本申請は、「長鎖RNAをDNAザイムで切断し、得られた断片を固相化DNAプローブ法で精製し、質量分析によって解析する技術を開発しようとするもの」です。採択の通知が年度の途中でしたので、2018年9月から、研究室内のメンバーを再配置して実験に着手しました。リボソーマルRNAを用いて、DNAザイムで断片化し、固相化DNAプローブ法で精製する手法の最適化を図りました。サーマルサイクラーのサイクル数は15回程度でプラトーに達することなどを見出しました。RNA混合物中のモル数が、全体の1/1000程度のRNAでも精製できることを確認しました。これらのうち、リボソーマルRNAの分析結果については、国内学会で発表しましたが、そのデータの多くは未発表となっています。分担者・横川とは、分子生物学会(横浜)および無細胞研究会(松山)で、測定データをもとに研究の方向性について討論しました。研究に着手したのが、年度の途中であったことを考慮すれば、ほぼ予想どおりの進行状況であると言えます。リボソーマルRNAやtmRNAに関しては、あまり凝った条件検討をする必要もなく、DNAザイムで切断し、目的RNAを精製することができました。これらのRNA中に未報告の修飾があることも見出しました。リボソーマルRNAとtmRNAに関しては、新規RNA修飾を見出すことができています。現在、どのような修飾酵素遺伝子が作用しているのかを調べていますので、それらのうち、幾つかについては2019年度中に報告できると思っています。ヒト長鎖RNAの断片化については、2019年秋以降に着手したいと考えています。