ヒーロー社会を壊そうと目論む敵<ヴィラン>・死柄木弔たちが、密かに【何か】を運ぼうとしていた。彼らの動きを事前にキャッチしたプロヒーローたちが現場に駆け付け、激しい戦いを繰り広げる。その戦いの中、その【何か】は、仲間とともに去って行った。「実験は、成功した—。」という言葉を残して。出久たち雄英高校ヒーロー科1年A組の面々は、期間限定の校外ヒーロー活動のために日本のはるか南に位置する離島・那歩島を訪れ、そこれ真幌と活真という二人の姉弟と出会う。ヒーローに憧れる活真と早速打ち解ける出久だったが、なぜか真幌は、かたくなに活真を出久たちから遠ざけるのだった。そんな中、突如謎の敵<ヴィラン>たちが那歩島に襲来、次々と島の施設を破壊していく。それを指揮するのは「ナイン」。出久、爆豪ら1年A組のメンバーは力を合わせて敵<ヴィラン>に立ち向かうが、ナインの圧倒的な“個性”と力は想像を遥かに超えるものだった──。2014年、堀越耕平が「週刊少年ジャンプ」(集英社刊)にて連載を開始して以来、コミックスシリーズ累計発行部数2400万部突破という人気を誇る「僕のヒーローアカデミア」、通称“ヒロアカ”の劇場版アニメ第2弾。デク・爆豪・お茶子・轟ら、雄英高校ヒーロー科1年A組の生徒たちが全員集結。全世界の人々がその存在に憧れるも、惜しまれつつヒーロー活動を引退した“平和の象徴”オールマイトに代わり、ある事件で暗躍し、圧倒的な強さを誇る、シリーズ史上最凶の敵<ヴィラン>・ナインに立ち向かう。