日本語RefExの論文が出版されました。検索の方法と結果の表示RefExで検索可能な5つの方法トップページでは、以下の5つのパターンでの検索が可能です。各検索は、左メニューの生物種選択の部分で選択された生物種のデータベースに対して行われます。デフォルトはヒトです。他の生物種に対して検索したい場合は、先に検索したい生物種を選んでから検索を開始してください。遺伝子シンボルに対して検索窓に入力したキーワードで検索します。キーワードは途中まで入力すると、その文字列に合致するキーワードがサジェスチョン表示され、そちらを選択することで検索窓に容易にキーワード入力を行うことができるようになっています。組織特異的に発現する遺伝子を見る組織40分類の各分類に対して、その組織で特異的に発現している遺伝子のデータセットを表示します。表示されるデータセットは、ROKUのデータを基に特異的に発現していると判断されたデータで、その中でさらに特異度の高い(エントロピーの低い)データの順にソートされて表示されます。40分類の選択は、まず組織10分類の画像上にカーソルを合わせ、その分類に属する40分類の組織のリストが表示されるので、そこから選択してクリックすることで行います。遺伝子オントロジートップページには、代表的な遺伝子オントロジーのリストが表示されています。それぞれクリックすると、そのオントロジーに関連する遺伝子のリストが表示されます。表示順はGeneChip発現量データの降順です。これ以外のオントロジーについて検索したい場合は、「他のオントロジーを選ぶ」リンクをクリックします。すると、遺伝子オントロジーのリストページに移動し、その中で自分の興味のあるオントロジーを選んでクリックすると、それに関連した遺伝子のリスト一覧が表示されます。遺伝子ファミリートップページには、代表的な遺伝子ファミリーのリストが表示されています。それぞれクリックすると、そのオントロジーに関連する遺伝子のリストが表示されます。表示順はGeneChip発現量データの降順です。ほかのファミリーについて検索したい場合は、「他のファミリーを選ぶ」リンクをクリックします。選ぶ」リンクをクリックすると、染色体領域の一覧が表示されます。その中から自分の興味のある領域をクリックするとそれに属する遺伝子の一覧が表示されます。表示順はGeneChip発現量データの降順です。同義遺伝子名および、そのレコードの4つのIDがそれぞれ表示されます。IDが同じレコードは発現データ以外は全く同じ情報を持ちます。同義遺伝子名については、遺伝子名シソーラスのデータを用いています。こちらのデータ内にラットのデータがないため、現状ラットについては、同義遺伝子名がすべて-で表示されます。対象レコードに関連付けられた4つのIDのセットで、レコードが一意的に識別できるようになっていて、すべてのレコードはこの4つの組が異なっています。3DマップGeneChipデータの組織40分類の相対発現量を3D人体画像にマップした画像が表示されます。10分類の相対発現量を、バーの高さおよびそれに対応するヒートマップの色で表示します。EST、GeneChip、CAGE、RNA-seqの各データを同じ形式で表示することで、比較しやすくなっています。10分類のラベルは画像で表示しておりますが、カーソルを載せるとツールチップで表示させるようになっています。このツールチップの中身は、選択中の言語で表示されます。棒グラフにカーソルを合わせると、そのグラフの組織10分類の組織名と発現量(絶対値)が表示されます。デフォルトで1ページ当たり10件の表示となっていますが、1ページ当たりの表示件数の数字を選択することで、10、20、50、100のいずれかに変更することができます。表示されている遺伝子リストに対してさらに条件を加えて絞り込みを行いたい場合に使用します。どのキーに対して絞り込みを行うかをドロップダウンリストからまず選択し、そのあとで下の検索窓にキーワードを入力してください。以下のキーに対して絞り込み検索が可能です。遺伝子名または遺伝子シンボルに対して絞り込み検索を行います。その遺伝子に関連付けられる遺伝子オントロジーのDescriptionに対して絞り込み検索を行います。IDに対して絞り込み検索を行います。IDに対して絞り込み検索を行います。IDに対して絞り込み検索を行います。IDに対して絞り込み検索を行います。IDに対して絞り込み検索を行います。IDに対して絞り込み検索を行います。ソート機能ドロップダウンメニューからソート項目を選択すると、その項目に対してソートされた結果が表示されます。組織特異的に発現する遺伝子の検索結果を表示させている場合、デフォルトの表示は、特異度でソートされた結果となりますが、この場合、ソート項目の欄は空欄で表示されます。