呼ばれる形式のファイルに保存される。始まり、その配列に関する情報が記載されている。行目はシーケンシングした配列が記載されている。行目はシーケンシング時のクオリティが記載されている。ソフトウェアを利用すると便利である。プログラムを自作する必要がない場合が多い。行がクオリティ情報となっている。変更しておく必要がある。ファイルにある短いリードを削除する例。行のデータがすべて揃ってから、配列の長さを判断し、このエントリーを残すかどうかを決める。ファイルからアダプター配列を除去するサンプルの例。ファイル中にある全配列は、同じアダプター配列を持ち、かつそのアダプター配列が途中で切れたり、ミスマッチが入ったりしていない場合に、それを削除する。オープンソースソフトウェアを利用すると便利。これらのソフトウェアは、アダプター配列にミスマッチが入ってたり、途中で切れたりする場合にも対応している。