勘定奉行ソフトという事は給与奉行を使用されているのでしょうか。あれば減額金という項目があると思います。勤怠欄...明細書の上部...に欠勤欄も設けられています。どちらを使用されても減額金に明示されるはずです。そちらで減額計算されます。その他」という欄があり、返還する金額を打ち込んだことがあります。支給のその他ですと給与支給額が増えるだけで社会保険料の減額にはなりません。設定で非課税であったとしても支給に関する集計になるはずです。社会保険料は社会保険の枠内で処理しなければ返金した結果の減額にはならないはずです。賃金台帳か源泉徴収簿で社会保険の集計額を確認してみてください。以前というのが今年度であれば訂正処理で対応出来ます。ソフト内の各種集計でご確認ください。