の問題も起きない。防諜活動で敵スパイ成功率を低下させている地域で敵のスパイが活動を失敗した時、その防諜活動中のスパイのレベルが4未満であればレベルアップする。それ以外にリスクなし行動でレベルアップする事はない。/殺害率がそれぞれ表示されます。一定ターンの後、任務の結果があらわれます。成功した場合、スパイのレベルは4未満だとレベルアップする。スパイは任務中に発見されてしまう場合があります。その場合、スパイの逃走ルートを選ぶ事になります。一部の選択肢は、都市に特定の施設がないと選択できません。逃走のスピード(=戻るまでに掛かる時間)はルートによって決まります。スピードだけ考えるなら飛行機が最速ですが、阻止される可能性は一番高いです。徒歩は最も遅いが一番安全です。逃走に失敗するとスパイは捕まってしまいます。運が悪いとスパイはその場で殺されます。捕まった場合は、外交取引を通じてスパイを取り返すことができます。