代謝パスウェイ解析への案内Homeソリューションインシリコバイオロジー社のソフトウェアを使用して実現できる先進的かつユニークなソリューションを多数掲載しています。このソリューション記述においては製品を特定しません。どのような課題に対して、主としてインシリコバイオロジー社の製品がどのような解決方法を提供できるかを述べています。したがって、あるソリューションについては、1つの製品ではなく、外部ソフトウェアあるいは手作業を含めた総合的な解決方法を記述しています。)Blast等を利用した相同性検索は、配列解析において、様々なソリューションを提供しています。ここでは、インシリコバイオロジーが相同性解析機能を利用して、実現しているソリューションを紹介しています。)IMCでは制限酵素によるDNAの断片化、PCR増幅、ライゲーション、ゲル電気泳動などの一連のクローニング実験をシミュレートできます。これを「インシリコクローニング」実験と呼んでいます。これらのクローニング実験は環状DNAに対応しています。環状ゲノムの任意の部位で継ぎ目なくクローニング実験が可能です。この機能はGenomeTravelerにも実装されています。)ゲノムに注釈づけ(アノテーション)するための、手動、あるいは自動ツールを提供しています。)2種類以上の近縁種(株)同士を比較するための解析ツールを提供しています。EditionおよびGenomeTravelerに実装されています。)IMCのアレイ解析はタイリングアレイあるいは位置特異的アレイ解析用です。一般の遺伝子発現アレイでもプローブ配列あるいはプローブ位置情報があれば使用できます。Editionの全機能が搭載されています。454(Roche)などの次世代シーケンサから出力される多量のショートリード配列の解析ツールを提供しています。この機能は主として、GenomeTravelerが提供していますが、MetaGenomeGAMBLERでも実行可能です。)参照ゲノム塩基配列上にそれらから由来する塩基配列(次世代シーケンサから出力されるショートリードを含む)あるいはアミノ酸配列などをマッピングし、フィーチャーとして登録することができます。マッピング、Solexaマッピング、454マッピング、などが実装されています。)DNA断片配列をアセンブルしたり、多量のコンティグをペアエンド配列を利用して自動的に結合し、スキャフォールドを生成する機能などを提供しています。)ゲノムを可視化するためのいろいろなビューアを提供しています。それぞのビューア上では、マウスによりで簡単で直感的な操作を実現しています。)アノテーションがある程度進んだ段階では、そのゲノムに存在するパスウェイを予測してパスウェイマップを描画することができます。Pathwayを利用して、局所的なパスウェイマップを描画します。行う一連のソリューションを記述します。)配列や注釈を対象とする様々な検索機能を提供しています。検索結果から連続して、次の操作を実行することも可能です。)ソフトウェアを使用中に発生するトラブルの解決方法について説明します。)外部ファイルの取り込み、およぶ他のソフトウェア用の書き出し機能です。)配列とフィーチャーをフィーチャーマップ上に表示する機能です。メインフィーチャーマップは、複数のレーンから構成され自由にカスタマイズすることが可能です。WorkBenchの機能と操作方法について説明します。Artisteer.。