第38期(1997年度)王位戦七番勝負(対・佐藤康光)から第48期(2000年度)王座戦五番勝負(対・藤井猛)にかけて、登場した15回のタイトル戦で全て獲得に成功(防衛14、奪取1)。第13期竜王戦(2000年度)七番勝負で藤井猛竜王に挑戦敗退して止められる(藤井はこれをもって竜王戦史上初の3連覇)。2003年度、第51期王座戦では、10代で羽生より一回り以上若い挑戦者・渡辺明を迎える。1勝2敗とされてからの2連勝で辛くも防衛。最終第5局では、終盤で勝ちが確実となったときに手が激しく震え、駒をまともに持てなかった。(竜王通算7期)と永世名人資格獲得(名人通算5期)の両方を阻止される。竜王戦は自身初のタイトル戦ストレート負けであった。これで羽生のタイトルは王座だけとなる。羽生が一冠のみとなったのは11年9か月ぶりのことである。この時点で、タイトル保持者は、森内竜王・名人(王将と合わせて三冠)、谷川王位・棋王(二冠)、佐藤(康)棋聖(一冠)、羽生王座(一冠)となった。その2004年度中に次々とタイトル挑戦権を得る。王位戦で谷川王位に挑戦して奪取し、王座一冠の時期は89日で終わる(2004年6月11日-9月8日)。永世竜王獲得失敗2004年度は、A級順位戦でも7勝2敗で1位となり森内名人への挑戦権を得るが、その名人戦(2005年4月-6月)ではフルセットの戦いの末に敗れ、前年に続き永世名人の資格獲得を逸する。結果的にこの2年後、森内は羽生より一歩先に永世名人に到達することとなる。2005年度のA級順位戦では8勝1敗の成績だったにもかかわらず同星の谷川とのプレーオフとなり、結果敗れて名人挑戦を逃した。2006年、王座を防衛した時点で通算タイトル獲得数を65期とし、中原誠の通算64期を抜いて歴代単独2位となる。その2か月後の2008年2月28日には、第57期王将戦で防衛に成功し、史上2人目の棋戦優勝100回(タイトル獲得68期、一般棋戦優勝32回)を達成。ウィキニュースに関連記事があります。(2008年6月18日)2008年6月17日、第66期名人戦第6局で森内名人を破り、名人位と三冠に復帰。通算5期獲得により永世名人(十九世名人)の資格を得る。大山康晴と中原誠の「永世五冠」を抜いた。残る1つの永世位獲得をかけ、第21期竜王戦で渡辺明竜王への挑戦権を得る。勝てば通算7期で初代永世竜王という、タイトル戦史上初の初代永世位決定戦となった。七番勝負は羽生が開幕3連勝。そこから3連敗してフルセットとなり、2008年12月17日-18日に山形県天童市で行われた最終第7局でも渡辺に敗れる。この最終局は矢倉の戦形からお互い早めに動く展開で、中・終盤のねじり合いの内容が素晴らしく、将棋大賞の名局賞受賞局となった。羽生にとっては同賞創設から3年連続3回目の受賞で、いずれも敗局での受賞である。大山の記録を超えて2010年6月1日、第51期王位戦白組プレーオフで戸辺誠に勝ち、通算1100勝を達成。同年、タイトル戦登場100回目となった第81期棋聖戦は、深浦を3勝0敗のストレートで下して防衛し、記録に花を添える(2010年6月26日)。第58期王座戦では藤井猛を相手に3勝0敗で防衛(2010年9月29日)。第58回(2008年度)-第60回(2010年度)のNHK杯戦で史上初の3連覇を達成。同棋戦での通算優勝回数を一気に9へと伸ばし、大山康晴の記録(8回)を抜き去って歴代単独トップに立つ。4]の一人と呼ばれる糸谷哲郎であった。2011年、森内俊之を挑戦者に迎えた第69期名人戦で3連敗後3連勝するも、最終局で敗れ失冠。同年の第52期王位戦で広瀬章人王位に挑戦し、4勝3敗で奪取(2011年9月13日)して通算タイトル獲得数を80期とし、40歳にして大山康晴の持つ歴代1位の記録に並んだ。第59期王座戦で挑戦者の渡辺にストレート負けを喫し、20連覇を逸する。同年、初出場の第19回富士通杯達人戦(非公式戦)で優勝している。2012年2月11日、第5回朝日杯将棋オープン戦で、2年ぶり2度目の優勝。第70期順位戦(2011年度)で史上3人目のA級順位戦全勝優勝を達成。26]を果たすとともに通算優勝回数10回を達成。これによって七つ目の永世称号の獲得となり、自身の記録を更新する歴代最多記録となった。合算)となり、大山康晴の最多記録に並ぶ。第70期名人戦(2012年)で森内に敗北(2勝4敗)。A級全勝者挑戦の名人奪取失敗は史上初。