海洋調査船「なつしま」は2016年2月に退役となりました。「なつしま」は、1981年に「しんかい2000」の支援母船として建造、運用されました。2002年の「しんかい2000」運用停止以後は3,000m級無人探査機「ハイパードルフィン」の母船として改造され活躍しています。地質構造を解明する深海調査曳航システム「ディープ・トウ」や「シングルチャンネル音波探査装置」、またはピストンコア、ドレッジを搭載し、深海・海溝域の総合的な調査観測研究を行うことができます。後部で「ハイパードルフィン」の投入や揚収をするため、作業を見ながら船を操作できるように後部にも操舵室があります。コントロールルームコントロールルームはコンテナとなっており、コンテナごと船上に搭載されています。「なつしま」には、総合指令室、ラボラトリー、ビデオラックがあり、「ハイパードルフィン」及び母船の観測装置で計測したデータの解析、採取したサンプルの分析、保管のために使用することができます。これら常設の設備のほか、研究者が必要な機器を持ち込み、設置することができます。