このソート機能を用いて一度ソートすると、特異度によるソートの情報は失われ選択した項目でのソート結果が表示されます。(一度ソートを行うと、特異度により再ソートすることはできません)検索結果のダウンロード検索結果一覧のデータをタブ区切りテキストファイルの形式でダウンロードできます。ダウンロードされるデータの項目は以下の通りです。IDをキーとしてアノテーションした情報です。IDが同じで他のIDが違う場合、IDおよび発現量以外の情報はすべて同じです。IDをキーにアノテーションしたデータを表示します。IDをキーとして遺伝子名を取得できなかったデータについては、遺伝子名を-で表示しています。遺伝子名はそのページのタイトルにも表示されます。詳細情報のリンクをクリックすると、ページ下部の詳細情報の欄に移動(ページ内遷移)します。DBで提供される以下のデータを使用して、取得された情報を表示します。表示、頭部のみの表示の3種類の表示の仕方があり、さらにオプションで、「皮膚・骨格筋の表示」、「アニメーション表示」が可能です。画像下のバーを左右にドラッグすることで動的に画像の向きを変えることができます。GeneChipのデータが存在しないレコードの場合は、この部分は表示されません。組織40分類別データEST、GeneChip、CAGE、NGS(RNA-seq)の4つの発現データについて、組織40分類のデータを表示します。表示の仕方は、以下のとおりです。バーの高さは各40分類データの、40分類内の相対発現量を表す。バーの色は、組織10分類に換算したときの、10分類内の相対発現量をヒートマップ表示した色に対応する。data」と表記される。各棒グラフの上にマウスを載せると、その棒グラフに対応する組織40分類の項目名(選択した言語で表示)と絶対発現量がツールチップとして表示されます。IDのいずれかが異なるデータは別レコードとみなされる。IDはオーソログ対応遺伝子の関連付けに使用されている。記号があるリンクは、外部サイトへのリンクとなっており、どのサイトに移動するかは、ツールチップで表示するようになっている。IDをもとにオーソログ対応している他の生物種の遺伝子へのリンクが表示される。件数が0件の場合は、リンクしない。リンクをクリックすると、検索結果一覧のページに移動し、オーソログ対応遺伝子のリストが一覧表示される。IDを基に、NCBIのサイトで提供される以下を用いて取得されている。染色体上の位置(数値)については、BioMartより取得されている。バンド位置をクリックすると、そのバンド位置に属する遺伝子の一覧が表示される。その隣の染色体上位置の数字をクリックすると、Ensemblサイトに移動し、その位置に対応する染色体位置の情報が表示される。対象遺伝子に染色体上の位置的に近い遺伝子を調べられるように、-5kb~+5kbおよび-10kb~+10kbの範囲にある遺伝子のリストへのリンクが表示される。1つの遺伝子に複数の染色体上の位置が対応する場合があるが、その場合、すべてのケースが表示されるようになっている。IDに対応する遺伝子ファミリーの情報は、BioMartを用いて生成された対応表から取得されている。IDのDescriptionは、EBIより提供される以下のデータを用いて情報を取得している。IDの詳細情報が表示される。Ontologyの情報は、NCBIのサイトで提供される以下を用いて取得されている。IDをクリックするとそのIDの遺伝子オントロジーに関連する遺伝子のリストにリンク(RefEx内で該当GOをキーとして再検索)する。Ontologyサイトに移動し、そのGOの詳細情報が表示される。発現データのサマライズ各種IDの対応付け各遺伝子発現データはそのデータセット内でデータを一意的に識別するIDがついているが、データセットによって付与されているIDの種類が異なる。以下の種類のIDがある。IDをキーとしてアノテーションを行っている。IDをメインのIDとして採用し、検索結果の一覧表示および遺伝子情報詳細ページで用いている。IDの対応付けは、BioMartもしくは、NCBIで提供しているID変換用のテーブルを用いて行う。それぞれ、以下のとおりである。ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2unigene上記対応表により、ID間の対応付けをすることができるが、このIDの対応付けは複数対複数対応であるため、IDの対応付けにあたっては、その複数の対応付けを維持するかどうか、もしくは、複数の対応付けのうちの1つのみ採用するかどうかのルールを事前に決めておく必要がある。IDの付与)を行っている。