2012年度、渡辺から前年奪われた王座を奪還。その最終第4局は千日手指し直しの末深夜2時までもつれる熱戦で、第40回将棋大賞の名局賞に選ばれた(羽生にとっては初の勝局での受賞)。第71期A級順位戦(2012年度)で優勝し、2年連続で名人挑戦。その第71期(2013年度)名人戦は3年連続で森内との対決となったが、1勝4敗で敗退。25回として歴代単独1位となる。第61期(2013年度)王座戦で中村太地に対して1勝2敗からの2連勝で辛くも防衛。このシリーズは200手超あり、千日手あり、打ち歩詰め筋ありという白熱したシリーズだった。これにより、同一タイトル通算獲得数を歴代単独1位の21期とする(従来の記録は大山の王将通算20期)。第7回朝日杯将棋オープン決勝戦(2014年2月8日)で渡辺二冠を下し、3度目の優勝。渡辺王将に挑戦した第63期(2013年度)王将戦ではフルセットにもつれ込むも惜敗(四冠を逃す)。第72期名人戦(2014年度)で4年連続・9回目の顔合わせとなった森内名人を4連勝のストレートで破り名人に復位。約4年ぶりに四冠に復帰した。3期連続の挑戦、および3度の復位はともに名人戦史上初である。3度の復位は全て森内から、3度の失冠のうち2度は森内によるものである。第85期棋聖戦では、森内竜王を挑戦者に迎え、名人戦とは立場を変えての番勝負となった。結果は羽生の3連勝で防衛。大山の記録に並ぶ棋聖7連覇、13期目の獲得となった。第55期(2014年度)王位戦では、挑戦者に木村一基を迎え、第3局に王位戦史上初(タイトル戦では22年ぶり)となる持将棋が成立した。結果は羽生の4勝2敗1持将棋で防衛(4連覇、16期目)。タイトル戦での持将棋は、羽生自身にとっては、初タイトルを獲得した第2期(1989年)竜王戦第2局(対島朗竜王)以来2度目である。第62期(2014年度)王座戦では、2回目のタイトル挑戦となった豊島将之を迎えた。開幕2連勝のあと2連敗しフルセットになったが防衛し、同一タイトル獲得記録を22に更新、四冠を堅持した。これにより、タイトル通算獲得数が90期になった。第40期(2014年度)棋王戦で渡辺に挑戦するも、3連敗で奪取失敗。1勝2敗、王将リーグプレーオフ・対郷田)、年度全てのタイトル戦登場を逃した。第73期(2015年度)名人戦は行方尚史を挑戦者に迎え、4勝1敗で防衛。これにより名人通算9期、名人位獲得数が歴代3位となった。2015年から始まった第1期叡王戦には参加しなかった。第86期(2015年度)棋聖戦では豊島将之を迎えての防衛戦であった。棋聖7連覇の記録を塗り替え8連覇を達成。元王位の広瀬章人を挑戦者に迎えた第56期王位戦では、4勝1敗で盤石の防衛。第63期王座戦ではタイトル戦初登場の佐藤天彦を3勝2敗のフルセットで退けた。第9回朝日杯将棋オープン戦の決勝(2016年2月13日)で森内に勝利し、3連覇を達成。一般棋戦の通算優勝回数が44回となり、大山の記録に並んだ。第74期(2016年度)名人戦は佐藤天彦を挑戦者に迎え、1勝4敗で失冠。名人通算10期とはならなかった。その後、第87期(2016年度)棋聖戦では羽生が苦手としていた永瀬拓矢を挑戦者に迎え、3勝2敗で防衛。自身の持つ棋聖戦連覇記録を9へと伸ばす。その後初タイトルを目指す木村一基を挑戦者に迎えた第57期(2016年度)王位戦七番勝負もフルセットで防衛。これにより25年連続の年度複数冠を達成。ストレートで挑戦者の糸谷哲郎を破り、自身の持つ同一タイトル獲得記録を24期に伸ばした。第2期叡王戦に初参加、九段予選を勝ち上がり本戦に進出、準決勝で佐藤天彦名人に敗れた。第88期(2017年度)棋聖戦では若手のホープ斎藤慎太郎七段を挑戦者に迎え、3勝1敗で防衛。自身の持つ棋聖戦連覇記録を10へと伸ばすとともに、自身3つ目のタイトル2桁連覇(王座・棋王・棋聖)を達成した。第58期王位戦では棋聖戦挑戦者の斎藤慎太郎と共に順位戦でB級1組へ昇級した菅井竜也七段を挑戦者に迎えた。菅井の振り飛車に苦戦し1勝4敗で失冠。続けて、第65期王座戦では3年振り2回目の挑戦となる中村太地六段を挑戦者に迎え、1勝3敗で失冠。自身13年ぶりとなる一冠に後退した。第30期竜王戦では挑戦者決定戦に進出し松尾歩八段を相手に2勝1敗で勝利。