連鎖した遺伝子は共に遺伝するはずであるが,なかには染色体対の組み換えが起こって,分離することもある。この様に,連鎖している遺伝子の組み換えによって,染色体上の遺伝子の順序と距離を知ることができる。言い換えると,同一染色体上の遺伝子座間の組み換え頻度によって,遺伝子距離が計測されているのである。つの遺伝子が離れていれば離れている程,組み換えによって分離する頻度が高くなる。つの遺伝子が近ければ,組み換えの頻度は低い。例で,遺伝子間距離を計算してみよう。