用のデータベースを作成しておく必要がある。データベースを作成する。ダウンロードしてくる。-parse_seqidsコマンドが実行されると、ディレクトリには「TAIR9DB.nin」、「TAIR9DB.nsd」、「TAIR9DB.nsq」、「TAIR9DB.nhr」、「TAIR9DB.nog」、「TAIR9DB.nsi」などのファイルが生成される。(タンパク質の場合は「nin」などが「pin」となる。)上記のコマンドの「-out」に指定した文字列がデータベース名となる。検索するときは、次のようにデータベースを指定する。いくつかのオプションが用意されている。