醍醐味は、分科会ごとに分かれて行われる議論を中心とした学術研究です。総合テーマに沿って5-6つの分科会テーマが設定され、1つのテーマにつき10人程度の参加者が共に議論を展開します。春先に決定する参加者は、自分のテーマに関して事前研究を行い、複数回の勉強会を通して夏の会議に備えます。当日の会議では、様々なバックグラウンドを持った国内外の参加者が一堂に会し、白熱した意見交換を行います。最終的には、会議の最終日に設定された成果発表会や会議中にまとめ上げる政策提言書を通して、自分たちの議論の成果を社会に発信します。事前研修旅行フィールドトリップとして、事前研修旅行と会議期間中の東京周辺観光が設定されています。6都市で行われ、参加者が日本の社会や文化、技術をよりよく理解する機会となります。海外参加者にとっては新しい発見や疑問の連続であり、日本人の学生と話をすることで学びを深めることができます。いった日本の大都市を回り、伝統と都市の融合を目の当たりにすることで、事前研修旅行とは異なった日本の一面を楽しむことができます。参加者が実際に日本文化を体験できるプログラムを企画します。世界中から集まる学生が日本の文化に触れられる機会を提供することは、「日本」で国際学生会議を開催する大きな意義の一つであると考えます。第64回国際学生会議では、参加者全員にソーラン節と箏の演奏を体験していただきました。このプログラムは、海外から来る参加者に日本文化を紹介するだけでなく、日本人の参加者自身も日本の文化とその魅力を考え直す機会となります。レクリエーション他で説明された主要プログラム以外にも、会議の参加者が交流を深めて友情関係を構築できるような企画や、参加者が楽しくより良い会議生活を送れるような活動を計画しています。分科会や部屋割りを超えて会議参加者全員と交流できる場であり、これらの時間を思い出として強く覚えている参加者も多くいます。第64回国際学生会議では、希望者が母国の文化や生活を参加者全員に紹介できる場を設けたり、朝食前にラジオ体操や日本の子供が好きな伝統的な遊び等を体験できる時間を設定しました。成果発表会9日間の会議の最終日には、会議の学術的成果を一般に向けて発表する機会が設けられています。それぞれの分科会が議論の成果をプレゼンテーションの形で総括し、自分たちの意見を世の中に発信していきます。実務を経験している専門家にもお越しいただき、各分科会の発表に対して講評をいただいたり意見交換をしたりする時間も設けられています。​会場には中高大学生や一般の社会人の方を招待し、会議参加者がどのような意見を持っているかを知っていただくことや、分科会のテーマに関して考えを深める機会にしていだだくことを期待しています。